第七章 监狱暴动
1.营救队友
当终极机器人被消灭后，军方的人恰好出现并将四人以破坏罪名逮捕入狱。四侠自然不会坐以待毙——苏和杰尼被关在一个房间里，苏运用自己的隐身能力帮助杰尼一起逃出房间。来到走廊时发现，监狱里面正在发生暴动，而苏和杰尼的任务就是在消灭机器看守的同时，还要保住那些囚犯的性命。将囚犯引到牢房里，电子栏杆会自动放下并会把囚犯关在里面，这样就可以达到救人的目的。在穿过层层的激光封锁线后，苏和杰尼二人来到道路的尽头，也就是关押本的地方。尽快消灭里面的机器守卫，因为在这里有时间限制，如果动作太慢，游戏就会重新开始。
2.秘密
刚被救出来的本身体还十分虚弱，所以不能参加战斗，所以暂时只能靠瑞德打头阵。不一会儿，本也恢复正常可以参加战斗，但是这时瑞德已经破解了许多电子门。穿过走廊来到了主控制室，在这里瑞德发现了他们被抓到监狱里来的真正目的，那就是将监狱的暴乱分子全部镇压并击毙其领头的人。在往回走的路上，一个个头比本还要高大强壮的人出现，而这人正好是暴乱分子的领头之人，上前轻松将其击毙后就能进入下一关。
3.蝙蝠怪的阻挠
此时苏和杰尼这边的情况十分混乱，由于监狱被暴动分子控制，所以监狱已经自行启动了自爆程序。就在苏和杰尼开始逃命的途中，出现了一个神秘的蝙蝠怪，该怪物会在苏和杰尼的逃脱路线上进行阻挠。但是二人不愧是姐弟，相互配合十分默契，最终还是成功逃到升降梯处与瑞德和本回合。配合的方法十分简单，游戏会给玩家以提示。
4.危险的升降梯
本以为来到升降梯后就会安全，但是瑞德等人发现，这里也同样危险！许多的机器守卫也跟随他们进入升降梯，并对升降梯进行破坏，而瑞德等人只好拼死保护其不受伤害。这时另一只蝙蝠怪出现，试图将四人击毙在升降梯上，可是自身能力有限，最终还是死在神奇四侠的手里。当四人从监狱死里逃生后，军方的人早就等候在外面——原来这一切都是他们安排，他们为了证实神奇四侠是敌是友才将他们安排进监狱里，帮助他们消除暴乱。同时为了再次考验神奇四侠，军方决定松四人去一个神秘的地方，如果能顺利完成任务，作为交换将为四人提供一个消息，四人无奈只好接受。
第八章 奇异的世界
在这个世界里，所有的怪物都是机械构成，两个强力BOSS也十分变态。对付第一个BOSS时，不要与其硬拼，在其施放完技能后一小段时间里会在原地不动，这时看准机会出手，既能有效地减少人物的损失。第二个BOSS是一只机械龙，由于移动速度太快，根本无法靠近攻击。但是每过一段时间后，地面会冒出许多的柱子，机械龙会攀爬在上面。此时玩家就将其攀爬的柱子击毁，让BOSS从上面掉下来，如此多次，就能消灭掉它，而自身却不会有太多的损失。
第九章 宇宙空间站
有消息称一个宇宙空间站发生不明事故，站内设施全部瘫痪。军方要求神奇四侠前去查看，曾是宇航员的他们欣然领命前去。由于空间站内没有重力，所以该任务只有杰尼能完成。进入空间站后，必须马上穿过过道，到控制室将重力系统重新启动。行动要快，因为这里有时间限制。打开重力系统后，回到出发地，打开旁边的舱门，进入后不要与怪物过多纠缠，争取时间修复舱内的动力系统，这里同样有时间限制。需要注意，有些舱门被树藤缠绕住，所以十分隐蔽，要特别留心观察。由于体力消耗过多，苏和本将疲劳不堪的杰尼换回后，两人继续搜索整个空间站，发现记录空间站信息的黑匣被一树型怪物占据着。将其搞定后，场景切换至瑞德那边。瑞德进入空间站的任务就是启动其自爆程序。因为空间站以被怪物们整个占据，想要启动自爆程序，必须先解除周围的保护程序，这些解除程序都在走廊旁边3个的控制室内，多跑几次就能完成任务。
最终章 追捕DOOM
从宇宙返回地面后，由军方提供的消息得知，之前所发生的一系列事件都与一个名叫DOOM的人有关，而这人正是神奇四侠的死对头——DOOM博士。
1.门前小屋
这部分的任务由本和杰尼共同去完成。来到DOOM的老巢，两人还未展开调查，门前就以出现许多机器人。将它们全部干掉后就可以进入屋内。
2.大厅的电子炮
两人进入大厅后发现中了埋伏，大批机器人纷纷出现在大厅，并将两人包围。大厅内还有一门电子炮，显然这是杀死那些机器人的关键。从一个机器人手里抢过电子炮，上前启动它，不用花费多少时间，大批的机器人就以死在炮口之下。之后本抑止不住内心的冲动，决定孤身前去找DOOM算帐，而这正好中了DOOM的圈套。
3.遥控机器人
这时苏和瑞德已经潜入大楼内部，并与机器人展开了战斗。虽然在路过阳台时，被直升机袭击，不过二人还时顺利来到阳台另一端的房间。但是这个房间内有很多忍者机器人，这种机器人身手敏捷且攻击力超强，是比较难对付的角色。这个房间内还有一个遥控机器人，其杀伤力只能用恐怖来形容。能否成功驾驶它，将是通过本关的关键。
4.新仇旧怨
消灭掉忍者机器人后，杰尼正好赶来回合，并将本的事情告诉了苏和瑞德。三人决定先找到DOOM，而不去寻找本。来到天台后，最终BOSS——DOOM出现，三人合力将其击败后，准备上前查看DOOM是否活着时，又中了DOOM的诡计！原来它刚刚时假装被打败，故意保存实力，结果三人同时被打翻在地。
5.归来
当本醒来后发现，自己已经变回原来的模样，并且不再拥有超能力。他知道这一切肯定是DOOM搞的鬼，但是由于没有了超能力，本对付普通的机器人都很吃力，所以要多借助于道具来杀死那些机器人。千辛万苦终于找到了能力恢复器，本现在又成为了大力侠。
6.生死之战
正当DOOM要杀瑞德、苏和杰尼时，本突然出现。愤怒的他说要亲手将DOOM杀死，二人随即一对一开始单挑。但是本的能力比之DOOM还是差出许多，二人从楼顶一直打到大街上。奇迹出现了！刚刚被DOOM打倒的瑞德、苏和杰尼已经恢复过来，这时四人联手开始对付DOOM，并最终靠四人之间巧妙地配合将DOOM打败。最后的决战有很多组合式的打击，需要玩家去亲自操作，光靠硬拼不能获得胜利
