1面BOSS从不困惑的亡灵
西行寺 幽幽子
西行寺幽幽子
Saigyouzi Yuyuko
种族：亡灵
能力：操纵死亡的能力
冥界的大小姐，妖梦的主人。本来以为神灵和冥界有关的灵梦，结果对于搞错方向的灵梦提示神灵与寺庙坟场有极大关系。使用妖梦自机时，幽幽子为了要阻止灵梦等人带着妖梦离开白玉楼去调查神灵事件，因而展开了对战，但是最后也放心的让妖梦等人继续前进调查神灵事件。
2面BOSS念经的山灵
幽谷 响子
幽谷响子
Kasodani Kyouko
种族：山灵
能力：能够反射声音的能力
山彦妖怪，即幽谷响。能够制造回音。命莲寺的妖怪僧侣，反对杀生。
住在山中，只要听见愉悦的声音，就会大声回应的欢乐的妖怪。因流传着什么“山灵只是声波的反射啦—”这种迷信，响子有感于世俗的空虚，便遁入佛门。她的能力与朗诵经文十分相称。每每都在山中诵经度日。
对灵梦发起攻击的理由是因为袭击人类算是妖怪僧的修行之一；攻击妖梦的理由则是她以为妖梦的楼观剑是拿来杀生的。
3面中BOSS为难的遗忘之物
多多良 小伞
多多良小伞
Tatara Kogasa
种族：长年不被使用的伞化成的妖怪（唐伞妖,付丧神）
能力：能够吓唬人类的能力
徘徊在寺庙周围的妖怪伞。大多时间都在墓地度过。因为在街上不曾受惊的人类来墓地参拜时却很容易被吓到。
墓地深处出现了从未见过的妖怪，并据为己有一般不让他人接近此地。原本还试着跟那个妖怪沟通一下，不料难以对谈，于是感到了危险的小伞决定强制赶走那个妖怪。结果被打不死的宫古芳香驱离，请求灵梦帮助，被误以为是妖怪出没，而被打一顿。但对妖梦是主动攻击。
3面BOSS 忠诚的尸体
宫古 芳香
宫古芳香
Miyako Yoshika
种族：僵尸
能力：啥都能吃的能力
（人类如果被咬的话会一时变成僵尸）
被青娥施术复活的古代日本尸体，
守护大祀庙不受命莲寺的僧人攻击，施术者是青娥，用头上的符咒来操控。
会食去四周的灵体回复体力，被他的毒爪或毒牙咬到会变成僵尸，力气也是数一数二大，但速度慢、动作迟钝，要逃跑是蛮简单的。
记忆力颇差，对战后才想起来驱赶妖怪的的目的和自己的主人是谁。
她的身体非常坚硬，关节不会弯曲。行走不便。青娥劝她多做做柔软操，但这对芳香有点困难。
4面BOSS 穿壁之邪仙人
霍青娥
霍青娥
（通称：青娥娘娘）
Kaku Seiga
种族：邪仙
能力：能够穿越墙壁的能力
原是憧憬道士的人类。青娥年幼之时，其父因沉迷于道教而扔下她隐居山中了。对父亲留下的书籍产生兴趣的她，一遍又一遍地翻阅书籍而憧憬道士。尤其喜欢何仙姑（道教八仙之一），发誓有朝一日自己也要变成仙人并与父亲相见。
待成人后，青娥嫁入了名门霍家。尽管生活充裕，她却未能舍弃成为道士的梦想，每日郁郁寡欢。渐渐变得自闭，不愿跟任何人说话了。自那以后，又过了八年的某一天，青娥突然说要道别了。
家人都觉得很古怪，而青娥只是在自己的房间像平常一样睡去，但再也没有醒来。为此惊讶的家人悲痛不已，最终将生气全无的她埋葬了。
然而，实际上她并没有死。她在独处时，使用从书中学到的法术，将竹棒伪装成自己，演了一出假死戏。家人埋葬的只是竹棒而已。她舍弃世俗奔向那令人憧憬的仙人的世界。自那以后过了一段时间，青娥作为仙人，已经拥有了一定实力。姿态也维持着年轻时候的样子，变得不老长寿了。
为此她做了不少忌讳之事。但这份努力并未得到苍天认可，似乎成了一名邪仙。青娥只要为了达成目的宁可欺骗家人，大概是这种性格在作祟吧。
她热心于推广道教，因此兴趣便是夸示自己的力量。但在青娥所在的国家中，
像她这种程度的道士仙人见怪不怪。于是青娥决定去没有仙人的国家，朝着那刚刚建立东边之国。即是日本。
当时在日本，自大陆传来不久，渐渐得到推广的佛教，正与信仰本地神祇的神道教为了霸权之位而不断引发冲突。青娥认为这是个推广道教的好机会，于是决定接近那时被认为是最有德望的丰聪耳神子，传达了道教的魅力。
政治上用佛教平息民众，而当权者通过道教获得超人之力便好，青娥这样灌输着。因道教崇拜自然，并且是多神教，因此与将当权者当做是神明后裔的神道相性良好。而其最终目的是不老不死，对权力者而言，比起严肃的佛教来说更具魅力。
但不老长寿的道术终究引领神子步入死亡，因此神子死前习得尸解术，进入长眠。青娥一直守护着大祀庙和神子的本体，殷盼她复活的一天。
能力虽然是穿墙术，但就是把墙上凿出一个洞，而那个洞过几秒钟会自动复原。游戏中的名称为“青娥娘娘（青娥 娘々）”，芳香则直称她娘娘。
5面中BOSS 神明后裔的亡灵
苏我 屠自古
苏我屠自古
Soga no Toziko
种族：亡灵
能力：能够引发雷电的能力
