EAR2降临，恐怖女王阿尔玛时隔二年后再次冲击着我们的神经，为了阻止大馍头阿尔玛，为了世界和平，拿起手中的鼠标，将正义的子弹射进这些牛鬼蛇神的身体里！把他们统统送到他们该去的地方--下地狱去吧！！！
好！例行的套话说完！书归正传！在本作FEAR2中，玩家扮演的是前作中曾经小露一面的FEAR支援小组，三角洲部队的成员迈克尔-贝克特（Michael Becket），本作开始的时间大概是前作主角行动结束前的三十分钟，贝克特与所在小组成员奉命前往抓捕ATC公司的董事长吉纳维芙-阿里斯蒂德（Genevieve Aristide）,一开场坐在步兵战车上的贝克特脑中出现了幻觉，阿尔玛出现在他的眼前，当他从幻觉中清醒过来之后，已经抵达任务目的地，阿里斯蒂德藏身的豪宅.一下车后贝克特发现不光是他们在这里，一伙神秘的武装分子也在这里，他们装备精良，训练有素.应该是一群雇佣兵，其实这伙人是ATC公司的精英部队，比前作中ATC公司的普通保安，简直是天壤之别，他们身着统一制式服装，身穿凯夫拉防弹盔甲，还有重装步兵，配备除了霰弹枪之外还有火焰喷射器,火箭筒，高达.同时他们也配备了武装直升机与装甲运兵车，其领导者为瓦奈克上校 （Colonel Vanek），该组织在事情败露之后奉ATC董事会之命收拾残局毁灭一些重要罪证，以及涉案人员包括阿里斯蒂德.在消灭了敌人之后，贝克特发现一些东西，一个叫做“先驱（Harbinger）计划”的文件，其中竟然牵涉到自己和自己的队友！找到了阿里斯蒂德，她说出惊人的言论，只有贝克特的和他的队友才能阻止阿尔玛的疯狂复仇，但当要再说下去的时候，突然幻觉来袭，贝克特又陷入了自己的幻境中，亦真亦幻之际远处传来一声巨响，紧跟着一朵蘑菇云腾空而起，前作中的结局原初实验室的核反应堆被引爆了.爆炸的冲击波击倒了贝克特，恍惚之中几个黑衣人站在贝克特眼前....当贝克特从昏迷中半梦半醒的时候，发现自己置身于手术台上，几个医生在阿里斯蒂德的指挥下在自己身上做着什么..紧跟着又是一连串的幻觉...阿尔玛...当贝克特再次苏醒过来的时候，已经身在医院的病房里，只是这个医院很特别，是建在地下深处的.在离开这个医院的路上，陆续看到很多手术台上都停放着自己队友的尸体...似乎贝克特不太受ATC的喜欢，即使是在这地下深处，还是遇到前来劫杀自己的ATC精英部队，要想逃出去还得先解决这些像苍蝇一样招人烦的敌人.在且战且逃的时候，无线电中忽然传来陌生人的声音，这个自称“Snake Fist”的人声称要帮助贝克特对付阿尔玛.一路上贝克特发现这里其实是一处ATC的基地，用于生产和培训克隆士兵的基地.当贝克特来到基地对抗训练场的时候，瓦奈克上校通过大屏幕现身了，除了恶语相向预祝黄泉路顺风之外，他还送上了一份大礼，唤醒了基地的克隆士兵.考验贝克特的时候到了，好汉贝克特一人单挑了一群克隆士兵，看来这些家伙需要回炉了.当贝克特快回到地面的时候，幻觉越来越重了，幻觉中的阿尔玛似乎也越来越狰狞，甚至开始亲自攻击贝克特，Snake Fist告诉他，原来这是阿尔玛想要收服他
返回地面之后的贝克特与自己的队友汇合，现在除了他就只剩下带队的中尉斯托克丝（Stokes），中士莫拉莱斯（Morales）和基冈（Keegan）一共四个人，四人驾车前往
Snake Fist所说的藏身地点韦德小学（Wade Elementary），韦德小学是ATC下属的小学，Snake Fist和阿里斯蒂德目前藏身于那里.找到他们对整个行动至关重要.在校门口，四人分头行动，莫拉莱斯留守校门口接应，基冈单独行动，斯托克丝和贝克特一起行动（看来还是很有人缘的）.不过学校大门口的一具ATC士兵的尸体也说明，这所学校已不再是那么的平静了.果然一路上遭遇了ATC克隆士兵和ATC精英部队两路人吗！这两路人之间碰面往往激情四射火爆异常的大片，看来也是各为其主.对贝克特来说未尝不是件好事，鹬蚌相争渔翁得利！亘古不变的至理名言啊...在学校里绕来绕去之后来到了学校地下室,这里别有一番天地，原来这里是另一处ATC的研究所，地表上的小学校除了起到掩护作用之外，其实那里也是在为ATC培养一些具有像阿尔玛那样潜能的孩子.而这处ATC基地是为了这个“模范计划（Paragon）”而兴建的.同时也发现了另一个计划，暨前文中提到的“先锋计划”的一些端倪，该计划是用于培养一些类似前作中Paxton Fettel那样具有精神控制能力的克隆士兵的领导者，而贝克特和基冈便是这个计划的首要培养对象.
最终，神秘的Snake Fist现身了，他也是ATC的员工.他告诉众人，若想打败阿尔玛，必须借助ATC的一处核设施下的基地.该基地位于寂静岛（still island，好吧我承认这是在向那个恐怖大作致敬,本来不该这么翻的），该基地的特别之处在于，拥有一个超能力增强装置，借助这个装置，贝克特就能用自身的能力击败阿尔玛.就在贝克特准备与Snake Fist离开地下的时候，克隆军派出的刺客突然出现，杀死了Snake Fist...
在前往寂静岛的途中，贝克特和队友遭到克隆士兵的伏击，由于自制能力弱，基冈被幻觉所困，精神崩溃.贝克特试图帮助他的时候遭到克隆军的攻击...在击败克隆士兵和阿尔玛幽灵的双重夹击之后，贝克特重新与斯托克丝汇合，前往寂静岛地下设施.当两人抵达之后，贝克特进入设施中，斯托克丝负责在外操作，正当准备启动的时候，斯托克丝遭到阿里斯蒂德的枪杀，原来大家都被她骗了，她利用了每个人，她有她自己的野心，为此制定了一份周密的计划，她骗取了小队成员的信任，以贝克特为诱饵试图引诱阿尔玛上钩，将阿尔玛带到这里把她封印在这里的设备之中，用于对抗ATC的董事会，赢回自己在ATC的地位.
阿尔玛如约而至，如阿里斯蒂德所望和贝克特一起被封印起来.贝克特被送入最终的幻象之中.那个发了神经的基冈中士出现了！敢和秃驴争师太，下场就是一个字，死...
在击败基冈后，又出现了一些匪夷所思的幻象，贝克特稀里糊涂的就上了贼船入了伙...终于在启动最后一个开关后，贝克特逃出了幻象之中，但还是身在封印之中，忽然，设施开启封印解除了，是阿尔玛打开的，阿尔玛似乎没有要杀自己的意思.当阿尔玛缓缓走来，贝克特看到她那隆起的腹部，似乎是已有了身孕.阿尔玛温柔的拉起贝克特的手放到自己隆起的肚子上，贝克特似乎听到了腹中一个小女孩在呼唤“妈妈”..........
