终章 即使这样，我们也……
众人先前往阿尔摩里卡村，从村长处得知哈罗德留在了村里，然后去白蜡亭二楼，找到哈罗德一家，他告知众人古战场处有一股反抗军。罗伊德一行前往古战场，寻找反抗军的踪迹。来到古战场向太阳堡垒的方向前进，在第三张图的开始处，遭到猎兵团的伏击，进入战斗。犬2、赤色星座大剑、赤色星座机关枪，速度快，最好利用提前准备的合体技或者爆灵槽解决战斗。打倒之后，黑月成员以及莉夏出现，罗伊德将伊莉雅的话带给了莉夏，莉夏决定离开黑月，协助罗伊德进行战斗。莉夏加入队伍。
打倒军犬后需要穿越玛因茨山道，山道中有地雷，贴地道边走或者用缇欧攻击开路即可，里面魔兽不多。出隧道过完桥后不久会触发军用犬X6+支援狙击兵的，所以推荐事先整理好装备以及存盘。狙击兵有即死效果，记得整理饰品。推荐使用爆灵宝玉加爆灵槽结束战斗，弱水属性。战斗结束后，兰迪回来，原来兰迪一直在玛因茨间道这边打游击，兰迪归队。格蕾丝记者跟随大家到了梅尔卡瓦上。
在西克洛斯贝尔发现了着落点，前往贝加尔门，众人发现戒备森严无法前进，折返克洛斯贝尔方向，在火车出轨现场处向贝加尔门方向前进，从已经停运的货车轨道进入了贝加尔门。准备上二楼去见索尼娅司令，结果遇到了严阵以待的诺艾尔。进入战斗:诺艾尔：此战罗伊德单挑，诺艾尔主要是普攻，s技，技能会造成罗伊德AT下降，可提前准备饰品规律徽章，其他无难度， 诺艾尔不会嗑药，磨死就行了。战胜诺艾尔之后，索尼娅司令邀请众人到办公室交谈，她否决了警备队直接协助众人的可能性，但是提醒大家如果独立王国的合法性受到了动摇的话，警备队将保持中立。众人决定去米修拉姆寻找艾莉归队和麦克道尔议长。 连续五场boss战，第一场枪兵x2 斧兵x1 魔兽x3，魔兽弱水火属性；第二场枪兵x2 斧兵x1 魔兽x4，第三场枪兵x2 斧兵x1 魔兽x3 ，第四场魔兽x3， 赤狮 x1，赤狮弱土属性，第五场枪兵x2 斧兵x1 赤狮x2 ，冲进房子之后，进入最后的战斗，是三台机甲，一大两小，战胜之后解救出来最后的艾莉以及麦克道尔议长。
大家决定先通过议长通过导力网络发表演讲来瓦解国防军的军心为后面的反抗战斗提供便利，之后大家可以在飞船上进行相应的队伍编组。后期需要特定的队伍编组。人偶工房传来消息，关闭月之僧院、星见之塔两处的大钟共鸣也许可以解除克洛斯贝尔的结界。先前往月之僧塔，打败入口处的机甲可进入塔里。想要进入教堂深处，需要打开两处的结界门取得水晶才能打开进入最后的区域，此两处的结界。第一处需要到达左部入口进入地下墓地，来到最底层自动进行战斗的机甲处，打败机甲；才能解锁左部的结界门；之后在左部深处左边第二个房间可以找到水晶。而右边的门，在上层右部出口进入的废墟花园，中部的强行机甲BOSS作战处才能打开，之后进入右边的结界可以得到另一个水晶。将所有的水晶放置在中间的祭坛即可。到了月之僧院的最深处，见到了小丑肯帕雷拉，与小丑的BOSS决战，小丑一直处于自身魔法反射，此战需要提升防御+魔法反射+普攻，或者将小丑的魔法准备打断，注意不要让缇欧普通攻击，会被反弹。战胜小丑后将钟的共鸣停止。之后来到星见之塔，按照指示分别击破三层的守护骑士即可来到最高层，迷宫不复杂。注意沿途的很多宝箱都是终极装备的获取来源，可以装上回路“探知”。来到最顶层的深处，将两个光玉放置在中间的天平上面打开通往boss的决战道路。与boss钢之圣女的决战。本场战斗无疑是难度最高的BOSS作战。第一阶段，玩家务必长期使用魔法反射和高护盾提升魔法技能来避免被boss的S战技秒杀。当其HP降低到一半以下，其面具会掉落；此时玩家如果被击败也可继续进行剧情。第二阶段的招式和第一阶段一样，玩家可以采取相同的作战策略之后大家停止了两处的大钟和克洛斯贝尔的结界也得以消除，反抗军开始从数条路线开始总攻来为大家进入克洛斯贝尔市区作战提供掩护。 而大家的老熟人约修亚也带着玲和艾斯蒂尔一起赶来支援大家对付终极机甲的行动，而进入市区不久，大家又遇到了数次强力机甲的围攻，之后达德里指挥官赶来救出了大家并且加入众人的队伍，一行人从地下通道来到上层一路回到支援科总部取回了汽车。