1. 新英雄的诞生
赛里欧斯国王是这个大陆上的英雄，当年他以王子的身份和一些伙伴一起在大陆上冒险，为整个大陆的国家化解了一场灾难，所以他们的故事已成为永恒不朽的传说。现在，赛里欧斯国王的儿子亚德兰斯已经长大，新的英雄即将诞生。
多年前，大陆经历了一场地震的灾难，但事后人们已渐渐地将这场灾难忘记，却不知道其中隐藏着更大的灾难向大陆上的人类袭来。
在艾鲁阿斯达城，亚德兰斯王子起床喽，早上得听听教育官洛艾尔的说教，王子心想：老一套。不过嘴巴上还得“嗯嗯”几声。
和父亲一样好动的王子来到城门，不过知道儿子脾气的国王自然会吩咐士兵让王子吃闭门羹的，不过没关系，王子听母亲说过当年父亲的绝招，所以在农田找到柏卡，然后想从秘道出去逛逛，但洛埃尔居然追来，没办法，听一顿数落后王子乘机溜了出去，这出城去欺负史莱姆可以说是他们父子少年时共同的爱好。回到城中洛艾尔带王子回首都鲁迪亚城，听说出去走走，王子马上就跳了出去。
在首都，国王对自己儿子的调皮感到欣慰，他让王子送信给大陆上列国，这可没把王子乐死，可以到处玩，可以到处欺负史莱姆，可以听不到洛艾讨厌的说教，可以吃很多好东西，这实在太好了。王子马上腰佩圣剑，头顶钢盔，身穿圣铠甲，手持圣盾，拿着信和3000元钱就飞了出去──，且慢，先去见见皇太后，拿多些零用钱可以路上买东西吃。
在库鲁村见到亚隆和洛，打声招呼王子来到贝尔盖矿山见到彼得，彼得说得找亚隆想办法，王子连忙赶回库鲁村想让亚隆给些人手，谁知找不到，听说亚隆在鲁迪亚城便急忙赶去，王子到处找终于在酒店找到这酒鬼亚隆，嘿，差点将正经事都耽误了，顺便和库鲁村右侧的农民说说话，随后来到奈利港买船票，到处逛逛后本想到酒店喝杯酒，结果居然给人将钱抢光了，本想说：“大家给我将那坏蛋搜出来，我是王子。”但那有多丢人啊，只能继续前进了。
在黎赛尔城见到杰斯顿国王，然后遇到魔法师蓝特，他要求和王子一起旅行，一起就一起吧。王子到拉鲁港和售票员说说话，由于两个人的口袋都是空空的，没办法之下和只能蓝特一起到杂物店卖些兵器当路费，然后购买船票前往尤顿港。
在赛利斯城想见国王却被卫兵阻拦，想想其他办法吧，在那修城见到杰拉特和芙罗拉，到塞雷村后回到那修城想找芙罗拉却被查理王子阻拦，真是没有办法，幸亏王子机灵从房子后面进去找到芙罗拉。大家一起去找国王，在思埃鲁村旅馆原本想找吉哥，结果居然被捉，还好波亚特救王子来到首都。找到国王后国王邀请王子参加龙之祭祀，而到时发现龙蛋破裂居然出现大量的妖怪，灾难降临了。
回到自己国家，听说父王已出发调查此事，王子连忙赶去，在黎赛尔城找国王知道父亲刚走，在尤顿港找到苏妮亚王妃，正谈论间忽然有士兵报告芙罗拉在皇陵墓地被妖怪捉走，王子连忙赶去陵墓救她。
到赛雷村找杰垃特，他和查理竟然不放芙罗拉离开，无奈下众人一飞走之。在圣达尔城知道无法过国境线，王子想到波亚特或许有办法，找到他后英雄们坐船来到路朵港再来到巴斯农城，拜见国王知道父亲又离开了。众人连忙赶到立雪鲁港，在那速城看到凶猛的辛蒂，和村长说说话才知道原因。在法伊特村长处交谈辛蒂会加入众人的队伍，在科尔库城见到了汉斯，然后再到狼之口寻找雷库，众人一起到奈落之口击败妖怪的首领，这旅程又告一段落，但王子的父亲似乎遇到麻烦。
