剧情模式：
在游戏的开始界面有四个选项，其中图鉴可以查看人物各方面的能力（在游戏中会得到一些人物的认识卡，得到人物认识卡后就可以在图鉴中查看该人物各方面的能力值，不过要在战斗中出现过的人物才可以）。还有一个四个问号的选项，这个选项是一个问答游戏，一共有二十个问题，回答完后会根据正确率评出你的忍者等级（将会在剧情进行到第一场中忍考试结束后开启）。
开始游戏，首先你的队伍只有鸣人一个人，依鲁卡会交给你一些游戏的基本操作方法，然后去学院，小樱和佐助便会加入队伍，然后就是卡卡西。接着就开始做任务吧，在每次做任务之前都要把忍具装备好，忍具可以在战斗中和战斗胜利后得到，每种忍具都可以用不同强化材料进行强化属性（各种忍具和强化材料在后面将会有详细列表）。在木叶村先会做些简单的任务，例如保护木叶丸啊打傀儡之类的。
在木叶村的任务中有这个大家要注意，就是在恶作剧之街同牙和一个假鸣人作战，任务只能由鸣人一个参加，也就是一对二，这任务的胜利条件是击败假鸣人就行，在第一回合你是攻击不到假鸣人的，因为你们的距离非常远，如果你想极力的靠近假鸣人的话那你就错了，在敌人回合他们两个会夹攻你，非常难对付（我曾经失败过），所以在第一回合是你应该移动到牙的面前，一个多重影分身术＋超双刃飞镖就能把牙秒掉（人物的忍术列表后面也会列出），接下来就简单了。
木叶的任务做完后就该保护达兹纳先生回波之国了，在波之国的剧情基本上和电视里一样，在同再不斩战斗时还可以控制卡卡西过一下小隐。波之过的任务做完后就回去参加中忍考试吧，第一场笔试，二十个问题只要回答正确率在80％以上就能通过，第二场考试就不断的敌人战斗吧。和一些人物对战是有些注意事项，在对战小李他们组时首先应该把小李挂掉，因为小李会用五个回合的时间准备里莲华，如果被击中的话，后果不用我说了吧。鹿丸和井野分别会拟影术和身心转换术，被击中会休息五回合和被控制五回合，当然这五回合中他们的本体也不能够移动，丁次的肉弹战车攻击距离超远，志乃的寄坏虫术是群攻术，日向的白眼增加30%攻击。
经过一系列的战斗终于凑齐了天地两书，好不容易到塔下再次遭遇大蛇丸（第一次在蛇之森）在和大蛇丸对战是要小心一些，大蛇丸会风盾术（群）和金缚书（范围和拟影术一样是五个格子，被击中休息三回合，而且他本体不会休息）在击败大蛇丸这个大BOSS后剧情模式也到此结束。剧情模式结束后自由模式便开启，在自由模式中你可以到任意曾经参加过战斗的地图再次和敌人做战。同时还开启了联机对战和自由对战，联机对战不用说大家也知道有啥用吧，至于自由对战就是能自己选择和以前战斗过的人物对战，只要你取得胜利就会开启你所战胜的人物了，而且在一些地图中将会出现一些卷轴，每个卷轴上都有不同的忍术。捡到卷轴后就能学习上面的忍术了。