武林至尊，宝刀屠龙。号令天下，莫敢不从。倚天不出，谁与争锋？” 在宋朝末年这二十四个字响遍江湖，倚天神剑不见踪迹，宝刀屠龙所过之处莫不掀起一场腥风血雨。武当七侠中的俞岱岩在调查宝刀的事件中被人用大力金刚指打碎了全身骨骼，老五张翠山为了追查真凶与天鹰教之女殷素素相识相爱，在王盘山的大会上金毛狮王谢逊突然现身，以狮子吼杀死了与会的所有高手，而张翠山与殷素素被掳至一艘大船上，与谢逊一路上斗智斗勇，殷素素古灵精怪以银针射瞎了谢逊双眼，谢逊不由狂性大发，三人一起流落到极寒之地的一座岛屿上——冰火岛。
张殷两人在岛上劫后余生结为夫妻，一年后殷素素临盆在即，恰逢谢逊发狂之际产下了一子，殷素素于是便让谢逊收这婴儿为义子，化解他对两人的仇恨，谢逊于是为婴儿起名为无忌，十年以来视如亲子疼爱有加，这段时间四人造了一艘木伐等某一天刮起了北风，张翠山一家三口踏上了重返中原的旅途，而谢逊则留在岛上继续参悟屠龙宝刀之内的秘密。
没想到的是三人刚抵中原就受到名门邪派的追逐，张无忌也被寒冥玄功打成了重伤。当武当祖师张三丰百年寿诞之际，众门派齐聚武当逼问狮王下落，张翠山夫妇自尽在大殿之前，张无忌便在武当山住了下来，两年以来张三丰一直用九阳真经来抵御无忌体内的玄冥神掌之毒，但在这年中秋的时候无忌再次寒毒发作，张三丰决定带他前往少林求教九阳真经不足之处，以求他垂危的性命，不想这一次拜访还是无功而返，在赶回武当的途中遇到了受蒙兵追杀的常遇春和周芷若，张三丰出手相救，同意让常遇春带着无忌前往蝴蝶谷向见死不救胡青牛求治，而周芷若则由他带上武当收留。
第二章：少林求治玄冥伤 身入蝶谷觅医方
前往少林之前张无忌可以选择休息一下，然后在武当山转一下可以拿到一些装备和道具，来到正殿右侧的院落里，进入堂屋（宋远桥站的那间屋子）在墙边可拿到一只醋坛。往右来到俞岱严的屋子可以要到猎户装，花盆上拿到燕窝，在书架上的卷轴处可以看到八卦图解和说明，记下符号和卦象的关系。回到院子进入右边的厢房，这是六叔殷梨亭的屋子，在柜子里可找到棉线，在书架旁的竹篓里可找到当归。注意在这几间屋子的书架上可以找到太极长拳的招式，好好学习一下吧，这样当走出院子的时候可以从张三丰的手上拿到一套太极拳谱。
一路来到少林寺，守山门的少林僧人不相信这平常的老头就是大名鼎鼎的张三丰，出手将他们教训一下吧，在这里有张三丰保护无忌可以练一下功。打败他们后终于可以烦请通报，在一苇亭见到方丈空闻大师了，将张无忌身中寒毒的事说了一遍，但少林恃功自傲不肯交换功法，张三丰只得长叹了一声领了无忌离开少林。在山脚看到常遇春领着一小女孩受蒙兵追杀，张三丰出手将蒙兵击退救下两人，常遇春为报救命之恩愿意带无忌前往蝴蝶谷救医，而周芷若则随张三丰到武当暂居。
来到蝴蝶谷在草庐见到胡青牛，由于张无忌不愿身入魔教胡青牛便不肯医治，当他走出屋外时当即昏倒在地上。当他醒来时胡青牛正给他炙治，于是强忍疼痛与胡青牛谈笑自若，在讨论带脉的时候得到了一本《子午针炙经》，之后可以自由活动了。
第三章：小童灵心施妙手 针其膏兮药其肓
先在屋里搜索一下，在花盆处拿到防风，水桶处有丝线，鱼篓处有小还丹，桌子上有大还丹，水缸处有人参，查看一下墙上的华陀行医图，可以得到麻沸散的配方。出屋会看到倒在地上的常遇春，想办法救醒他吧。到左边的竹架上拿到牛黄、龟甲、鹿茸和龙骨等，走到北边柴房的左上角，这里泥土较湿可以挖到蚯蚓，然后在柴房右边缸上拿到玉蜂密浆和青蛇。进入柴房看一下子午针炙经，得知截心掌要用镇风丸和烈火丹来炼制解药。在屋子里还可找到一些道具，水盆处有钓钩，陶罐处有鸡蛋和大蒜，水缸旁可拿到柴刀，坛子处可找到炼丹炉，灶台上找到酒坛。
