第一阶段
诺亚公园
游戏的初始关卡，必须强制通过。而本关之后第二阶段的8个关卡顺序则可自由选择。
关卡要点：当过第一个小水沟时，要注意艾克斯无法蹲下，也无法斜向下射击那些小蟹形机器人。然后遇到的一处悬崖需要艾克斯冲刺才能过去，第一次玩会让你大呼头痛。对于杰洛的考验是，第一次要进行2段跳才能飞到房间上方出口，熟悉操控是本关的最大任务。
隐藏要素
1.杰洛在遇到的第一个瀑布前进行2段跳，跳进瀑布里的一个平台，可得到稀有金属。
2.前提是艾克斯已取得了头部配件，从第一个房间出来后，跳起就可看到画面顶部出现了一些金属，旁边有一处地方岩石与众不同，艾克斯在下面跳起击破岩石，上去后取得稀有金属。
3.主角必须是艾克斯，时机是第二次进入诺亚公园，地点在前次需要杰洛第一次进行2段跳的房间前，可发现先前没有打开的门这次开启了，艾克斯进入后得到手腕配件I。
奖励关卡：在瀑布前镇压小蟹形机器人的暴乱，敌人数量很多，但威胁不大，唯一需要注意的是那只飞来飞去的机械手。本关最大可杀敌999，目的就是赚取金属，没有实际意义。
Boss：铁手机器人
Boss战技巧：本关会3次遇见Boss铁手机器人，他会一次比一次表现强。第一次露面，建议选择艾克赛尔滞空射击它，一旦被它的飞爪擒住，赶紧换人就OK了。第二次要待它从瀑布中露头了才能打击它，不过可使用双重攻击。最后一次，这厮变得很强了，需要艾克斯蓄力后射击其头部使它暂时瘫痪，然后再攻击其背部，并注意收集它掉落的钻石。几次发动双重攻击之后就可击败它了。
第二阶段
舵罗尔亚基地 猎人训练场所，用于研究“希力欧斯”的暴乱原因。
关卡要点：这里是由8个小的训练关卡集合而成的。在主画面中的背景上可看到3排点阵，由高到低代表每个小关卡能得到的上中下等评价。训练关卡的难度是互动的，前一关的表现决定了你下一关的难度，同时也决定了你的起评档次。只要你失败一次，难度就会下降一档。每次表现达到最好标准就会让下次训练课程提升一档难度。此外，后期训练关卡之间的行进跳跃有一定的难度。
隐藏要素
1.在第四段训练进入第五段训练之间的地方，画面左上角高处有隐藏的配件，需要让艾克斯从右上角高处反身冲刺过去（按X键）就能到达。还有一个必要的前提是艾克斯已学会了迫击炮弹。
2.在第六段训练进入第七段训练之间的地方，利用冲刺就能得到稀有金属，对杰洛很有用。
3.训练关卡每次都能得到上等评价，可得到稀有金属。或者大多为上等评价，一两次为中等评价，也可得到稀有金属，两种金属作用不同。
特别关卡：这里的挑战是很多人梦寐以求的，也是勾起老资格洛克人玩家美好回忆的地方。如果玩家可达到这关从头到尾不丢一格血，而且每一小关都能以快速度击败敌人而使自己拿到所有上等评价，那么在最后就要进入Boss决战前会得到与昔日8位机上的Boss——剪刀人重逢的机会。不过前提要求很难达到，难度比较BT。
Boss：向日葵
自身属性：光
相克属性：暗
Boss战技巧：向日葵看上去并不凶恶，初期会在地面射出一条激光，遇墙后会反弹，要注意跳跃躲避。当它的HP减至一定程度后，激光会变为两条，这时要一边利用艾克斯的冲刺本领，一边利用它制造的障碍物躲避。当它的HP减至一半后会出现贯穿屏幕的红色巨型光柱，对主角的威胁就更大了。另外，它释放一种笼子具有捕捉效果，假如被捉住后要马上更换人来脱身。向日葵闪光效果时是不受攻击伤害的，当它刚刚钻出地面时打击它最为有效。 南极冰山
环境试验中心系统失灵，需要尽快恢复运作。
角色建议：首选艾克斯，其余一个在杰洛和艾克赛尔之间任意挑选。