2. 地下迷宫
英雄们向前走进入地下迷宫，前面碰到一老者，老者声称他知道赛里欧斯这些老英雄们的下落，但是他要求众人必须到东边的瀑布处拿到战士之笛，如此他才告诉大家线索。这分别是要挟，不过为了知道赛里欧斯国王等人的下落也只有乖乖地听话。向右方取战士之笛（瀑布中），来到瀑布处发现池中有一种奇怪的鱼，这种鱼会吐出一种强力气泡包围人的身体，但它们的气泡怕闪电。顺利拿到了战士之笛后英雄们来到远处寻找老者，但这家伙居然失踪了，气得英雄们到处寻找。
走过迷宫般的道路来到依修村，刚一踏进村口就看见一怪物正在欺负小孩，英雄们一肚子火就全发在这倒霉的怪物身上。救下孩子在依修村到处看看有没有什么线索，在最右上角的屋里正准备打听赛里欧斯的下落，这时从外来了一人，却是刚才那位老者──不知何时老皆变成了一个年轻美丽的女孩，她笑咪咪地对亚德兰斯众人能拿到战士之笛感到十分敬佩，并告诉英雄们她的名字叫做依西亚，是这里反抗军的一员。
和依西亚谈话知道她们反抗军确实知道有关赛里欧斯的事，并带着众人一起来到了反抗军的领袖里达处，里达告诉他们这地下世界名为法凯帝国，由一位十分残暴的皇帝统治着，当然有残暴的统治就有正义的反抗，所以里达这些不满暴君统治的人组织起来成立反抗军，长期以来他们都在为自由和和平与皇帝的力量进行殊死对抗。不久前，他们这里来了几个来自地面依斯鲁哈萨世界的人，可能就是王子的父亲，他们似乎在寻找有关龙蛋的线索，而根据情报员报告这些人不久就遭遇埋伏被捉，现正关在古洛斯城、而要想去古洛斯城根本就不能从正门进去，因为城门已经封锁，任何平民都不能自由进出，所以目前的方法是只能从别的城镇想想办法。听说一个叫非鲁的城镇有通往城里的方法，但他们目前还不清楚究竟是什么方法，里达让亚德兰斯众人先等会儿，等他们的情报员回来之后会告诉池们更为详细的情报。
亚德兰斯等人到处看看还有没有其它线索，当他们来到村子北部一洞口，看到但一个穿着反抗军战士衣服的人匆忙地走进来，英雄们估计他可能就是侦察员，所以连忙进入基地和里达和依西亚说话好象是反抗军统一的那种，果然是情报员回来了。
情报员证实了皇帝抓住的那些从地面上来的人正是赛里欧斯等人，现关在古洛斯城中。亚德兰斯听说自己的父亲遇到危险，连忙起身请求里达帮助，但里达借口为了众人的安全和力量悬殊所以只答应依西亚与四位英雄们一起去古洛斯城救人，但是依西压似乎走得太快，出了北边的洞窟就消失在地下世界的黑暗中，看来英雄们还得靠火把照亮地下世界的道路。
到非鲁城后多处打听得知左上方的水道可以直通古洛斯城，在水道口发现依西亚也在那里思索，和她商量后认定这条道路值得一试。众人顺着水道一直走终于到达尤依希，然后来到到古洛斯城，然而是依西亚似乎对黑暗的环境过于熟悉，眨眼功夫又与她失去联系，亚德兰斯一行只好硬着头皮摸下去，不料亚德兰斯无意中踏响了地扳，顿时使得城中的士兵发现了依西亚，尽管英雄们接应依西亚撤退而没有造成人员伤亡，但这次的行动看来是失败了。更糟糕的是水道的秘密已经暴露，水道入口也被敌人派人封住，亚德兰斯与里达也只有重新商议寻找入城的其它方法。