收到消息雷克特希望大家来到南部的站台交换情报，之后大家进入兰花塔。兰花塔一开始玩家只能从21F到30F进入，沿途会有不少的魔兽；而一些结界则需要通过打开指定的开关才能通过。而且平台上会有闪电会消耗人物的HP和EP，必须要注意一下，之后两个大机甲成功被援兵摧毁，而大家也来到塔顶见到了迪塔总统与之进行决战。迪塔总统驾驶终极白色机甲开始与众人决战，进入boss战。由于boss的战斗可以完全破物理防御魔法，所以可以准备魔法反射来反弹BOSS的伤害，之后幕后黑手暴露，原来之前的伊安律师和贝尔才是幕后的所有策划者，而平地而起的碧之大树将是最后的决战之地。建议再次进行完整的补给来确保后面游戏的顺利进行， 碧之大树的分叉比较多，但是仍然是一条路居多；总体不是太复杂，注意沿途其特殊颜色的宝箱，打败里面的魔兽可以获得高级属性的晶石和终极装备。
进入碧之大树，建议将莉夏和瓦吉代入队伍方便以后进入结界。这里注意两件事就够了：第一，宝箱尽量都开，好药、好装备、好回路、机关钥匙之类的。第二，遇到机关能开就开，岔路有，但是不会太绕远，而且会有箱子作为补偿。①进入色之领域队伍里需要有丽霞。②进入象之领域队伍里需要有瓦吉。③进入业之领域队伍里需要有兰迪。④进入戒之领域队伍里需要有罗伊德。只需要在PT中即可，不需要是出战成员。当然你也可以临时回到飞船进行队伍重组。 第一个结界，象之领域， 该领域无数的雷电会消耗玩家的EP，但是迷宫并不复杂；最后的区域需要玩家使用攻击打破碎石才能进入, 之后则是与魔人瓦鲁多的决战。本BOSS战斗则是简单的全体物理防御提升，而之后先解决两边的杂兵在集中围攻BOSS即可. 第二个色之领域，这里需要不断的变化水晶打开前进的道路；玩家随便乱走也能到达最后的boss战区域后则是与谢莉的决战。各位玩家要装备上即死的装备--神圣之链，其他很容易。 之后是很长的一段路，进入到大树的内部，第三个区域是业之领域，之后则是与西格蒙德的决战，在其引诱下兰迪没有迷失自我。这次的战斗和以前的策略一样，玩家注意多使用爆发集中力量几个回合打趴下该对手即可 。最后一个则是戒之领域。这个也很简单，分别开启特殊宝箱打败里面的魔兽取得银色，金色，铜色，黑曜石的门钥匙，打开四层通道进入最后的战斗。亚里欧斯将这一切发生的缘由和所有内幕和盘托出，以及罗伊德哥哥的死亡细节，原来真正的凶杀是伊安律师。下面就是是与风之剑圣的最后决战。与亚里欧斯的战斗则是让艾莉和缇欧在后面加血加提升闪避的属性，而罗伊德和兰迪则是肉盾车轮战一样的吸引其作战目标；重复慢慢耗死他。同时也要注意加强你的物理防御避免被秒杀。
众人来到控制琪雅的最终地点，玛丽亚解释了碧之大树的真正目的，就是改变时空改变因果从而创造一个完美的世界，操控因果律。。。之后则是与玛丽亚的决战，这算是最难的一场。玛丽亚只释放S战技和魔法攻击，而且玩家的作战环境被孤立到四个点。所以玩家迅速集中，之后将自己的魔法防御和物理防御不停的加到最高，并且使用魔法反射抵御其疯狂的攻击。之后琪雅在玛丽亚刺激之下化身为疯狂的怪物，碧之神与大家进行最后的战斗。第一阶段下，招的小怪如果没有一次被秒掉的话会触发boss无限时空循环回血，所以这一战比起boss来如何一次性秒掉4只杂鱼成了重点。否则神会不断的使用时间轮回吸收残余的杂兵恢复血量，清掉小怪之后就是一只沙包，随意蹂躏即可。第二阶段则讲究高速度，boss血厚速度快，还附加各种打断技和消灭技，玩家一定要全程开动爆发状态快速用最强大的战斗技能杀死boss，拖延太久会被神的超级爆发终极技能全部秒杀（一旦到这一步，之前最好准备土人偶，至少保证留下一个活口）。通过卡boss的无神无虚这一技能来限制boss的输出，有防禁魔的队员发动小魔法来吸引boss使用技能。反复如此就可以安全顺利的对boss进行输出，同时削减boss血量。最后，罗伊德发扬自己的老好人风格，冲进虚幻世界中救出了琪雅，也遇到了死去的哥哥；大家带着受伤的同伴逃离了大树，伊安律师被打成了重伤，而贝尔决定接受结社的邀请，成为使徒。
然而最终克洛斯贝尔陷入了帝国的占领，下一部作品的舞台转到了帝国，真正的“幻焰计划”即将登场。