回到屋里再去找胡青牛可以要到金针，出屋就可以亲手给常遇春救治了，结果将关元穴弄得流血不止，而胡青牛又袖手旁观，无忌只好去找竹针试试了。往右上穿出去在小湖的右边找到竹林，用柴刀砍下竹子取得竹枝。然后打开装备栏，将柴刀和竹枝结合在一起（放到有锤子和砧板的那一格里）可得到竹针，这时就可以过去给常遇春医治了，之后再到屋里与胡青牛交谈，问他镇风丹要用青蛇和防风炼制，这时将两味药材放到炼丹炉就可以炼成了，接着再将大蒜和鹿茸合在一起炼制成烈火丸，将镇风丸和烈火丸合炼成截心掌的解药，将解药给常遇春服下就可打通他郁结的经络了，一个聪明大胆一个体魄强健，这个截心掌的伤终于给治好了，常遇春谢过无忌便出蝴蝶谷去了。
胡青牛在蝴蝶谷中本就极为无聊，无人为伴，现有一身患奇症的小孩儿来到，跟他东拉西扯讲论穴道医理，倒也颇畅所怀！无忌也感念胡青牛虽为人古怪，但还是帮他拔除阴寒之毒，所以也尽心俸待！一天胡青牛身染重病卧床不起，要无忌自行离去，就在这时谷里来了三个求医的人：简捷、薛公远、欧阳坌。他们全都患了各式各样的病症，进屋与胡青牛对话，原来那三人是被金花主人打伤的。出屋后遇到纪晓芙，没说两句她也倒在了地上，看来伤势不轻，于是将她救到柴房用竹针将之医醒，与杨不悔聊了几句便出去寻找药物了。
第四章：施毒斗法两俱伤 金花来袭何其惶
出门又遇到那三个受伤的人，他们请无忌出手为他们救治，好了去找药吧。将钓钩和丝线结合一起得到钩线，再砍一段竹枝合成钓竿，再将挖到的蚯蚓放上去得到有饵钓竿，这时将钓竿装备到手上走到水潭边就可以钩鱼了，这里要抓的是寒潭白鱼，如果钓上普通的鱼是没有用的，蚯蚓用完后可到下边大树旁边，三块石头中间的位置去挖，然后重钓直到得到寒潭白鱼（怪鱼）为止，回到柴房将怪鱼给纪晓芙服下就可治好她的伤了。
接下来去救治那三个武林人物的伤，无忌检视众人的伤势并做简单的处置，发现各人症状如下：简捷：头发脱落，奇痒难当！欧阳坌：被逼吞水蛭，腹内痛苦不堪！薛公远：体无外伤，但脸面红肿，口吐黑血！然后到胡青牛的屋里去查医书，下面要去找几味药材，来到后山的水潭边进入山洞，在里面宝箱可拿到断血散、银月链和靴子，姬发，虎啸刀，天母圣姬等，重要的是一只宝箱内分别可找到白蜜。打败一个守着宝箱的家伙可拿到药王神药签和药王神医书，打普通敌人还可拿到牛黄。红蝎和蜈蚣到院子棚子后面的树洞里可以挖到，这里要多试几次才成，将两者炼成二仙化毒散，再配上酒可得到二仙化毒膏。找齐了药物后就可以分别将白蜜、断血散和二仙化毒膏交给三个人了。
无忌虽将众人一一医治妥当，但因众人伤势未愈，便留众人在屋内修养，未料，这期间众人的伤势仍不时发作，病况反覆，让无忌大感不解。这天无忌发现有一人自胡青牛房间窜出，并于柴房中的饮水下毒，无忌以为是胡青牛便出手拦阻！打败这人后将她带到胡青牛的房间，发现她原来是胡青牛的老婆，为了救她要炼牛黄血竭丹，身上有牛黄和血竭就可以了。将药交给胡青牛后给王难姑服下，得知她是服了三虫三草之毒，胡青牛无法药救便也服下毒药，这时金花婆婆赶到，见两人服毒便自悻悻离开。
第五章：末肯断情将相忘 不悔仲子逾我墙