里达告诉亚德兰斯其实还有一人城的方法，就是从依兹城人城，但是依修城与依兹城之间的通道被一块巨石挡住，如界有炸药之类的东西将巨石炸开就能顾利地到达依兹城。
亚德兰斯听到这席话顿时记得父亲当年曾经向海盗波亚特拿取过炸药，向这位军火大王要些炸药相信应该没什么问题，不过出于礼貌，王子还是决定带点强盗首领最喜欢的酒来作为礼物。在非鲁城王子听说过那里有一名叫做哈贝的老人就是酿酒的高手，赶到非鲁城找到哈贝，可是哈贝却说他已经没有酒了，但如果亚德兰斯众人帮他找来菇王，他就可以立刻制出好酒来。
这分明又是哈贝在敲诈英雄们，但英雄们还是在东方的亚奈司塔内击败把守后帮老人取得菇王，回来交络了哈贝老人时发现这老头早有好酒，浪费了这么多宝贵的时间众人真恨不得给他一顿饱的。
众人来到海盗哪儿说明需要波亚特的帮助，这家伙果然提到酒，好在王子准备了，这下波亚特该没话说了，众人到右室由取得炸药，再回到了村中将这好消息告诉了里达与依西亚。但里达也抱歉地告诉王子反抗军受到了皇帝军队的成胁，现在情况非常紧急，他们恐怕不能抽出入手帮助亚德兰斯。
众人拿到炸药后到依兹炸开石头，在依兹城众人与城中的反抗军取得了联系。但是无法取得更加具体的入城线索，只了解到这里时常有古洛斯城来的人与镇长联系，而实际上这个法凯帝国的地下世界中的每个村与村之间实际上都是相通的，依兹和古洛斯有一个交界处，但不知何时皇帝在这交界处修起了名为尤依希的堡垒，没有通行证是不能进城的，而且让英雄们感到兴趣的是，依兹镇长也是一个从地面世界来的老人，这两天正在招人。
众人寻找镇长寻找进城的方法，但镇长不在。
在通往尤依希城的路上，亚德兰斯碰上一群迷路人，交谈中知道这些正是依兹镇长聘用而来的，但他们不知道依兹城该怎么走，可怜亚德兰斯他们也不知道。来到尤依希城和守卫谈话后众人依旧没有什么收获，这时亚德兰斯忽然灵机一动利用天使之翼回到依兹镇。
众人本想告诉镇长有人迷路，但没想当大家一跨进镇长家却被人当做是雇佣来的工人，而一个叫做爱丽莎的女管家过来吩咐亚德兰斯众人扫地干家务，和她的对话中知道原来镇长入城见卫队的奈雷队长去了。正说着，镇长与一个人回来，只听到镇长在屋中和那人交谈什么，隐隐约约听到与镇长一起回来的那人正是奈何雷队长。不一会儿功夫，奈雷队长出来离开，英雄们连忙进去想询问镇长如何进入古洛斯，但镇长却对他们说：“你们把宝石带到城中交给刚才的那位奈雷队长。”
众人感到奇怪，仿佛老人对英雄们的行动已了如指掌，但王子心想想不管这是否是圈套都要试一试，在镇长处得到的宝石竟然是奇鲁莫亚之星，与爱丽莎管家索取制服，但她竟然说没有了，还说芙罗拉的衣服应该可以蒙混过去，此时众人决定暂时由芙罗拉担任领导，众人再次前往城堡和守卫交谈并将奇鲁莫亚之星交给奈雷队长，队长支开守护水道的士兵，众人再次进入秘道。
