入手
先察看全岛，即全岛走一遍，把所有的开关箱扳手（８个）都扳到上面。然后到图书馆看墙上的全岛地图，扳Ｔｏｗｅｒ到任一有红线的四个位置，此为四关。再按墙壁上左边的画框，让书架沉下去，上电梯到塔顶以后，如果有书的梯子上的门开启，可从门缝中看到相应的建筑物（如飞船、齿轮等）。再到另一个带有钥匙的梯子上查看相应密码（进关关键）。每关各有一红一兰纸张，任选其一带回放入图书馆相应颜色的书中。
沉船关
进入天文馆，关灯，对准从图书馆的秘密通道里得到的时间密码：
ＯＣＴ１１１９８４１０：０４ａｍ枫叶
ＪＡＮ１７１２０７５：４６ａｍ蛇
ＮＯＶ２３９７９１６：５７ｐｍ蜘蛛
可看到相应的图案（枫叶、蛇、蜘蛛），到外面把相应的图案按成绿色（原来都为红色），沉船升起。进关后，远处有三个发电机按钮，左边对应木船船舱水的起落，中间是两个海底屋通道的水的起落，右边是发电塔中水的起落。进入发电塔的方法为：先按右边发电机按钮，发电塔中的水降下，进入塔底，放掉木箱中的水，再去关闭右边发电机按钮，使塔中水再次涨满，于是木箱浮起。这时可以用地上的钥匙打开木箱，取得另一把钥匙，进入塔顶发电（有时间限制）。
再立即顺着螺旋形台阶到望远镜处观看，记下发光塔顶的座标（１３５度）。进入右边的海底屋通道，在最后一个拐角处有一暗门，进入后看到地上一圆型标记，以最左边为０°，逆时针旋转１３５°，按下按钮，海底灯打开。这时就可到海底屋拿红或兰色纸张，进入木船的海底舱（先要按下左边发电机按钮）。观看桌面，可回到ＭＹＳＴ岛。重复以上步骤拿回另一张纸，即可完成此关。
飞船关
记录图书馆书中的钢琴键，参考上面“入手”介绍，可得知飞船门的开启电压为：５９ＶＯＬＴＳ（伏特）。到地下发电厂，调整相应按钮，得到５９伏电压，即可进入飞船。按照图书馆书中的钢琴键，就可调整扳手进入飞船关。以下为参考扳手位置：
１ｓｔ：下数第８音２ｎｄ：下数第２０音３ｔｈ：下数第２３音４ｔｈ：下数第１３音５ｔｈ：下数第６音进关后，开动五处声音开关（其中两处有纸张），再过海底通道，调整计算机角度对准声音：
１、石群～清竹声１５．０°
２、井～流水声１５３．４°
３、往地下～风口２１２．２°
４、火山口～呼呼声１３０．３°
５、钟表～木声５５．６°
再按下“求和”按钮，可知岛口的声控大门的秘码为以上顺序。进入大门，开启地铁，多次试验可知声音与方向之间的关系（从齿轮关亦可知）如下：
清脆铛（木筷敲碗）Ｎ
ｘǐ（拉稀）Ｗ
（不好形容）ｃ椋伞。?
咚（手指敲锣）Ｓ
无声死胡同
参考路线：Ｎ～Ｗ～Ｎ～Ｅ～Ｅ～Ｓ～Ｓ～Ｗ～ＳＷ～Ｗ～ＮＷ～ＮＥ～Ｎ～ＳＥ～书
（下车）。带回两张纸即可过关。
齿轮关
参考上面“入手”介绍，可知海上表塔的密码为１：４０（出桥），２，２，１（塔中，可按住旋钮单个调整）。进关后，纸张在的秘道中。坐电梯到顶层，按中间矩形按钮后，立即跳出电梯。旋转堡垒到另两个小岛，可知岛出口密码为：（如图ｍｙｓｔｃｌｍ３．ｐｃｘ）。带回两张纸即可过关。
树林关
参考上面“入手”介绍，可知木屋的保险箱密码为７，２，４，拿到火柴，点燃锅炉，旋转手轮，加大火势，等到外面大树中的暗门露出地面一段距离，再减小火势，立即冲出木屋，跳入暗门进入地下。入关后，开启风力抽水机，调整水流，开动发电机，进入电梯，上树，树上一屋中有一扳手，扳动后树顶木门打开。拿到纸张从旋转木梯下树，调整水流，到断桥处，开动发电机，使水中断桥升起，过桥接好断接的水管，开动发电机，可回到ＭＹＳＴ岛。带回两张纸即可过关。
结局：
图书馆的红、兰书中已各有四张纸（书中人物不让你动绿皮书），从红书中可知书架上一本书中第１５８页为壁炉密码。壁炉中有红、兰纸张各一张及一本绿皮书（拿任一张纸都不是完美结局），打开绿皮书，对话后不要进入（进入就出不来）。打开码头的木箱（确认全岛的木箱把手开关都在上面，在码头地下室中的密码不要对准４７），拿白纸进入绿书中，你就可以知道ＭＹＳＴ岛的秘密了。
