第一章
假面の少女
ACT1
与教官莱娅（ライア）同行，首先要寻找5个被侵蚀的植物（地图上冒烟的就是），靠近后用ゴーゲル瞄着植物上的红点一下就可以。第一个在红栅栏之后的推进道路上，第二在第一扇红门前出怪点草丛的后面，第三个就在之后的通道内，最后的场景有两个，一个在开锁处，还有一个就在对面的右墙角。完成后第一个任务结束。不久在路上发现了教团的神秘少女，看来是失忆了，之后前作的白痴三人组ボル三兄弟出现，发生战斗。
猴子大哥要优先击破，他的魔法攻击可不好受，莱娅攻击很高，在我们对付猴子的时候她可能就已经搞定其余的两个了。三人最后被莱娅强迫大叫“兽人娘世界第一美”100遍=-=少女似乎对坠落的飞船还有印象，这时ゾアル.ユウゲ出现，BOSS的攻击方式很简单，直线雷电非常容易回避，BOSS飞起来后的雷电球也没什么威胁，比较麻烦的就是移动时带攻击判定，推荐打它尾巴，即是BOSS弱点也不会遭到什么攻，总之没什么难度。
击破后可以在据点补给下武器PP值和回复道具
ACT2
击破ゾアル.ユウゲ后却发现教团少女不见了踪影，想必是那白痴三人组干的了。跟着地图上的紫色箭头前进，注意这里有不少陷阱，不想受到伤害的话就多用ゴーゲル。追着胖子进入小通道时也要注意里面的喷火攻击，不要小看了这些火球，中了还是很麻烦的。出通道后有一大堆的箱子，这时候还是忍忍吧，这里面可没什么值钱的，炸弹倒不少，用ゴーゲル扫下，有红点的都是炸弹，绿点的是开锁钥匙，入手两把钥匙后继续前进，路上还有不少这类陷阱，无视就是了。最后的通道内也有不少喷火机关，开锁装置在通道尽头处右转。
白痴三人组这次知道我们厉害了，被追上后‘召唤’了些移动炮台又跑了。这些机器还是挺麻烦，如果原地被击破会自爆，不过算准了用吹飞攻击击破他们就可以避免自爆了。
眼看就能教训那三兄弟时不料前作主角伊桑（イーサン）出现，发生战斗。
这是典型的剧情战斗，我们的攻击对伊桑和莉娜（リィナ）的伤害都是0，一定时间过后发生剧情自动过关。这时候教团少女的身份玩过前作的玩家应该都猜到了吧。
就此 第一章结束，过关后蓝星通行许可，莱娅教官的名片入手。
开放任务：
凶飞兽讨伐
月下の翼兽
月包子の丘陵
第二章
沙尘の実
受命去黄星搜索伊桑，在酒吧里白痴三人组在说莱娅教官的坏话时被抓了正着。正好，从这三个白痴嘴里轻松获得海贼的情报，前往ケゲ沙漠
ACT1
没什么值得注意的，一路前进就是，进入洞穴结束战斗发生剧情，发现没找到海贼头子泰勒（タイラー），不过是名字相近罢了，白跑一趟，不过露（ルウ）和莱娅对之前原生生物的行为感到很好奇决定继续调查这里。在据点补给后前往旧岩矿地带。
ACT2
战斗部分依然没什么特别的，一路杀就是，中途会碰到前作中已经被消灭的エンヂラム机关的旧机器人改造型两台，实力并不怎么样，逐一击破。
之后按原路返回，路上有不少移动炮台，老样子 多用吹飞。
出洞穴后惊奇的发现前作的马卡西（マガシ），本来已经被判定死亡的他 再次出现肯定没啥好事情，又是一场恶斗。
这次的大机器人和前作的那只一样，感觉还弱了不少，近身死磕他，瞬移也不如前作那么频繁，尽情的招呼它吧。击破马卡西后露道出了只有少数人才知道的神秘机构伊尔米那斯（イルミナス），是个以信奉人类至上而存在的极秘组织，但似乎和这次的人为SEED化实验有着联系。
黄星通行许可露名片入手
开放任务：
沙尘の机械战士
蛇兽觉醒
第三章
HIVE扫讨作战
这次伊桑的好友前作的冰河（ヒューガ）与玩家一起执行第一个正式任务，但莱娅对于这个要签约保密书执行的任务颇为不满，身为守护者但得不到上头信任的她认为这样有损她的骄傲。多亏之后赶到的卡滋（カーツ，同是前作人物，身为机器人的他原本很蔑视其他种族，之后在伊桑的影响下渐渐改变，是同盟军中与守护者交情很好的一位）的劝说，莱娅勉强的签了自己的名字。之后的作战说明众人得知这次的任务是同盟军提出的，由守护者们协助去讨伐HIVE，冰河一行在听到还存在HIVE时感到十分的诧异，原来HIVE是那些小行星的代号，前作最后消灭的只不过是被SEED所侵蚀的小行星的一个而已，为了不让民众受到惊恐，所以才施行绝对保密政策。这次身为守护者的我们的主要任务是侵入HIVE进行内部破坏，为此出动了大量的守护者，莱娅一行也是其中之一。
ACT1
1号锁需要两把钥匙，注意有些敌人必须要击破箱子后才出现。这里的魔法系大型怪物非常难缠，HP多不说，魔法极其强劲，还会瞬移，给玩家们造成不少麻烦，推荐用浮空技来对付，不要让它有出手的机会。
第2个场景需要四把钥匙来开锁，有三把分散在箱子里（ゴーゲル扫一下就知道哪个箱子是有钥匙的了），地图较大，没办法 ，只能多跑跑了。全灭敌人后入手最后一个。之后发生剧情，守护者的先行部队死伤惨重，连雷欧（レオ）也受了重伤，冰河为了照看雷欧离队。
ACT2
这里有个小迷题，5个机关必须要一起打开才能过关，但每个机关只能支撑一分钟，之后会自动关闭。先把迷宫走一遍 ，怪物清光，了解下所有机关的所在位置，有一个机关所处的房间要踩灯才能打开，需要注意。这里要利用莱娅来稳住一个机关，这样玩家只需要自己抓紧时间去开其他四个就可以了，不过不是让莱娅站哪个机关前都可以的，必须让她站第2个机关处才能顺利完成，因为机关1到机关2和机关2到机关3的跑动距离是相邻机关中最长的，把莱娅放第2个机关处就能避免这两段冤枉路所需要的时间了。
之后重伤的两位守护者居然SEED化了，发生战斗。
接着和卡滋失去联系，感到中央制御室后BOSS战BOSS依然是前作的ダルケ.ファキス没什么变化，把玩家吹飞的雾依然很讨厌，要抓紧攻击其主体。BOSS的攻击都没什么威胁，而且没有第2形态，没必要留一手了。
结束后众人对这次任务产生了不少疑惑，到底这个任务是同盟军的要求还是GRM研究社方面提出的，以及和之前的岩矿发现的SEED实验场相似的机器和联系，神秘机构伊尔米那斯，众人还是一头雾水。
