X结局1（ZERO加入）：
打败SIGMA后，X和ZERO找到了GATE的尸体，虽然希望渺茫，但X还是想让DOGLAS尝试救活GATE，因为他深知失去同伴的寂寞和伤感。其他人也都决心，为了防止下一次SIGMA或其他病毒的侵犯而努力。
X结局2（ZERO未加入）：
打败SIGMA后，X和ALIA找到了GATE的尸体，虽然希望渺茫，但X还是想让DOGLAS尝试救活GATE，因为他深知失去同伴的寂寞和伤感。而ZERO则在暗处一直默默的看着X，ZERO还有很多要做的事，等到事情都办完了，他会再次出现在X的面前，为了未来而携手作战。
ZERO结局：
打败SIGMA后，已经完全认可了X的能力的ZERO决定将自己暂时封印起来，因为他知道自己本身就是和平的一个威胁，而特殊的结构又使目前的技术力量无法解析自己。为此，他准备睡上一百年，他相信，以一百年以后的技术力量，一定能解析自己，一定。
