故事的序曲接自本游戏的上集，令狐冲与任盈盈在山下遇到岳不群，岳不群对令狐冲一顿训斥后，突向令狐冲刺来一剑，眼见令狐冲躲闪不及，任盈盈奋不顾身的抢身挡在令狐冲之前，用身体挡住了岳不群这凌厉的一剑，（伟大的女性。我如有此妻，当真夫复何求了。）令狐冲忍无可忍，才与岳不群开打，（此战极为轻松，和打一个街头小卒无区别。气力值满后可使出绚目的独孤九剑。）岳不群不敌，遂离去。任盈盈伤势严重，令狐冲带她急往恒山寻良药治其伤．．．．．．
一、恒山之行
来到大地图，经过野店，任盈盈提出要投店休息，二人入店在二楼上房休息了一夜（令狐冲梦中会遇风清扬）后下得楼来，(如不直接向客栈老板娘要求休息，先到二楼某房间与一妇人说话可得“天蚕衣”)却被几个嵩山弟子拦住了去路，击跑他们后，那几个人竟放火烧店，大火封住了店门，被困在店内的令狐冲与盈盈忙另寻去路，在一楼伙房得到斧头，上楼进左侧一房间，用斧头击破窗户。（进入一个小游戏，不太难，但对不入门者来说会有些烦。）出店来到大地图，继续向恒山进发。
经一小桥来到恒山附近地域，上了恒山，经山道来到无色庵，正厅见到“恒山三定”，定逸对令狐冲一顿臭骂，定闲定静到底心慈宽厚，答应帮助任盈盈在此治伤。定闲带盈盈去厢房休息，气的定逸拂袖而去，这时有弟子急报，定闲师太被“日月神教”所困，令狐冲与二定急忙赶去救援。令狐冲仗剑击退了来敌，二定从那几个人使用的招数看出他们是嵩山派乐厚等人假冒的，对之一顿斥责后，还是放他们走了。定闲师太不幸身亡，二定略有感伤。（哈！难道佛门中人当真会如此看的开？）二定欲前往少林寺找方正为令狐冲向岳不群求情，并告知令狐冲如想快些治好盈盈的伤，必须到药山寻得四味药引——延年草、紫色地丁、金桐树之叶、千年辛荑。到药山第一层右侧山道跳过一断崖，在一宝箱内找到延年草，药山第二层没有你所需的四味药引，但一宝箱内有你以后情节里面必须的“龟息大法”秘籍，分别于三层找到金桐树之叶、第四层觅得紫色花丁、第五层水滩旁的瀑布中觅得千年辛荑。（注意！药山之上要身怀轻功三级和龟息大法二级以上才可跳过所有的断崖及潜入所有的池内。）回到无色庵，门前遇到定静，药引交给定静后，她告诉令狐冲可以去厢房一看盈盈了，到无色庵前厅右侧里面的一个厢房内见到任盈盈，打情骂俏几句后，二人动身前往少林找二定，到了少林寺，在大雄宝殿左侧别院厢房二内找到已经奄奄一息的二定，定静临终托孤，逼令狐冲做恒山掌门，不然就死不瞑目，无奈之下，令狐冲才答应做尼姑头。
拜别了方正，遂盈盈之意送她回黑木崖，完后，按盈盈的提示到野店客栈去拜望老头子，令狐冲来到野店客栈，却遇到了仪清及几个恒山弟子，仪清请令狐冲会恒山正式接任恒山掌门，令狐冲推辞不却，最终答应，但先要回少林寺接会二定的尸骨。
少林接回二定尸骨后，令狐冲回到恒山，恒山众弟子恭迎新任掌门归来，令狐冲提出要讨教恒山剑法，进入“练功步道”，先后与几名恒山女尼及仪琳然后到接近出口出的一凉亭旁与仪清、仪和比试，胜出后二尼提醒令狐冲回掌门厢房休息，（如前往悬空寺，在龟术阁可得恒山剑法速成，另外还有很多宝箱可以翻，其中有一把不错的清泉剑。）
令狐冲回到掌门厢房与于嫂交谈后休息，等待吉日接任恒山掌门之职，恒山弟子将此消息召告天下英雄。
二、蓝凤凰伏盅兽
玩家此时控制的任务变为蓝凤凰。蓝凤凰自上次与令狐冲一别后，便落下了相思情种，日日思念她心中的情郎令狐冲。一日，教中长老提醒蓝凤凰应谨记她的“五仙教教主”之位，早日收得教中圣物——盅兽与心盅。蓝凤凰遂前往后山圣地收服盅兽，在圣地山洞内找到盅兽，（注意！如蓝凤凰等级不够高可千万先别碰这南缠的家伙。）制服它后，带着它大摇大摆的回到紫云寨。有长老告之蓝凤凰有客人来访，一见原来是“黄河老祖”两个人。老头子与祖春秋告知蓝凤凰令狐冲要在恒山接任恒山掌门，蓝凤凰得知这个能够见到自己朝思暮想之情郎的机会，当然答应要去。出得紫云寨，经碧水寨，与碧水寨寨主绿蛤蟆一番唇枪舌剑后，出寨前往恒山。
