1.叉耳朵皮丘
此剧情请携带09年剧场版预约卷兑换的闪光皮丘触发。
携带闪光皮丘并放在队伍的第一位至ウバメのもり桐树林的神社处调查神社，叉耳朵皮丘就会从里面出来，并且和闪光皮丘成为好朋友，加入你的队伍一起旅行，前提是你身上有一个空位，没有的话也可以触发剧情，可以以后再去拿。另外还可以听到看守桐树林的老人讲一些有关拥有穿越时间能力的精灵传说。
2.炎帝&雷皇剧情到圆珠市解开烧焦塔的封印后，就可以在城都地区随机遇到它们了，40级，和以前一样还是见面就跑。
3.水君
同炎帝和雷皇不同，水君在解开封印后会按顺序固定出现在以下地方，每次见到后都会触发事件逃跑，在最后的地方才会和你战斗，40级。因为前3次推剧情肯定会遇到，所以这里就只给出最后2次地点的截图了。
第一次：タンバシティ湛蓝市上面的海滩。
第二次：42号道路中段靠下。
第三次：枯叶市，出港的时候在岸边。
第四次：14号道路右侧水中，有一堆风力发电机那附近。
最后一次：25号道路正辉家边上。
4.三大空间神兽的诞生
此剧情请携带09年剧场版赠送的阿尔塞罗斯（720）并在升级完全国图鉴后触发
携带阿尔塞罗斯到アルフのいせき阿鲁夫遗迹的一所民家，可以触发剧情。考古学家会带着主角和草泥马一起进入遗迹，就在考古学家研究壁画的时候，主角被传送到了一起怪的空间。出门一看居然来到了城都地区最北方的シントいせき新都遗迹，进入登山者小屋的门一看居然是新奥地区的冠军白菜姐姐，跟着白菜姐姐回遗迹，白菜姐姐说想举行仪式只能携带草泥马一只精灵，回去小屋把其他精灵存起来再回去。仪式只能诞生一只空间神兽，白菜姐姐会让你选择是右下法阵的帕路基亚或者左下法阵的迪亚路加或者上方法阵的奇拉蒂娜，精彩的剧情动画之后就可以得到你选择的空间神兽了，只有1级。剧情结束后自动传回阿鲁夫遗迹。
5.水都兄妹此剧情需要在关东地区触发
剧情进行到给山吹市的小妹妹找车票时，从最喜欢口袋妖怪俱乐部要了娃娃出门时会遇到方缘地区的冠军大吾，他会给主角看水都的照片，金心为红水都，银魂为蓝水都，并告诉主角水都目前正出没在关东地区。这之后水都就在关东地区随地乱跑了，35级，见面就跑。
6.另一只神鸟
此剧情需要在关东地区触发
在关东的ニビシティ尼比市右侧出口的高地上可以找到一位老人，他会给你银色羽毛。（银魂版是七色羽毛）带着这个羽毛去漩涡列岛（铃塔）就可以让看门的和尚让路，进去到瀑布深处（塔顶）和路基亚（凤凰）战斗。这次可以直接在里面找到神鸟，而不像剧情那样需要去圆珠市舞场触发剧情。
7.红绿版三主角
此剧情需要击败小智后触发
击败小智后回到真新镇找大木博士，他会送给你小火龙、秒娃种子、杰尼龟三只中任选一只作为礼物，身上要留一个空位。
8.宝石三主角
此剧情需要击败小智后触发
击败小智后前往关东地区的山吹市，在西路夫公司右上角的柜台可以见到方缘地区的冠军大吾先生。他和以前一样还是个石头控，会拿出三块美丽的石头让你挑选。如果你身上有空位的话，他会根据你选择的石头颜色不同，会送给你木守宫，火雉鸡，水跃鱼其中一只。对应关系为：“みどりのいし绿色石头”木守宫，“あかいいし红石头”火稚鸡，“あおいいし蓝石头”水跃鱼。
9.三圣鸟
此剧情需要获得全部16枚徽章后触发
三圣鸟均为50级。
1）闪电鸟
闪电鸟会被抢占发电站的工作人员赶出了家门，只好站在发电站门口。
2）冰冻鸟
冰冻鸟还宅在双子岛，从右下入口处进去比较快。
3）火焰鸟
火焰鸟从冠军路搬家到白银山去住了，稍微难找一点。
10.超梦
此剧情需要击败小智后触发
击败小智后，ハナダシティ华兰市左边水中的洞穴看门人会消失，进入内部深处，70级的超梦就在里面等着你。
11.海皇牙&古拉顿
此剧情需要完成并领取6剧情的关东三主角后触发
在30号道路可以找到口袋妖怪爷爷的家（就是上来拿图鉴的小屋），他会告诉你收到了大木博士的信，并交给你一块宝玉，金心是あいいろのたま蓝色宝玉，银魂则是にじいろのたま虹色宝玉。携带这2块宝玉去湛蓝市穿过洞穴抵达47号道路，路上会遇到四岛馆主，他会告诉你利用攀岩可以抵达一个洞窟，在那里就可以见到海皇牙或古拉顿了。
12.裂空座
此剧情需要完成10剧情后触发
将11剧情获得的海皇牙和古拉顿传至同一卡带内，之后携带它们去真新镇找大木博士，可以获得もえぎいろのたま绿色宝玉（新葱色宝玉）。带着绿色宝玉去47号道路同样的地点就可以找到裂空座了，注意从宝石传来的海皇牙和古拉顿无法触发此剧情，必须使用在金心银魂版本所捕获的。