尽管在水路的秘道中众人又遇到一些麻烦，但这次的运气就好很多，经过奋战王子击败敌人首领终于见到自己的父亲，这时那个神秘的镇长也忽然出现。
3. 龙蛋的秘密
镇长原来是盖依，他在龙蛋怪物事件发生之后曾在一次偶然时机发现了奈落口山洞里竟是一个与依斯鲁哈萨世界完全不同的地底世界，所以他就盘算着如何乘机赚点钱。他在下面大做生意时与卫队队长奈雷成了老朋友。前不久他在地底世界发现了奇鲁莫亚之星掉在地上，他记得这东西应该是属于赛里欧斯的，这时他怀疑莫非赛里欧斯也来到了地底世界。他到处打听地得知最近有三个不是地底世界的人被皇帝的卫队抓住，他想到赛里欧斯的身边一定会有盖依的孙子盖伊三世在，所以他就决定用计救人，而亚德兰斯的出现使这个计划得意顺利展开。
当老少英雄们回到地面世界时，看来老英雄们因为受伤过度只能在鲁迪亚城的床上休养了，而现在该轮到我们的新英雄控制一切了。
士兵进来报苦说龙蛋跑出来的怪物越来越多，看来情况非常危急。
众人决定分头行动，盖依先行一步去奈雷队长了解一下更多的情况，因为奈雷也是一个反对皇帝暴行的好汉，他非常同期反抗军。芙罗拉提出去找依雅女神，蓝特为了保护她也与她一起上路。而王子打算还是去法凯帝国的依修村，一来可以看看他们救出人后反抗军是否遭受到很大的压力，二来看看还有没有新的线索，所以辛蒂便继续陪同亚德兰斯王子一道到地底世界去看看。大家约好在依兹村盖伊家镇长家中碰面。
王子到依修村找里达询问龙蛋的事，可里达对龙蛋一无所知，没办法王子只好到依兹城的盖依镇长家等待众人的消息，没想到芙罗拉与蓝特竟比他们还要先来到这里，因为芙罗拉在圣域发现了前段时间失踪的芭芭拉。
众人连忙来到尤顿港的圣域寻找芭芭拉，原来芭芭拉这段时间一直在龙蛋里试图阻止怪物的出现，但是她已经无能为力了，因为龙蛋已经完全不受她的控制，她无奈地给小英雄们龙之泪，让他们自己亲身到龙蛋中看一下。还记得王子的父辈也曾经尝试过进入龙蛋，这次王子等人重复父亲当年的路途来到龙蛋中的祭坛，原来里面是一台时空传输机器，怪物也源源不断地被传送出来，蓝特想试着运作机器但无任何反应。
众人来到依兹镇寻找大盗贼英雄盖依的行踪，盖依告诉英雄们龙蛋里冒出怪物的应该是出在地底人身上，因为在地底的皇室中有人会用咒文制造怪物，但是有这能力的人所正困于普洛斯收容所，不过如果找到他相信就不难找出制止怪物出现的方法，同时盖依还交给众人一张奇贝通行证。可用这通行证经尤依希到达奇贝城，普洛斯收容所就在奇贝城不远的地方。
大家再次来到里达那询问他的意见，他告诉大家说：这地底世界以古洛斯城为中心，其余分布在四周的是奇贝城、威鲁城、依修城、依兹城，而其中以尤依希城为分界地，虽然在分界地有皇帝卫队把守，但反抗军为了方便行动早已挖好了地下隧道。
英雄们由依兹城的西边渡过撒皮亚湖，穿越一座塔来到奇贝城，看到老人后连忙上去问些消息，再到普洛斯收容所，当英雄们再次进入奇贝城后可由左下角进入反抗军的秘道，然而得到的消息是如果要去救人就必须挖一条秘道，但挖秘道的人现在已经莫凯老人已经不干了。