到了恒山，参加了令狐冲的登位大典，很多武林中的朋友都来祝贺，黄河老祖，不戒和尚等，甚至少林方正大师与武当冲虚道长也来了，与二位前辈一番客套后，又有人报之日月神教任教主差两位长老带着一箱箱的贺礼前来祝贺，令狐冲当然殷勤接待。这时来了嵩山派已乐厚为首的几个不速之客，持五岳剑派盟主左冷禅的令旗前来阻止令狐冲接任恒山掌门。这时盈盈赶到，以偷梁换柱之法将乐厚手重五岳剑派令旗换为了五毒教令旗，乐厚等人恼羞成怒，遂与令狐冲等人动起受来，搞定他们几个后，方正与冲虚说与令狐冲有要事相商，令狐冲把道贺众英雄打发到恒山别院后，与两位前辈前往凌云寺密谈。
蓝凤凰和盅兽也来到恒山别院，途中遇上了乐厚等人，原来他们耿耿于怀刚才被蓝凤凰与任盈盈一起戏弄一番，在这里等着蓝凤凰，找她算帐，因为自己大老远赶来却没与令狐冲说上几句话，蓝凤凰本来心情便不佳，此刻总算是找到出气筒了，把他们一顿痛扁，心情总算舒服一点了，到了恒山别院，有五仙教教众送来急函，说五仙教教中各寨叛乱，所以没来得及向令狐冲告别，便急忙赶回苗疆平叛去了。
三、令狐冲大破少林十八罗汉阵
悬空寺上，方正与冲虚向令狐冲昭示左冷禅欲将五岳剑派合并并自立为掌门，随后一统天下武林的狼子野心，劝令狐冲当日应仗独孤九剑力压群雄，夺得五岳剑派掌门。这时前来道贺的魔教二长老突向三人施加暗算，原来是任我行欲借此机会除掉当世武林的泰山北斗——方正、冲虚及剑术第一的令狐冲，危难中，亏得盈盈及时来救，方才化险为夷。
送别二为前辈后，来到无色庵，一段剧情后，令狐冲便要起身前往嵩山参加五岳大会，顺道先要到少林调查“二定”之死的证据。来到少林寺，知客僧称方正正闭关练功，不能见客。令狐冲自报姓名，言称有要事，知客僧不相信，要令狐冲通过木人巷、铜人阵、十八罗汉阵来证明自己真是“令狐冲”。经练功房到木人巷B，的到可启动大型机关的《天经神书》，（抓紧练习吧！）经升降梯到木人巷B1，来到达摩堂，扳动机关，来到木人巷2，顺利来到铜人阵。
铜人阵内注意地板上的N个“阿弥陀佛”字样，按这四个字的顺序走便可顺利进入降龙、伏虎二厅拿得降龙、伏虎二雕像，然后来到罗汉堂，将两个雕像分别放在正门前两个石柱上，大门开启，进入后敲响大钟，顺利过关。
大雄宝殿前接受“十八罗汉阵”的挑战，这我全是仗无敌的独孤九剑赢的，另外盈盈的必杀技也不弱。
这一战后，才得与方正见面，方正说如令狐冲想搞定嵩山大会之事必要有少林俗家弟子李童相助，并提供了“二定”之死一重要线索，二尼皆是被人用一根绣花针刺中眉心致死，令狐冲与盈盈听后不由的想到一个可怕的名字——东方不败！！
四、蓝凤凰平五寨、收心盅
1、碧水寨
主教再次换为蓝凤凰。蓝MM风餐露宿的赶回苗疆，碧水寨被绿蛤蟆拦住了去路，又是一番对骂，绿蛤蟆躲入寨中，这时本来可以经过的吊桥已经被破坏了，看来要过去只有另寻去路。
来到房间5，进入地下迷宫。下层可以找到秘籍《蛇使》，快将它练升级，于与“地雷”们的打斗中可得到他们养的盅物——毒蛇，遇陷阱处可按陷阱前的石柱，放出一架蛇桥。（好大一条蛇！说它就是尼斯湖怪一定有人信。）到房间4，进入地下迷宫，这里用盅兽的开山术可以把挡道的巨石劈开，宝箱内得到“雷光盅”。进房间内便可找到那只蛤蟆，搞定他得“绿蛤蟆疣”。
2、青竹寨