关卡要点：本关类似于赛车形式，按Z键是刹车，X键是加速。沿途的敌人很容易对付，难点在于很多冰川的深坑地段需要借助跳板飞越，所以掌握方向和时机是需要一定技巧的。途中会遇到Boss驾驶着飞机两次拦截主角，第一次需要在躲避和射毁小兵、炮弹之后，利用飞机接近地面时射击机体，多次重复方能打败对方。第二次破坏飞机的良机出现在两种时刻，其一是在飞机正面对准自己，并向主角冲撞而来时，但在射击几枪后，要马上避开其威猛的撞击；其二是在飞机贴近地面飞行时，按X键加速迫近飞机连续攻击它，但很容易被飞机尾部扔出的东东击中。
隐藏要素
1.打完第二次飞机时主角会自动跳离飞车，在和Boss决战的门前会有个T字形墙壁，使用杰洛的2段跳上去。这里的难度较大，首先要在T字形墙壁的某一特定点往外跳之后，然后再看准时机跳一次才可能跳上去。跳上去之后会看到有好几个冰块挡在前面，这时用艾克赛尔的雷射枪化之，进去就能取得配件。
2.紧接着往画面左边走，向前腾空冲刺飞起不要停，直到看到平台再落下来，上去后得到稀有金属。
Boss：雪崩怪
自身属性：冰
相克属性：电
Boss战技巧：战斗在齐腰深的雪地进行。冰属性的雪崩怪一开始会释放冰晶攻击，注意选择缺口躲开，可考虑艾克赛尔的滞空攻击。失血过多之后它会从雪地里使出升龙拳，而后还会放出大型雪花试图冻住玩家，要灵活使用换人功能。使用电属性的攻击会收到事半功倍的效果。
火山地狱
镇压正在发生暴动的废物处理场。
角色建议：选择杰洛和艾克赛尔搭档比较合适。
关卡要点：对玩家跳跃能力要求很高的关卡（擅长游戏《钻子先生》的朋友就感觉很容易了），要连续不断借助平台往下跳，屏幕始终往上卷轴，稍有迟疑就会被卡死。注意有一些平台上会有踏一下过数秒钟就会引发爆炸的油桶，还有某些阶段有横贯屏幕的激光伤人。在一段由尖刺和管道构成的房间中，需要小心的敌人是一种持冷冻枪的小兵，被其射中后身体会被冻结，短时间内无法活动。战胜Boss之后的阶段逃生时，屏幕变成了往下卷轴，需要连续往上跳避免被通红的岩浆烧死。
隐藏要素
1.在那段有尖刺和管道构成的房间最高处的左边墙壁上，尖刺中间有一个小洞口，此刻无法进入其中。但在此段最底部有一个喷火飞人，利用艾克赛尔的复制功能复制这个飞人，然后再回到最上层就可进入洞口取得杰洛的武器。
2.还是在这一段中，某处地板踩上去感觉很不牢靠，控制杰洛抡起大锤子敲碎地板，掉下去可得到稀有金属。
3.艾克斯的腿部配件H，但中间有管道阻挡不能直接过去拿，需要从下面多次利用2段跳跳上去才能得到。
4.穿过一个房间后，是第二次朝下跳的场景，先别急着下去，借助空中的几个平台，跳到出口的正上方，进入隐藏房间得到稀有金属。
奖励关卡：往下一直跳，测试此段地域的深度。
Boss：火焰鸟
自身属性：火
相克属性：冰
Boss战技巧：火焰鸟擅长一些火属性的高招，开始表现为喷火飞铲。当HP减到1/4时会令主角脚下的5个油桶不断起伏，注意不要让自己站在最高或最低的油桶上。当它只剩下1/2HP时会在屏幕左右两侧冒出高高的火柱，此后它还会向一侧喷火，这里因为地域狭窄，所以尽快利用双重攻击来干掉它比简单躲避要实际一些。
神秘堡垒
搜索反重力研究所上空出现的不明建筑物。
角色建议：选择艾克斯和杰洛搭档
关卡要点：这一关由很多小房间组成，房间里的红色按钮可让房间顺时针180度旋转，而另外的绿色按钮则会顺时针90度旋转房间。出口传送点呈现绿色的发光半球状，有时候出口被箱子挡住了，需要多次旋转房间才能找到，但要小心不要让自己被旋转后落下的箱子砸死了。最难的是一处有着6个箱子的房间，箱子中会伸出尖刺，还会依次掉落，主角需要在其间寻找空隙灵活躲避，历经多次考验后才能离开房间。
隐藏要素
1.从上述最难的有着6个箱子的房间出来后，接下来的一个房间里有着许多尖刺和两个绿色传送点，将房间连续翻转多次，进入其中一个传送点，就可得到盔甲配件。
2.在那个需要上多级台阶的地方，左上角有一个箱子，让杰洛跳到箱子上面，之后换成艾克斯在箱子上面使用水晶墙，按S键蓄力形成的水晶可把箱子里面的东西带出来，这就是杰洛的某种特殊武器。
