故事发生在织田信长死后的伊贺国，丰臣秀吉借助西洋人的力量，势力正如日中天，日本国内的大名纷纷联合起来，以保全各自的家族势力。而从小就立志成为一名忍者的主人公美少女日奈，这一天终于忍不住向父母告别，来到了伊贺，拜明星人物天心小姐为师，开始了忍者的艰苦修炼……
第一章初次考验
半年后的一天，天心正传授日奈学习隐身术，突然加乃前来传信，立即到冈崎的服部半藏大人处，有新的任务指派。问过一村民后往东北方向经过大安村来到了尾张城，遇见黑市商人黑铁买到一些特殊的物品，然后继续往北到达了冈崎，刚一进村就遇见了下忍，没来得及说上几句就掉进了陷阱，看来要见到主人半藏还得接受一番考验。好在地道中并无怪物，只有一个很简单的机关，只要小心一步一步走，很容易就可以通过。见到半藏大人后，他关心的问天心一年来的生活，原来天心曾是半藏手下的忍者，一时负气出走，许久没见两人叙旧一番。之后又陆续见到替父传信的小京，同样也前来接受任务的加乃和她新收的徒弟伊夜。似乎半藏大人的任务还很有些难度，雇佣了这么多的人手，仍然不放心，还得让日奈和伊夜这两位新手参加一场测试，只有通过了才有资格做为忍者接受任务，没办法只好去此处东边凤来寺里的洞窟中取回一份卷轴。而天
心和加乃两位师傅则要等她们回来再商议具体的任务。
凤来山
此时两人的等级都很低，凤来寺里面的敌人根本打不过，建议先在冈崎城外多练功升级，如果血不够了可以很方便的进城内的客栈睡一觉，除技力外，其他各项全加满，技力是每普通进攻敌人一次，就增加一些。也可到凤来寺山东边的滨名湖温泉附近练功，损血后进温泉一泡，体力、技力、术力全加满！之后，到离冈崎西边的修行山，只要多备好补血道具，把“地狱炎罗”学会更好，到游戏后期也是经常用到的技法。等级大概达到6级以上后就可以进凤来寺了，走法：进去后→拐一个ㄇ型的弯→一直走可以看见一个地藏菩萨的石像（此处存档）→先往左边拿松茸再往上走（地藏石像隔壁那条路），→进入后→直往右上的方向走→到达一个有湖水的地方→开启宝箱后得到卷轴→再与此处的BOSS妖鬼王、妖鬼后交战。
