第一章
心情复杂的爱丽丝经过接受治疗的孩子们的宿舍来到楼下。楼下左手边的房间是爱丽丝在这里的住所，墙壁上挂着全家一起的昏黄色照片，自顾自的抱怨一番后爱丽丝走出了住所看到街道上弥漫着懒散的世俗气息。
人声嘈杂的市场中一只白猫吸引了爱丽丝的注意，仿佛它在指引一条寻找记忆的道路，爱丽丝不由自主地跟上了白猫的脚步。白猫穿越街道的同时还不忘回头看着爱丽丝是否跟上，仿佛通了灵性一般。最终白猫消失在雾气缭绕的胡同尽头，爱丽丝胆怯地跟了上去，这时爱丽丝的背后突然出现兔头人身的怪物，并不是一只而是许多的怪物将爱丽丝团团围住。
此时，爱丽丝被人轻拍一下恢复了正常，原来是幻觉。来人正是爱丽丝所在的医院中的老婆婆护士，她同爱丽丝讲述了自己一直没有说出的秘密，爱丽丝残存的记忆片断是真实的。爱丽丝来到婆婆所说的房顶，再次向婆婆询问细节。突然变成怪物的婆婆把爱丽丝吓了一跳，地面裂开爱丽丝掉入了深渊。
恢复意识后的爱丽丝已经换上了身上带有血迹的蓝色长裙，而对面的猫开始至“欢迎词”。景色优美的完美世界真的不再完美了吗？爱丽丝踏上了冒险的旅程。借助色子形状的空中踏板和巨大的蘑菇爱丽丝看到了挂着吊牌的巨大酒瓶还在流着紫色的液体，这里很熟悉好像以前来过，这时会说话的猫再次出现为其讲解这种神奇的液体可以让爱丽丝缩小。
爱丽丝接连穿过几个钥匙孔般的洞穴后借助蓝色蘑菇跳上了一条绿色的甬道，顺着甬道滑下到底后发现这里的河流竟然是血红色的。爱丽丝从中央的巨骨上获得了曾经使用的小刀，虽然嘴里说着回来并不想杀戮，不过心里好像是在窃喜。敌人首次登场，挥舞小刀的爱丽丝并不手软的收拾残局后进入了打开的树洞之中。
爱丽丝的跳跃能力果然不同凡响，应该是轻松的飞过了几个万丈悬崖。房屋中正在煮汤的巫婆将桌子上的胡椒研磨器送给了爱丽丝，看来吃素的女人可以化解一切恩怨并不是空穴来风的说法。从后门刚刚出去就遇到一群蜜蜂，要知道蜂巢才是滋生蜜蜂的关键哦。爱丽丝用胡椒炮连续攻击空中的飞猪将它赶回了女巫的餐桌，再次返回了女巫的厨房获得了些许的好处后进入小门内。爱丽丝射下空中的飞猪后色子台阶陆续出现，同时三个蜂巢也落了下来，谁说蜂巢不能用胡椒炮射击？射落第二只飞猪后色子桥铺垫完整可以通过，女石像的眼泪竟然是黑色滑腻的虫子，实在有够让爱丽丝不舒服了。
前方的石台突然下落并且有黑红色的液体从石缝中喷出，爱丽丝利用蘑菇的弹射顺利通过。原来收集的牙齿可以进化自己的武器，看来爱丽丝要继续努力拣牙齿了。火车掉下悬崖后的空地足够爱丽丝继续前进了，进入山洞后后方的道路被落石死死的堵住，只能勇往直前。来到茶壶山谷，新敌人实在是可爱，刀叉壶盖一应俱全，爱丽丝发现使用壶盖做盾牌的敌人需要在他攻击的一霎那闪避才可以破坏他的防御。
爱丽丝踌躇空荡荡的山谷没有桥怎么通过，原来缩小后可以看到隐形的桥梁。吹响圆台上的号角之后，爱丽丝登上了缓缓而来的破旧缆车前往对面的齿轮天宫。破墙而入后的爱丽丝第一反应就是尝试借助喷气登上平台，亮光下发现爱丽丝换上了一身黑色的长裙，更显邪恶。转动炉子可以打开喷气这是齿轮天宫中不变的真理，爱丽丝发现这里的地形并不复杂，基本上都是机关和跳跃的结合。