3.行进到最后一个四周都是尖刺、中间是移动的箱子的房间时，左下角有杰洛的功夫扇。不过要得到有些棘手，需要利用艾克赛尔的复制功能在这一关开始时复制一种可在尖刺上行走的敌人，之后变成他的样子就可取得了。
Boss：蚂蚁精
自身属性：重力
相克属性：暗
Boss战技巧：战斗开始后攻击你的仿佛是那些充满灵性的箱子，蚂蚁精倒像是一个旁观者，局外人。它不断改变重力的方向来让箱子四散跌落来砸你。等到蚂蚁精开始在房间中央营造出一个黑洞时，实际上代表着反击它的机会已悄然来临。当心它发出的一种绿色小球有捕捉作用，一旦被抓需要转换角色脱身。当其HP只剩1/2时这厮会不停地放大量的箱子砸你，左右冲刺躲避是最适合的。
海上神坛
阻止目标移动，恢复都市管理系统。
角色建议：关卡对3个人物的能力要求没有区别，故可任意搭配。
关卡要点：这一关和电影《第五元素》的一些片段很相似，属于3D状态下的追逐和射击模式，要在尽量避免撞上沿途障碍物的同时，注意吃到路上那些补充武器槽的光球，还要抓紧时间射击敌人，关键是按S键按钮加速紧追敌人，本关有时间限制，转了3圈还没有打倒对方就失败了。
Boss：闪电水母
自身属性：电
相克属性：地
Boss战技巧：战斗在一个小平台上进行，初期闪电水母不停地来回飞，看准了躲开它的攻击并且不停射它就可以了。1/4HP时开始发出6个小水母，并且放出电闪栅栏把你困住。要注意的是它此时的飞行路线会发生变化。在仅余1/2HP时启动大型闪电伤害很大。释放之前仔细观察地面，有亮光的地方就是闪电要劈下的地方。最后还会放伞状闪电和大水母，这时单纯躲避不是办法，还要伺机在自己生命受损时给予对方更大打击。注意被水母抓住时换人即可。
火箭森林
找出火箭保存处发生异常反应的原因。
角色建议：选择艾克斯和艾克赛尔搭档比较合适。
关卡要点：大树参天的森林里，有着与众不同的特点。本关玩家可驾驶一种机器人作战了，如此这般，不仅战斗力更强，而且还是拿到隐藏物品的必要前提。如何控制好机器人的行动是过关的关键。通过传送带和升降平台将机器人送到更远的地方需要一定的技巧和手段。此外，主角艾克赛尔的复制人功能和艾克斯的冲刺功夫也是需要灵活运用的高招。
隐藏要素
1.打完第一批机器人时出去，会看到两只拖着爆炸球的弹头怪，打死它们之后把机器人放在升降梯，升上去之后换成艾克赛尔驾驶机器人，先让机器人在空中飞一小段之后，此后让艾克赛尔脱离机器人，马上浮在空中飞过去，在大树旁边的小平台上会得到配件。
2.一开始的喷水池那里有一只身体较高而且会变成球滚来滚去的机器人，用艾克赛尔复制弹干掉它取得DNA后再继续往前走直到刚才拿配件的那个地方，在那里往下跳直到底部往左走会看到一个小通道，一般人进不去，这时就让艾克赛尔变身为刚才那个可变球的机器人进去拿稀有金属吧。
3.继续往前走会看到有刺的传送带上会有一些箱子在移动，这时就抓紧时机沿中间的道路进去，之后继续往左走会看到一个机器人，骑上穿越传送带，接着往右边的平台飞，到了之后先离开机器人继续往前走，前方有一个开关，按下去平台会自动下降，这时回去接着驾驶机器人跳上平台，借助它摧毁黑色的箱子，在地面有图样的地方使用艾克斯的水晶墙功夫，获取稀有金属。
4.完成上述第三步后，千万不要让机器人毁掉，驾驶它继续前进。不要让它踩爆所有箱子，之后会到达背景有金属的场景，让机器人从尖刺传送带传送进去，自己撞一次后利用隐身进入，之后驾驶机器人，到尽头得到稀有金属。
Boss：熊猫怪
自身属性：木
相克属性：火
Boss战技巧：熊猫怪一开始会发射从天而降的竹笋炸弹，它受打击多次后会低头从后背发射手雷，而且如果你靠近它后，它还会周身冒火。当其剩下1/2HP时，从地面会立起大竹子攻击你，它还会在周围做出半球状的紫色防护罩。小心应付它的进攻，干掉它还是比较容易的。