日本古代豪族，苏我氏的亡灵。
与布都同为侍奉神子之人，由于跟布都有过因缘因而拒绝复活成人类。
她并没有因灵体而感到任何不适，反而觉得容易坏掉的人类之身更不值得。
苏我氏与物部氏虽因佛教而争斗，但布都与屠自古两人的关系并不坏，似乎是相互扶助的关系（或者说是任由布都摆弄着）。
5面BOSS 古代日本的尸解仙
物部 布都
物部布都
Mononobe no Futo
种族：人类？（自称尸解仙的道士）
能力：可以操纵风水的能力
种族不明，似乎是“人”，但已经死过一次了。大祀庙的道士，被神子作为尸解术的实验品，相信神子的尸解术会成功，自愿为神子“死亡”一次，最后如期复活。以为人类的灵梦是来庆祝神子的复活将她带入神灵庙，结果把是把麻烦引进来了。
做为物部氏的她，信仰的却不是日本神道教，而是求长生不死的道教。她将物部一族出卖，并暗地操纵苏我氏，最后导致物部与苏我的宗教战争。但这一切都是算计好的，因为道教人人都能修成长生不死，对于治国会产生不利。佛法严禁杀生、讲究死后的涅盘，因此立佛派的苏我氏便派上用场。
神子便用使用佛教教化社会，暗地里和青娥、布都研究仙术，但最后神子不堪负荷外丹术的侵蚀，而使用了尸解术（尸解仙算是最低等的仙人），而布都愿意成为神子的实验品。确认布都的“尸体”没发生腐败，并陷入沉睡后，神子随后进入长眠。
6面BOSS 圣德道士
丰聪耳 神子
丰聪耳神子
Toyosatomimi no Miko
种族：圣人
能力：能够同时听十人讲话的能力
在马厩中出生，自小才智过人的天才。 出生高贵的她，从小就听到各种诉讼。 想着反正没法理解，官员们还经常对其发发牢骚。然而，神子全部都理解了，并迅速做出了正确的指示。这些故事传播到民间，她被敬为圣人，获得了极大的人气。但她有着天才特有的纠葛。“大地自神明时代起就了无变化，海洋则盛满碧水。为何，人类却不得不接受死亡。”
渐渐的，她对必将死去的人类的命运不满起来。
听说了神子声望的青娥便来宣传道教。道教崇拜自然，通过与自然融为一体实现不老不死。神子心动不已。但与此同时，告诉青娥，这个教派永不能使国家安定。青娥为达成自己的愿望无所谓什么国家政治，但神子并不这么想。
青娥便提出了表面上信仰佛教的想法。佛教是个禁止杀生，规律严格的宗教，神子认为这样国家可以安定，便同意了。结果，发挥了超人之力，留下了各种传说。同时，从未懈怠过对最终目的，不老不死的研究。有时还用到丹砂等各类稀少矿物。但这些腐蚀了她的身体。原本能够带来不老长寿的道术反而毁了她的身体。神子认为这个身体已经撑不住了，便决意成为尸解仙了。尸解仙是死一次（或者装成死掉），再复活的秘术。然而对独自实行感到恐惧的神子，跟布都商量了此事，想要她先一步沉睡。布都相信神子的力量，成为了试验台。神子确认了布都死后没有腐烂，只是沉睡下去后，自己也进入了睡眠。
按神子的计划，是预定在国家对佛教感到限度，需求圣人时复活的。但这个想法却落空了，佛教统治国家达千年以上。佛教的有力僧侣们一直将神子封在灵庙，所以没能复活。神子的企图早就泄露殆尽了。不必焦虑，何时复活都好，神子便这样沉睡着。如今，复活之时终于到来了。其原因，在于她的传说开始全部被说成是虚构的了。因为她不再是拥有超人之力的人了。由此她跟着灵庙一并移动到幻想乡了。那时，幻想乡没有佛寺，所以做好了随时复活的准备。
然而，就在此时新的寺庙落成了。而且好似认准了一般，不偏不倚坐落在灵庙上面。那就是命莲寺。妖怪寺建立在圣人的灵庙上，这摆明就是挑衅。但妖怪寺却没有办法成功封印住大祀庙，神子便复活了。
复活的神子和布都等人经过讨论后，认为圣人的灵庙不应该压在妖怪寺院底下，因此将道场迁居到一个名为“仙界”的平行世界。
EXTRA中BOSS
封兽 鵺
封兽鵺
Houjuu Nue
种族：鵺
能力：使人无法识别本来面目的能力
住在命莲寺的不可思议的妖怪。白莲压制着的圣人，终于抑制不住复活了。她听到此事，想要报答前次（星莲船）的恩情，便叫来旧识的妖怪，想要强化妖怪的势力。当然，瞒着白莲。结果，住在命莲寺的妖怪多了一只，白莲变得更忙了而已。
EXTRA BOSS
二岩 猯藏
二岩猯藏
Futatsuiwa Mamizou
种族：狸妖
能力：能够变化姿态的能力
狸猫妖怪，擅长变身术、分身术、以及操弄动物造型的式神犬，主要有灵长型、犬型、鸟型、爬虫型四种。腰上系着一个酒瓮。混在人群当中与人类和平相处生活。鵺的老朋友，因为圣人复活会对妖怪造成极大影响，所以远从幻想乡外要来一起帮忙阻止圣人复活，结果迟到了。
虽然是妖怪，但并不会害人，这在妖兽之中算稀有了。顶多是恶作剧骗人骗钱，偶尔还会布施穷人。