金花婆婆走后，王难姑醒来叫无忌去找牛黄血竭丹和玉龙苏合散，玉龙苏合散要由玄冰散和降龙散来练，玄冰散用丹砂和龟甲来配，降龙散要用龙骨和鹿茸配制。将两味药配好后给胡青牛和王难姑夫妇服下，两人遂离开了蝴蝶谷，临走时赠给了三颗九转苍龙丹和三株千年雪参。为了防备金花婆婆去而复返，无忌到后山造了两座假坟，不料刚造完那金花婆婆真的来了，交谈中金花婆婆知道无忌是张翠山的儿子，便逼他说出谢逊的下落，这时恰好灭绝师太赶到，用倚天剑削断了金花婆婆的龙头杖将她逼走，然后灭绝向纪晓芙问罪，派她去杀杨逍，纪晓芙誓死不依，结果灭绝火气一掌拍了过去。无忌见状连忙带着不悔妹子离开。
无忌带着杨不悔仓惶地逃下山去，两小跌跌撞撞，渴了喝泉水，饿了摘野果，晚上躲在破庙或山洞中休息，无忌想起在帮纪晓芙治伤时，曾说过不悔的爹爹姓杨名逍，是明教的光明左使，住在昆仑山的甚么坐忘峰中，于是无忌暗自下了决定，一定要将不悔送到昆仑山找到她爹爹，就这样两人-日行行歇歇，行了十五六日，方到河南省境。
无忌与不悔正在说话，那边有人打斗过来，两人躲到墙后听到苏习之和詹春的对话，那两个人说完话就一起毒发昏死过去，张无忌走上前探看一下，知道解这青陀萝花之毒要用何首乌、燕窝、五味子和紫河车来炼，于是只身赶往前面的沙河店找药材。在镇上进入魔法牌商店会发生剧情，接下来可以买魔法牌了，如果玩家有兴趣和银子的话。
在药店门口遇到伙计，他正要出去采药，老板也不在，等他走后可以在附近找到一个杂货商，从他手上可买到。拿到四味药材后将紫河车和何首乌炼成紫血宝丹，将五味子和燕窝练成活血丹，再将紫血宝丹和活血丹练成紫血丹，返回到镇外将药给两人服下解了花毒，詹春和苏习之决定前往昆仑山，于是无忌和不悔也随行前往昆仑。 第六章：奇谋秘计梦一场 当道时见中山狼
来到昆仑后无忌在殿外等候，詹春进去向师父何太冲解释了一番，得知五姑得到怪病便推荐无忌来医治，无忌查看了一下了解是中了金银血蛇之毒。来到外面的院落里寻找几味草药，一是灵脂兰和鸡蛋练成醉蛇膏，二是断肠草和青陀罗花炼驱虫药水。回到屋里与何太冲对话，然后就可以捉蛇了。捉到金银双蛇后还要一味药引，选乳香就好了，选其它的会将五姑治死，何太冲会上来拚命。
将五姑的毒解掉后，何太冲高兴之余当日便在后堂设了筵席，款待张无忌等人，张无忌心想杨不悔是纪晓芙的私生女儿，说起来于峨嵋派的声名有累，因此当何太冲问起她的来历时，含糊其词，不加明言。过了数日，五姑肿胀已消，精神恢复，已能略进饮食。张无忌便出言告辞，何太冲与五姑送张无忌与杨不悔下山，临别还送给琥珀蜜梨酒。就在这时班淑娴闯了过来，原来是她在五姑的饭菜里下毒，被张无忌搅了不由恼羞成怒，叫何太冲来杀无忌，就在这时杨逍现身，无忌不禁喜出望外连忙叫不悔叫爸爸。
无忌和杨逍两人力战何太冲夫妇，打胜一场后三人往后山跑去，在路上无忌说起纪晓芙死去的事，杨逍长叹一声领着不悔离开，无忌又孤零零地一个人了。往前来到悬崖处见云雾缠绕深不见底，着实可怕，就在这时班淑娴等人赶到，战斗中将无忌一掌打下山崖。
第七章：幽谷无忧岁月长 剥极而复参九阳
无忌掉落深谷中后，不知过了多久慢慢转醒过来，往水潭的右边穿过去换屏，看到右边石壁上有些异样，回到水潭边找到一块石头，然后返回来在路口遇到一只小白猿，跟着它找到大白猿，看它痛苦的样子决定救治它一下，不过要找到刀子针线并配出麻沸散才行。先到右边石壁处用石头敲击一下，得到边缘锋利的页岩，参照胡青牛房中画上看到的麻沸散配方，将黄莲和白芍制成九九丹，将大蒜和虎骨制成收魂丹，再将两者合成了麻沸散。
