在幻想乡的一次和平的夏日里，一阵不寻常的红雾毫无征兆的覆盖的大部分地区。红雾强大到足以遮蔽日光，倒是受影响的地区变得又黑又冷。
博丽灵梦，一位在博丽神社工作的巫女，感觉到找到这不寻常的天气的原因是巫女的职责。雾雨魔理沙，一位身着黑装的魔法使，希望从施放符咒的人那儿收集到什么有趣的道具。根据你的选择，两位主角只有一位出去调查。
主角向雾的疑似源头——湖中的岛飞去。还未到达目的地，主角先后被在正在湖边缘露米娅和将湖称为自己家的琪露诺拦了下来。然而露米娅和琪露诺都跟雾的来源无关。刚到达岛时，主角立即遭到了许多守卫的攻击。这次进攻是由红美铃所领导。但红美铃没能阻挡主角的闯入。
之后，主角进入了红魔馆，显然放出红雾的人就在里面。主角首先去看了看灰暗的图书馆，馆内的帕秋莉·诺蕾姬试图阻止主角更加深入。紧接着主角到达了主要的走廊。长十六夜咲夜也试图阻止主角到达红魔馆女主人处。
在长长的征程之后，主角在露台面对了血色的恶魔，蕾米莉娅·斯卡蕾特。蕾米莉亚承认，放出红雾是她为了白天的出行能更加舒服。经过激烈的战斗，蕾米莉亚被打败并且将幻想乡恢复了正常。
几天后，主角回到了红魔馆。此时蕾米莉亚并不在馆内，且主角发现整个馆内都是乱糟糟的。在去主要走廊的路上，主角先后与变得更强的长和更强版本的帕秋莉战斗。正在主角奇怪为什么每个人都悬在刀口一样的时候，蕾米莉亚的妹妹，芙兰朵露·斯卡蕾特，出现了。芙兰朵露表示，她已经被关在馆内495年了，之前从来没有见过一个人。
芙兰朵露要求主角和她一起玩。经过一场又长又艰难的战斗，芙兰朵露被彻底击败了。