没有桥的地方需要缩小来观察隐藏的平台，爱丽丝完全适应了在齿轮和隐藏平台间转换的过程。千辛万苦跳跃到圆形平台上的爱丽丝马上发现一个非常难缠的敌人-独眼壶从铁索上爬下，胜利后的爱丽丝总结对付独眼壶的经验是不要用小刀，专门用胡椒炮攻击红色的眼睛会事半功倍。爱丽丝进入打开的巨型铁门中并且踩下了尽头的机关，乘坐升降版到达了上层。
爱丽丝沿着管道来到最顶层的机关处，用力拉下后对面的铁门打开，进入后一段滑梯通道将爱丽丝带到了地下水道。在这里首先映入爱丽丝眼睛的是一只玩具兔子，原来这兔子是有炸弹的妙用的。尝试一下用兔子炸开了上方的铁门，顺着齿轮爬到上层后爱丽丝拉开了燃烧着火焰的木门。
学会了通过狂暴来吸食血液的变态技能后来到石台边，爱丽丝用胡椒炮射击对面的红色光点让其变成绿色后跳过平台到达对面的房间。爱丽丝将地上的人头拣起恢复到身上，左右侧的铁门全部被炸开后，爱丽丝将兔子炸弹放到了右侧的机关平台上，然后跑到了左侧的升降梯来到上层。
爱丽丝在中间获得雨伞后面对了一个非常强大的三头怪物，这个怪物的攻击猛烈而且身上有盔甲。需要用雨伞反弹怪物扔出的炸弹才能将盔甲破坏，然后分别将三个头部消灭后怪物死亡。四周的平台出现两个红色光亮的机关，爱丽丝仍然用胡椒炮开启了机关。
爱丽丝坐上左边平台上的矿车来到满是红色岩浆的地下通道，中央的平台侧面有红色机关是让两个平台上下移动，这样爱丽丝顺利的来到对面平台。平台上的几个独眼壶对于现在的爱丽丝已经没有悬念，跳下平台后爱丽丝拉下钥匙洞内的机关。利用升降平台进入最上方的房间后，爱丽丝从容的将这里的几个独眼壶杀死后从右边跳上了石台转动机关，上方的冰球启动将室内的岩浆全部凝固后爱丽丝进入了之前被岩浆覆盖的洞穴。
出去后第一眼便看到了对面高台上的红色机关，爱丽丝射击后借助喷气来到了平台上。终于来到了最顶层，埃利斯用兔子放在机关上后通过了铁门并且打开了平台上唯一的机关。爱丽丝一路前进来到了熔岩控制室，一只玩具鼠正在控制岩浆阻碍爱丽丝的道路，通过升降台一直到达了机关处。打开机关后爱丽丝从左边被自己炸开的铁门跳了出去，岩浆已经不见，道路平坦的跳上右侧上方的平台通过隐形的桥梁。
爱丽丝跳过岩浆上浮动的木板，打开了最后一道机关。跳上玩具鼠的控制台打开机关后，爱丽丝跳入了打开的地洞。仍然踩下一侧的机关后从另一侧乘电梯到顶部，前往右侧的平台坐矿车下去。射击右上方有个铁块下砸的机关后出现平台，爱丽丝跳过平台。将兔子放在了右侧的机关上后迅速通过了暂停的机关，这里一直要用到兔子压机关的配合，而下压铁的机关可以用闪避冲过去。
在最上层爱丽丝踩下机关后迅速跳下进入打开的门内，这个房间中要躲避下压机关的同时把所有的独眼壶杀死，并且射击墙上的机关后进入打开的铁门。爱丽丝沿着笼子一直向上，中间的机关都十分简单。
爱丽丝见到了这里的控制人玩具兔，仍然是躲避了重重机关后，这里需要注意的就是掌握好铁块的下砸时间才可以顺利通过。最终的机关让玩具兔彻底失败跳下地洞，爱丽丝也随即跳下。成功的帮助礼帽人将四肢和礼貌组合完毕后，礼帽人背起爱丽丝来到了巨壶的内部并且帮助爱丽丝打开了前方封闭的铁门。
在这里爱丽丝成功的通过一些简单的机关[注意要多留意墙壁上的红色标靶机关]，在一个薄薄的地板上放置炸弹兔炸开后跳下，打开了礼帽人未能打开的铁门。冲到平台后爱丽丝看到了之前的玩具鼠和玩具兔驾驶巨大机器人想要阻拦，但是却被礼帽人轻易击破，但礼帽人也因为自己的莽撞再次受到惩罚，爱丽丝也随即陷入了深渊之中。
