三人返回暗之都市，但却发现这回已经尸横遍野，龙向一些生还者寻问到底是怎么回事。原来怪物来到了此地将他们几乎全部杀死了。众人估计可能是雷依干的，于是便来到了北面的关所，在关所中雷依首先追上了暗之组织的首领米库巴，这时龙一行人及时赶到，而雷依对龙能来到这里感到很惊讶，就在这时米库巴突然变身成一支巨大的怪物给雷依重重的一击，
令他倒地不起，龙当然不能就手旁观，由于这次雷依是强制出阵，所以在人员上要好好安排。在战斗中发现米库巴的防御力十分强大，它的大防御更是可以抵挡一切攻击。在这里首先要把雷依蝋妶丆扐蝋妶岪揑雷依的HP如超过一定的数值便会自动变身成虎王而且不受控制，所以要再次让敌人将其打死，这样再使之复活便不会出现变成虎王的棆埶丆帶雷依也可由玩者控制了。经过一番苦战终于将其击败。战斗结束后雷依正式归队。四人决定继续寻找龙之一族的秘密。
众人来到东面的关所处，但由于国王颁发了新的通行证所以现在还不能通过。于是众人便先向实验工厂走一趟，众人来到实验工厂后利用输送机到中央处，见到许多年不见的同伴毛毛。她正在聚精会神地研究着，于是龙便上前打招呼，但毛毛却并没有意识到龙的到来。直到她用手触摸到龙时才发现龙原来还活着，但她却以为龙还在天使之塔。接着毛毛与众人一同来到宿屋，在宿屋中妮娜攃惍槩惍槩崘诉椆栄栄丆扐毛毛除了有关科学研究的事对于其它的却一窃不通。
于是ゞ汸询问毛毛岺场惀斲弌椆问题丆毛毛说博士不知什么原因失踪了，工场也因此发生了爆炸而且也不能再继续工作了，看来关键是找到博士的下落。当众人问毛毛为壗夛嵼岺场弌现时丆毛毛说自众天使之塔一役后便失去了贝克罗斯揑徚懅丆为调查贝克罗斯的去向才来到这里，于是众人便由毛毛带领来到东南方的"贤树偺怷"丆嵼"贤树の怷"拞众恖见摓椆贝克罗斯，而且看见它好象正在和贤树说着什么，之后它便算是重新归队。
找到贝克罗斯后所有的同伴就算找齐了。众人再回到实验工场，这时要注意将队伍组合成龙、栄栄丄贝克罗斯。在实验工厂中工人说实验室中有一股十分怪异的气体，并希望龙可以利用石头将温室屋顶打破令气体放出，龙当然要帮助他了。在这里必须利用贝克罗斯的特技，首先按加速跑，然后在画有"×"的地方把石头奋力踢下去，如此便可以将两处温室的天窗击碎，这样那股气体便可放出。之后三人来到一间房屋内，利用毛毛的特技将壁炉门击破，便可进入秘密通道。
在这里有许多超科学的装置，而且有的门必须要用密码才能打开，其中有三道门，只要细心寻找密码便可轻松使之打开，众人来到压力房内要同巨大的变异体作战，战胜后可以找到一本书，调查后便可得知打开四号门的方法，众人回到电脑屋，在四号电脑前输入密码(密码顺序为1－3－2－5－4)。输入成功后四号门便可打开，通过四号门便可见到博士，但奇怪的是博士正打算利用矿石与贤树的精华输入已死去母亲的身体，也正是因为这样才令工场出现了问题。
毛毛上前质问博士并劝他停止这种危险的实验，但博士非但不停劝告，而且还喝了一瓶液体使自己变成了一个怪物，同众人打了起来。由于怪物并不强所以战斗很快就结束了。事后毛毛无限感慨，因为她又何尝不想令自己的父亲复活呢。离开这里之前要把控制杆关掉