金属村
在金属采掘场发生暴乱，要尽快赶到现场镇压。
角色建议：选择艾克斯和杰洛搭档。
关卡要点：在金属采掘场一开始就被一个巨型机器人追，一边逃命一边还得对付沿途的小兵，逃到尽头需要打开吊车的开关，控制吊车臂吊着的铁爪撞击机器人的头部。击打开关3次就可打退机器人。机器人击退后转身就逃，追赶它时射击其上部会有大量金属掉落。当它逃进房间后，在半空的L形走道里来回击打两头的开关，控制吊车臂吊着的铁爪撞击机器人的头部6次就可彻底打瘫痪它。
隐藏要素
1.最初逃亡的阶段可看到巨大的恐龙骨架，跳上去在末端冲刺可取得稀有金属。
2.在一个小土坡下方有一个凹处被石头和油桶堵住了，在上面打开开关，启动吊车。之后机器人转身逃跑时，从高处的悬崖往吊车冲刺，接连跳过几个吊车臂上的高空木台，最后得到稀有金属。
3.原先被封住的凹处现在可打爆油桶进入，可得到艾克斯的身体配件I。
4.在机器人逃跑的后期，在一个凹沟里，使用水晶墙就可得到稀有金属。
Boss：滚石甲虫
自身属性：地
相克属性：重力
Boss战技巧：滚石甲虫外面裹着一层厚厚的甲壳，当它脱掉甲壳时才能有效打击它。它会释放金黄色的水晶和飞行的紫色水晶攻击玩家，而后还会在地面左右冲刺撞击主角。避过之后打击它，不是太难的挑战。
黑暗地域
潜入地下兵队基地，停止其一切武器生产活动。
角色建议：选择艾克斯和艾克赛尔搭档。
关卡要点：阴森黑暗的建筑物内，玩家沿着走廊前进，探照灯有规律的扫射，一旦被发现了就会触发警报，来去的道路均被封闭，走廊旁边的房间里就会出现一些士兵，此处的要点是必须把持盾的士兵头目消灭掉才可继续通行。由于小头目可施展防护罩功夫，所以这里也是打出空前绝后的999连击之最佳机会（如图22）。关卡后半部分出现了几次需要乘坐升降平台时，而在楼道里会有一段段的激光射线，这时需要玩家用手扣住平台边缘，躲在远离射线源的另一端方能避险。
隐藏要素
1.在进入有很多探照灯的走廊后，在走廊尽头可看到对面的小平台上面有个血瓶，跳到平台上，并攀附墙壁向上进入一个入口。利用艾克赛尔的变身能力变成士兵（按A键），按S键向门前打瞌睡的士兵敬礼，他就会规规矩矩地开门。进入发电机房后，在发电机前的地板上，利用艾克斯的水晶墙得到稀有金属。
2.接着用艾克斯的闪电打拳功夫，连续对着发电机放电用，发电机就会开始工作，之后整个黑暗地域的灯就全亮了。离开发电机房，沿来路回去，发现刚才经过的走廊半空中有多处平台，在最远端的平台上得到稀有金属。
3.之后需要按照最初的方向前进，在刚才进入发电机房的入口处跳下去，在下层的走廊尽头有两处平台，最高处的平台上有杰洛的新武器。
4.本关最后的游戏后半段最后一个需要乘坐升降平台的楼道里，平台不停往下降，但是如果抓紧时机不断沿墙壁往上跳，右边会有隐藏房间，在其中获得艾克斯的身体配件H。
Boss：黯夜螳螂
自身属性：暗
相克属性：光
Boss战技巧：黯夜螳螂初期的威力很弱小，完全没有Boss的气质，但是一旦你小瞧了它的威力就会上大当。它第一个让你吃惊的是放出黑色的追魂箭，雨点一般地落在地面。而之后的扇形光波斩更是力发千钧，紫色的攻击范围覆盖了足足一半的屏幕。要躲开这种攻击，只有看你是否能在其出招前看准方向，利用冲刺迅速躲到另外一边去，同时利用其短暂的不设防时段反戈一击。
第三阶段
雅科布
利用卫星轨道检测出从西格玛发出的通信信号。
角色建议：选择艾克斯和艾克赛尔搭档。
关卡要点：乘坐巨大的升降平台上去，沿途的小虾小蟹根本是螳臂当车，轻松解决掉。在最高处遇见维拉。
Boss：维拉
Boss战技巧：维拉对于玩家而言并非新角色，在前面的关卡中某些房间里你可能与它“巧遇”过多次。初期它会不停地放出光球，你只要不停地冲刺并寻找其中的缺口就可躲开。这之后它会释放追踪闪电和地面烈火，剩下1/2血值时会爆发6组闪电网封锁几乎整个画面，并且闪电会有规律地旋转。掌握其规律，利用空隙冲过去，或者用隐身鞋穿越。蓄积光球可有效打击它。