到莫凯家寻找莫凯，分别和沙米、莫凯对话，莫凯表示自己不再为反抗者挖地道，因为这样会连累自己的亲友。亚德兰斯等人一再请求他们能够为世界的和平和正义作出努力，他的话打动了莫凯先生的徒弟沙米，沙米不顾老师的劝阻表示愿意挺身而出，但当众英雄来到普洛斯收容所时发现沙米的能力毕竟是有限的，正当众人感到为难时，莫凯先生终于来了，看来他还是在最好关头毅然选择了正义和光明。
莫凯先生的神技使众人很快进入普洛斯收容所。进入后在右侧的路上听到有人在争吵，其中说到一些秘密，此时里面的情况似乎有些奇怪。到收容所大门旁时看到一伙急冲冲的皇帝卫队擦肩而过，但对方并没注意到亚德兰斯一行人。解决掉看门的守卫后进得里面，辛蒂用强大的力量撞破牢门，里面是被关押的反抗军义士，而在最深处的牢房众人找到刚才在争吵的几位老者；原来他们正是地面世界传说的芙蕾依雅女神的仆人约书亚和史特拉的长老。
众老者从亚德兰斯的说话中知道他们是从地面世界来的人，就马上说了一些关于地下城市的故事。原来这些生活在地下法凯帝国的人很久以前也是生活在地面上的，他们拥有极度发达的文明，但奢侈的生活使他们无节制地破坏了大自然，当阿古拉要对他们进行最严厉的惩罚时，芙蕾依雅女神指示他们来到这地下世界来忏悔自己的过错并躲避阿古拉的惩罚。
问其怪物的事，长老成人那是长老之弟子弗拉所为。在众位长老的教导下亚德兰斯学会了如何操纵龙蛋里的机关。
此时依西亚忽然感到，她告诉英雄们皇帝已经知道了亚德兰斯的行踪，现在他们正打算对英雄们采取强硬的行动，而亚德兰斯相信龙蛋的事得尽快解决，所以依西亚让亚德兰斯回去关掉龙蛋，而他们反抗军复杂掩护。
亚德兰斯王子用最快的速度回到了地面世界，在击败伽诺亚后进入龙蛋，他按照长老的指示将机器关闭，从而化解了一场空前的灾难，看来法凯皇帝妄想破坏地面世界和平的黑暗幻想破灭了，但他会善罢甘休吗？人民反抗的怒火谁又能平息呢？
4. 皇帝的新装
然而后面的路似乎还没走完，依斯鲁哈萨大陆终于迎来了又一个和平和胜利。但当亚德兰斯将龙之泪拿出来准备还给芭芭拉时，芙罗拉却从龙之泪上看到了地下世界的悲惨景象，依修城的反抗军在眨眼间就给神秘的力量捉走。
现在谁都知道地下世界的暴行会严重危急地面世界的和平，所以亚德兰斯、芙罗拉、蓝特、辛蒂四人再次赶到依修村，但面前一片废墟的景象让他们感到愤怒和悲哀。英雄们穿行在非鲁城、依兹城、奇贝城之间，此时在皇帝的残暴统治和神秘力量的压迫下，各个城市的人都不愿与反抗军扯上关系，只打听到所有的反抗军都被押在培鲁看守所，连大盗盖依也不能幸免。为了打探到更多的消息，众人来到尤依希城。
在城市中守卫认出了英雄就是上次捣乱的人，于是捉住他们去看守所，亚德兰斯干脆将计就计任由他们捉拿，当进了城之后几人人开始发难，当他们一路冲杀来到了古洛斯城碰着了招惹事端的弗拉，亚德兰斯告诉他的行为给依斯鲁哈世界以及法凯帝国的人民带来的严重灾难，弗拉说他是奉皇帝的命令行事，但最后弗拉也开始对自己的作法产生怀疑，于是他决定去找皇帝问个清楚。