将页岩和柴刀组合到一起得到石刀，在水潭边拾到鱼骨，在上面使用石刀可拿到鱼骨针，然后将棉线组合到一起，得到缝针线。如果玩家在武当没有拿到棉线，不要紧，可以在树下面拾到椰子壳，用石头得到纤维，用两份纤维可以组合成麻线，同样也可以做成针线。
将东西准备好后就可以开工了，从猿腹中找到了一本书，原来是九阳真经，还有一张钉头七箭的魔法牌。全部拿到之后返回去，在山壁会发现一微风吹送过来，于是在那里安心修炼书上的功夫。幽谷中岁月正长，无忌存了这个成固欣然，败亦可喜的念头，居然进展神速，只短短几个月的光阴，便尽数参详领悟了经书上的第一篇功夫。练完第一篇后，屈指算来，无忌早该因寒毒发作而亡，可是反觉身轻体健，真气流转，全无病象，待练完第二篇经书后，便已不畏寒暑，只是练到后来，越是艰深奥妙，进展也就越慢，第三篇整整花了一年时光。无忌在这谷中幽居，至此时已五年有余，从一个孩子长成为身材高大的青年。
由于参详不透钉头七箭的秘密，张无忌先到谷中转一圈，要与每一只白猿交流一下（共有七只，每一次都要使它们站起，那个大猿可以拿到药草），然后再回来到透风的石壁前参详，在幻境打败心魔，终于练成了钉头七箭和九阳神功。往右来到下一屏场景，心想九阳神功初成何不找个山壁薄弱的地方试拳，或许能打开一个小洞离开这困了好几年的地方。返回到练功处用九阳神功轰开了一个石洞，张无忌终于可以离开这里了。
第八章：青翼出没一笑扬 祸起萧墙破金汤
离开了昆仑山往前行去，在前方听到了嘶杀声，原来是灭绝师太正率领正派人士攻打光明顶，不消片刻便尸横遍野，张无忌心里很是难过，不知要如何来休止这场战争才好。想起幼时爹娘的惨死，少林求医被拒，蝴蝶谷纪晓芙被杀，昆仑山何太冲恩将仇报，这些所谓正派不免让人心寒，反倒是常遇春，胡青牛，杨逍这样的魔教人士让他感到钦佩。于是他上前与灭绝师太对话，利用她亲手杀死徒弟的秘密引她离开，结果师太却意在灭口要让他接下三掌，结果无忌用九阳神功上的心法硬接了她的佛光普照，灭绝心里惊骇不已，率众愤愤离开山顶。
张无忌与吴劲草一回到明教光明顶大厅，却发现明教五散人与杨逍、韦一笑七人，净皆盘腿坐于地上，显然是受了内伤，却见一灰袍道僧站立其中，随时都可以要了众人的性命。在得意忘形之中圆真说出了当年与阳顶天夫人私通之事，由秘道潜入光明顶的隐情。张无忌听了不由大怒，上前击败了圆真跟着他进入一个院落，左顾右盼也不见他的身影，不远的门前小昭正和杨不悔说话，连忙上前相认并让她去大厅照顾杨逍等人，再与小昭对话得知不悔房里有密道入口。
第九章：与子共穴相扶将 倚天长剑飞寒芒
进入屋内推开大床，小昭引张无忌进密道中，里头尽是死尸与骷髅，张无忌在密道一角遇到成昆，将成昆打败之后，成昆逃走前拉动开关，将来路以巨石封闭。两人寻到阳顶天当年走火入魔的地方，这间石室极大，顶上垂下钟乳，显是天然石洞；突然看见地上倒着两具骷髅，从服饰上仍依稀可辨为一男一女。 在阳顶天的尸体上找到了一封遗书，上面说若练成了乾坤大挪移就可以打开机关，推动石门而出。 在杨夫人身上的羊皮卷轴上写着乾坤大挪移的心法，当下让小昭念上面的文字，无忌照着心法练了起来。 在练功当中要进行七场战斗，每练一层会打斗一场，练到第七层后便练成了乾坤大挪移，同时也练得了义父的七伤拳。之后要按朱雀玄武、青龙白虎的顺序来开启开关，这个八卦解开的顺序是以小昭作为中心，按左下、右、右上、下、上 、左、左上、右下的顺序来打机关，完成后大殿发生一阵晃动，震坎方位（左上）会有机关的响声，打开石门就逃出去了。