月球通道
资料卫星检测出西格玛反应。
角色建议：选择艾克斯和艾克赛尔搭档。
关卡要点：进入西格玛宫殿后，和前面的8个Boss再次激战。注意每次和一名Boss战斗结束后，马上收集场景中的战利品补充血值和装备。之后宫殿将会发生爆炸，赶紧沿原路退出，在入口处遇见西格玛。
Boss：西格玛
Boss战技巧：当你精疲力竭地和8个Boss再次激战过后，最关键的是需要保证充足的血值，否则面对西格玛时会非常被动。西格玛的威力斩伤害极大，可跳到墙壁上躲开，它攻击力很强劲，全屏攻击伤害最大。后期会释放红色激光令地面着火，这时也只能跳到墙壁上去躲。注意西格玛的子弹可使用黑洞功夫吸收。
西格玛神殿
一切都是西格玛干的坏事，要立即消灭它。
角色建议：选择杰洛和艾克赛尔搭档。
关卡要点：降落在月球表面，小心路上的深渊，掉进去就没救了。进入神殿后遇到维拉的复制版，它驾驶着机器人座驾，比上次遇到要难对付一点。干掉它之后继续前进，神殿内部出现许多小兵化身的西格玛幻像，它们都是不经打的纸老虎，这里难度最大的是如何巧妙地跳跃前进，如果身手不够敏捷的话完全无法通过此处。在最后的大殿里遇见被DNA病毒强化了的西格玛真身。干掉它后，真正的元凶露明妮现身了，需要打死它两次才能结束战斗。
Boss：维拉复制版
Boss战技巧：维拉驾驶着机器人座驾时，你就无法伤害到它本身，所以要尽快将它“斩落马下”。然后对付它的手段就和前面一样，没有太多不同，只是这家伙很明显地增强了不少战斗力。
Boss：西格玛终极版
Boss战技巧：西格玛简直就是邪恶的化身，终极版的它比前面那个强化了太多，简直不可同日而语。它手持一把绿色的巨剑，靠近它就会遭受致命腰斩，远离它也会受到光圈追击。选择杰洛跳到其身后的墙壁上攻击它，也可让艾克赛尔浮在半空中打击它。当其剩下1/2HP后，它可能伸出魔掌将你捏住，赶紧换人脱身吧。当它从天而降猛然斩击主角时，请赶紧使用冲刺手段进行躲避。最后当它在画面两侧点起火柱时，记住切勿跳到墙壁上，这样会受到致命的打击。
Boss：露明妮
Boss战技巧：原来邪恶的西格玛背后还有小女孩一般的露明妮在捣鬼，它的外形柔弱，但是本事决不是泛泛之辈。它周身围绕着8颗不同颜色的宝石，意味着它将前面8位Boss的功夫全部兼容并蓄，融于一身了。你静静地看着它变换着身体的颜色，使出和颜色一致的那个Boss的功夫，除了竭力躲避之外，还发现只有它变成自己本色时你才可正常攻击。真是可怕的“小甜甜”！当它变成蓝色发射出大功率的雷电攻击时，就是你给予它致命打击的最好时机。
Boss：露明妮终极版
Boss战技巧：一次失败并不能使露明妮彻底完蛋，它还在歇息时对猎人战队发动了心理攻势。当它化身为伸展双翼的大鸟时，决战的最后时刻终于到来了！露明妮从半空中俯冲下来发动了第一波攻势，这很容易躲过。然后就是一轮光波攻击，各种激光对人的伤害极大，即便小心应付可能也会中招一二。接着就是发射出许多大片的菱形金色羽毛来攻击玩家，看准这些羽毛的飞行规律，找到空隙跳跃或冲刺还算可对付。突然，不知道魔女使了什么阴招，天色一片昏暗，关键时刻到了！如果你不能在半分钟内结果它的性命，那么最后牺牲的将是正义的猎人。
尾声
最后阶段，艾克赛尔上前查看垂死的露明妮，不料被其暗算，身负重伤。大家思索着刚才露明妮说过的话，发现善与恶、真与假、对与错并非只是简单的对立。此次露明妮事件之后，政府决定放弃所有具备复制能力的新智慧型机器人，停止复制芯片的生产。可是，随着开发宇宙的不断深入，人们对于更高性能的机器人之需求却是越来越大。若干年后，这种内在的矛盾让复制芯片的生产再次被提上日程……