众人跟着弗拉的去问不久就看到了皇帝正在与弗技争执，但皇帝巧妙的言语将天真的弗拉欺骗，皇帝说要带弗拉去看一样东西，说完二人忽然在众人面前消失。此时盖依出现，这个大盗贼又有什么监牢可以困住他，他告诉英雄们皇帝的新武器威力太大，而制作这种新武器的人现在被关闭在培鲁收容所，盗贼盖依说完将威鲁通行证交给英雄们。
到威鲁城看到城门紧闭，这时忽然听到熟悉的声音，原来是幸免于难的依西亚和伙伴们在对话，知道她们的力量现在在奇贝城有新基地。在奇贝城见依西亚后来到反抗军的秘密基地。依西业带着大家到了里面研究共同救人的方案，定于明日一早就去培鲁看守所救人。次日亚德兰斯醒来发现依西亚提前走了，看来她们是不愿意让王子他们冒险，王子连忙想追上去帮忙但却不知往培鲁看守所的方法，向其他人打听反抗军通往威鲁城的暗道在什么地方，然而一无所获。当在入口的第一间房间向一老妇打听暗道时，她说依西亚吩咐过她不要告诉英雄们秘道在什么地方。听这语气似乎有松动的可能，再看老人的眼神英雄们忽然发现她家中的床好象有被移动的痕迹，仔细观察发现床下有秘道可来到威鲁收容所，谁知强大的敌人首领卡萨兹姆让这些还未遭遇挫折的英雄们狼狈了一阵，王子逃脱后到西利卡村找帝姆得到强火焰咒和比特那咒，这次和卡萨兹姆的再次对话该换个结果了。
当众英雄赶到威鲁城时已经晚了，和凯利对话后知道依西亚早在他们来到之前前往倍鲁看守所。到了培鲁城一打听才知道依西亚已经被捉，英雄们后悔自己不能及时赶到，同时也意识到这次只能靠自己了。
再到培鲁城偷听警卫在说什么，得知奈雷队长已经背叛了皇帝，但士兵不相信德高望重的奈雷会叛逃，他们认为这只是一种谣传，看来现在打开这道门的关键钥匙是奈雷队长。亚德兰斯一行在到奈沙僻地后英雄进入试练洞窟，寻找到奈利队长说明来意，早已不满皇帝暴政的奈雷队长爽快地答应帮助众人人城救人。众人骗开了培鲁看守所大门，冲进去干掉两个守卫得到钥匙，救出被关押的反抗军众人。
获救后的依西亚告诉亚德兰斯她得到约书亚长老留下的信，信中讲到了皇帝已经制造了三种威力强力无比的武器，并打算将会制造这些武器的长老押到普洛斯收客所处死，现在的情况到了最危急时刻。
收容所内皇帝的部下已调好武器准备开火时，亚德兰斯与其他三位身经百战的战友如同天兵一样出现，这次的敌人首领是狄更斯，但地域的门已经为这些罪恶的家伙打开了。
5. 不朽的神话
在约书亚长老等众女神弟子的帮助之下，利用从普洛斯收容所缴来的武器稍作修理之后改成威力强大的激光炮，打开了通往古洛斯城的道路。
此时依斯鲁哈萨世界的赛里欧斯、艾利欧、盖伊爷孙也赶来助阵，而亚德兰斯、芙罗拉、蓝特、辛蒂这些少年英雄们当然更不甘落后，奈雷、依西亚等法凯世界的勇士也挺身而出，最后的决战终于来到。
碰到梅达史特姆的阻击，被电磁波所阻挡后英雄们进入古洛斯城堡的地下室，然后找到盖依，拿到银板，再来到古洛斯中庭到库尼斯房间见到佛拉，到熔岩炉后黑奈兹出场了，不过他不是最后的魔头，当加比出场后英雄们用战士之笛击败他，此时最后的魔王黑帝出现了，这次又是什么理由促使黑帝动用力量来毁灭人类？黑帝该给英雄们一个交代了。
