第1话：天心弟子
天心在伊贺隐居的一年，她的冒险故事很快地传颂于村庄的各个角落，村中的孩子们无不羡慕这位忍者姐姐的本领，期望有一天能够成为她的弟子，少女日奈就是其中之一。
这一天日奈在村头向伙伴们讲起天心姐姐的传奇故事，心里要拜师学艺的念头更加炽烈了。回到家中和爹娘商量，爹娘虽不舍得掌上明珠在外面奔波修行，然看她意念坚决的样子也拗不过她，只得答应了，日奈见终于说服了父母，高兴得不由手舞足蹈起来。
半年后，日奈在天心的调教下已小有初成，两人虽是师徒的关系，谈笑春风却如亲姐妹一般。一日，那个男人婆忍者9
师徒两人出了伊贺往东北走可找到大安村，从村西进入一片小迷宫，往北走出去可来到甲贺，在村中去找鬼六（这老头可是色色的，人倒还不坏，玩过前作的朋友会有印象了吧），从他手中拿到元气之素，出村庄后将天心离队再回去可拿到卷轴。由大安村再往东北走是尾张地区，路过犬山村往南走进三河地区就可找到冈崎了。这里另有一个走法，从伊贺出来往南过桥，东到津港乘船到达常滑就可以看到冈崎了。
在冈崎的东北进入那所大宅子，一位下忍早就在院子里等待了，不过并没有将二人引到屋子里，而将她们扔到一个地下房间之中。这里是个有很多踏板机关的所在，看来想要得到半藏的任务还真不容易哩。踏板每走一步都会变化一次，通过的方法有多种，下面写一个走法：上右下左左上左上上左上右上左上上上。
见到半藏大人天心将日奈的情况介绍了一下，说起一年来身无所属的忍者生活不胜感慨。半藏瞧着有趣的日奈，感觉她真的和当年的天心有着几分的相像呢。正说话间小京闯了进来（她就是上作中那个用火枪的家伙），与天心师徒寒暄后，加乃也带着一个叫伊夜的小姑娘赶来了。
众人向半藏请示此次任务的内容，半藏避而不谈，说打算让天心和加乃分头行动，不过她们的助手日奈和伊夜还要经过一场试炼才行。试炼的题目是，在东边的凤来寺山上有个洞窟，半藏已命人在里面放了一分卷轴，她们要去把它给取回来，能够通过的人才有资格接受此次任务，至于天心和加乃则要等两人的成绩出来再说。
伊夜是个热情奔放的女孩子，不消半刻就与诸人混得熟了，天心和小京受不了她这种亲热劲，连忙拨腿闪开。日奈上前问候，伊夜却瞧不起这位小师姐，不屑与这种"小菜鸟"一起行动，并自怨自已的命运真是悲惨，说着情绪激动竟哭了起来，日奈见她忽嗔忽喜的性格，心里也是不以为意。