回紫云寨地域进青竹寨，这里的迷宫并不太烦，烦的只有要练那绝技——力举和收盅都练到第2极，迷宫中需要蓝凤凰用收盅收取挡路的盅物，盅兽用力举举起石头填平过不去的断崖。找到青竹寨主，原来寨主青竹丝竟是蓝凤凰自小一起长大的姐妹，她此次叛乱这是恨铁不成钢，不满盈盈迷恋情郎而疏略了教中事务。搞定她，得到“青蛇蛇胆”。
3、黑巢寨
遇到空城计，进入迷宫，迷宫3中盅兽用“斩地”绝学来到地下迷宫四，得到《操盅》秘籍，练升级，然后来到地下迷宫一层，扳动机关来到地下迷宫三层，再扳动机关来到迷宫2层，进个门便是寨主房间了，打败这穿着极为性感的“雌蜘蛛”，得“黑蜘蛛眼”。
4、赤足寨
门前遇此寨寨主一个好象牛魔王的家伙，先与小喽罗打两遍，寨主又躲了，进地下迷宫（喂喂！来点新意成不？）这迷宫里好似古代埃及的皇宫，金碧辉煌的。这里是搬石头压机关开大门，用得着的绝技主要是收盅和斩地，只要这两项等级到了，一点都不难。（注意！牛魔王的攻击力超强。）
5、黄沙寨
这里的寨主是位“英俊”的色鬼，一心想讨美丽的蓝凤凰为教主夫人。先扁了几个小喽罗后，俊男躲了，别在前面的几个房间浪费时间，径直前往寨后，不用说，又是进迷宫。解决掉1——4层的所有机关后，出迷宫到寨主房间扁俊男。
这样五圣物全都集齐了，回到紫云寨，长老要蓝凤凰去圣地炼制“心盅”，来到圣地进入后，会遇到一个小游戏（挺小儿科的，只要你有耐心。），游戏结束后，通往圣地大厅的门开了，进入后依次防入五样圣物，心盅出现了，搞定它，它会变成令狐冲的模样，打败了自己的心魔，蓝凤凰终于得到了心盅。
凯旋回到紫云寨，教众们歌功颂德，这时绿蛤蟆突然来访，盘问下才得知日本鬼子大举来犯，开打！胜后日军头目——甲飞龙之助出现，他口口声声称自己是按东方不败的意思来攻打苗疆已削弱任我行势力的。打赢他后来到圣地，日军们也已攻来，打赢两次后，会有自己人在日军后方捣乱，原来便是方正所提到的李童，有了李童的助阵，终于击退了日军对苗疆的侵略。
由李童及一个日邦友好人士**弥部口中得知，龙之助等人原是日本原太阁丰臣秀吉旧部，丰臣家族败落后，龙之助来到中国，欲求东山再起，不知怎样结识了东方不败，他们勾结在一起，欲一统中原。
东方不败不是早已死在令狐冲剑下了吗，疑窦在蓝凤凰等人心中产生。他们急往黑木崖见任我行，到了黑木崖才知扶桑军已经攻至，封锁了山道，众人从密道上山，成德殿正见东方不败将任我行击毙。几人无计可施，只好退回苗疆，由弥部谴羽翼四处寻找令狐冲。
五、令狐冲嵩山大破辟邪剑法
令狐冲兴化城寻李童，才知李童因蒙受狗官诬陷，此时已逃亡他乡。四处转转，把行囊丰富一下，然后在武器店可遇东瀛忍者，忍者告知令狐冲蓝凤凰等人正四处找他，令狐冲托忍者转告蓝李等人嵩山大会想见。
令任两人来到嵩山，经“铁梁峡”来到“封禅台”，第一个遇到的便是师傅岳不群，令狐冲叩求岳不群重收自己为华山派门人，第一个遇到的便是师傅岳不群，令狐冲叩求岳不群重收自己为华山派门人，而岳不群言中之意对令狐冲的态度似乎有所缓和，令狐冲心中窃喜。左冷禅主持五岳大会，讨论起五岳并派之事。左冷禅迫使衡山莫大先生答应并派后，大势所趋，令狐冲见再无办法阻止这项决定，便提出让华山岳不群任五岳派总掌门一职，嵩山派当然是坚持左冷禅为总掌门，争执一番后，最后决定按不戒提议比剑决胜。
令狐冲先解决了泰山派败类玉玑子，又和莫大先生比剑胜出（莫大很强，令狐冲的独孤九剑一招搞定）。然后和岳不群第一次比试，（这时的岳不群还没使出全力，不妨先别用独孤九剑，把气力值攒满备用。）虽战胜了岳不群，但是最后令狐冲却主动认输了，于是岳不群便与左冷禅交起手来，几回合后，突然戾气大胜，接着左冷禅的双眼便被岳不群用不知名的兵器所伤。嵩山弟子便要群起就范，左冷禅到底是当时豪杰，认赌服输，劝退了门下众人。