来到光明顶的山路，存盘后往右上行去，张无忌披荆斩棘闯开重围赶至光明顶明教大厅，场上黑压压地站满六大门派的人，张无忌一瞥之下，杨逍、韦一笑等人仍是盘坐于地上，行动艰难。场中央有两人正在对峙，一位是武当四侠张松溪，另一位便是白眉鹰王。跑上前去见鹰王一人力斗数人后伤势加重，岌岌可危，张无忌知道这样下去外公终将不敌，便冲入场中出手打败了宗维侠，接下来再战圆音，之后将成昆的事情原原本本地向众人讲了一遍，而少林空性却说圆真已然死了，打败他的少林龙爪手后 ，华山派的鲜于通上场，无忌忆起当年在蝴蝶谷时，胡青牛有一次讲起往事咬牙切齿，谈及多年前救了一个在苗疆身中金蚕蛊毒的少年，那是非死不可的剧毒，且临死前身历天下诸般最难当的苦楚，胡青牛为了救治他而叁天叁夜不睡耗尽心力，后又与他义结金兰情同手足，进而把亲妹子许配给他，但他后来却害死了胡青牛妹子再盗走胡青牛辛苦炼制的稀世丹药，那个人就是名门正派中鼎鼎有名的人物－－鲜于通！张无忌见了他恨之入骨， 当下毫不留情地将之击倒在当地。
第十章：排难解纷当六强 群雄归心约三章
在击倒鲜于通之后，一高一矮两位老者走入场来，说张无忌堕了华山派的名声，打败他们的反两仪刀法之后，昆仑派的铁琴先生和班淑娴也加入战场，施展正两仪剑法来攻张无忌，以一敌四取胜后，还要打那个讨厌的老不死灭绝师太，不得已这个疯婆娘亮出了倚天剑，鹰王则给了无忌一把白虹剑来对付，结果两兵相较白虹剑断为两截，连紫金刀也不例外，无忌只能想法智取，于是纵身去攻身后的峨眉女弟子，结果唯留下周芷若一人末伤，从而引起了灭绝的怀疑，便将手上的倚天剑朝周芷若刺去，无忌见状连忙上前援救，劈手夺下了倚天剑交还给了周芷若，不想周芷若难违师命挥手将倚天剑刺入了张无忌的身体。
由于伤势严重任何的药散都不能止血，无忌眼开眼睛替自已点了穴道，鲜血总算止住了。这时武当七侠宋远桥之子宋青书上前挑战，无忌顾念他是师伯之子有心忍让，战斗中用强大的柔力将他送回原位，当殷梨亭上场时才认出这个奇特的功高少年原来就是无忌，不由大声痛哭。为了报纪晓芙之仇，殷梨亭上前找杨逍算帐，而杨不悔却说出真正杀害妈妈的是灭绝师太，师太便将纪晓芙的事情和盘说出，并以杨不悔的话作为证言，殷梨亭得知了真相心痛如绞，大踏步地离开了大厅。
光明顶一役后，明教教众救死扶伤，忙碌不堪。经过这场从地狱边缘逃回来的大战，个人都明白了以往的自相残杀，以致招来外侮的不该。人人关怀着张无忌的伤势，谁也不提旧怨，安安静静的呆在光明顶上养伤。这一天有明教弟子来报，说有很多帮派纠合在一起攻上山来，张无忌于是劝众人进入密道暂避，众人于是要举张无忌为明教的新教主，否则不能从命，为了明教的存亡，张无忌也不再拘泥小节便暂摄教主一职，当即传令下去明教弟子一率退入密道躲避，将光明顶上的屋舍也尽数烧掉。 明教是主，天鹰教是客，当下命天鹰教教众先退，跟着是天地风雷四门，光明顶上诸般职事人员，锐金洪水巨木厚土四旗，五散人和韦一笑等人先后退入，待张无忌和杨逍退入不久，烈火旗诸人分别进来，此时光明顶上已是烟硝四起，火光冲天，在灼热的空气中，犹隐隐传来明教教徒传唱着悲天悯人的圣歌“焚我残躯，熊熊圣火，生亦何欢，死亦何苦？为善除恶，惟光明故，喜乐悲愁，皆归尘土。怜我世人，忧患实多，怜我世人，忧患实多。”
