在游戏中，《巅峰战舰》为各位舰长提供了两种操作模式一种为自动模式，一种为手动模式。
自动模式
又可称为“辅助驾驶模式”，使用该模式时各位舰长大大只需调整行驶的4种档位及控制战舰左右转向即可轻松操作。
自动模式操作分为挂挡和转向两个操作
在《巅峰战舰》，每艘战舰都拥有4个档位：全速前进、半速前进、停止、倒退。当选择全速前进时，战舰将以最大速度行驶；当选择半速前进时，战舰将以最高航速的一半行驶；当选择停止时，战舰将停止动力供应进行自然减速至停船；当选择倒退时，战舰将以较慢速度后退。
需要注意的是不同战舰的换挡都拥有不同的响应时间，大型战舰（战列、航母）的响应时间较长，中、小型战舰的响应时间较短（巡洋、战列），该设定完美的还原了现实中不同战舰的驾驶感受。
在实际战斗中一直向正前方前进，那么转向就成为了必不可少的操作，在挂挡左右两边的扇形区域，即为我们的转向按钮。
在进行转向时，需按住转向按钮，方可进行完整的转向操作。和挂挡一样，不同战舰的转向速度也是不一样的。一般来说，驱逐舰这类灵巧的战舰转向速度，要远好于战列。
手动模式
手动模式是提供给更加追求操作和个性化的船长准备的。操作相比自动模式，要复杂一些，但是随之而来的好处是可以让舰长更加细致的操作自己的战舰。这在混战中可以带来巨大的优势。
手动模式并不存在挂挡选项，玩家的手必须时刻按住对应区域。一旦离开操作位置，战舰将停止运动。而左右的转向操作，则需要舰长在按住前进的同时，将前进按钮左右移动至弯角指针处，方可进行转向操作。
战舰的手动/自动操作模式，可在游戏战斗界面左下角点击，可根据自身喜好切换。
