游戏背景
相传在我们这个世界的另一面曾经有个由鲁迪亚王国、费里克公国、拉努拉王国、梭鲁迪王国、摩里斯共和国5个王国组成的和平世界。创造这个世界的天神阿古宁十分不满人类对大自然无情的毁坏，不忍心看到自己亲手建造的乐园在人类手中消失，决心由自己重新建造依斯鲁哈萨世界，这就要毁灭掉人类的文明，使人类回复太古原始时期。依斯鲁哈萨人类依靠自己的能力直闯阿古宁世界，打倒了天神阿古宁。
这之后，4位英雄中的鲁迪亚的王子赛里欧斯回到自己的王国，继承了王位，并与梭鲁迪王国的蒂娜公主喜结良缘，不久后诞生了亚德兰斯王子。小王子有着一颗正直的心，人们也深爱着他们的小王子。
在4位英雄打败天神阿古宁的16年后，依斯鲁哈萨世界发生了前所未有的大地震，人们在一阵惊慌后开始重新建设自己的家园，但是他们无法知道这场莫名的大地震预示着一场新的浩劫的来临……
鲁迪亚城
鲁迪亚城内，小王子亚德兰斯一觉醒来就挨了教育官洛艾尔的一顿数落，亚德兰斯王子趁洛艾尔一转身拿书之际溜出去了。亚德兰斯王子出屋找到了为王子挖好出城地道的小柏卡。虽然洛艾尔发现了秘密，但王子还是钻地道出城去了。
亚德兰斯王子在郊外痛杀了一阵滴溜溜圆的怪物史莱姆之后，刚回城就让守候在地道口的洛艾尔教育官逮了个正着，但这次洛艾尔告诉亚德兰斯王子国王赛里欧斯（这是《英雄传说》第一集的主人公，也有着与亚德兰斯王子一样的钻地道出城的经历）正等着见他，并向王子讲解了“天使之翼”的功能及使用方法。两人来到了皇宫，赛里欧斯国王看着长大的王子，要他以平民的身份视察各地因大地震带来的灾情，并将4封信分别交给费里克公国、拉努拉王国、梭鲁迪王国、摩里斯共和国的首脑（这4位分别是赛里欧斯国王在《英雄传说》第一集中的朋友）。
次日，亚德兰斯王子向国王、王后告别，从洛艾尔手中接过父亲当年使用过的几件宝物——圣铠甲、圣剑、圣盾，还可到皇太后处拿到5000金币（此时最好不拿）。在城中与人交谈，了解到这次地震使得东边的库鲁村出现了百年不遇的龙蛋，这倒是一件需要瞧一下的事情。
库鲁村
亚德兰斯王子到了库鲁村，遇到了在第一集中组织众英雄抵抗天神阿古拉的亚隆长老和曾经参加过英雄队伍的洛。与库鲁村村民交谈发现，大家对龙蛋的出现都感到高兴。看过村旁那蓝色的龙蛋，亚德兰斯王子往西来到贝尔盖矿山。由于大地震致使矿洞塌陷，伤及不少村民，矿工彼得听说亚德兰斯王子认识库鲁村的亚隆长老，于是请王子前往库鲁村告诉亚隆长老有关矿山的灾情，请长老从村里派人来救伤员。于是，亚德兰斯王子马不停蹄地赶回库鲁村，不料亚隆长老不在家，从邻居那儿打听到长老到鲁迪亚城中找老朋友去了，因此又赶回鲁迪亚城，在城中酒馆中找到亚隆长老，但长老已经太老了，还得请亚德兰斯王子赶回库鲁村向村民报告贝尔盖矿山的灾情，热心的村民感谢王子后马上出发赶往矿山救援。事情办完后，别忘了告诉长老一声。
费里克公国
王子走到矿山西边的奈利港，四下里逛了逛后，乘船来到费里克公国的隆多港。亚德兰斯王子刚下船就被一伙无赖给抢了，就在这时侠士蓝特从酒馆中冲出来拔刀相助，赶跑了无赖，好在信没被抢走。亚德兰斯王子来到费里克公国的首府黎塞尔城，刚进城又碰见了帮过他的蓝特，寒喧几句后进皇宫参见了国王杰斯顿，将信件交给杰斯顿国王。杰斯顿国王告诉亚德兰斯王子费里克公国在地震后也有多处发现了龙蛋，国民也为之庆祝。参见完国王之后又在城门口遇见了蓝特，蓝特知道亚德兰斯王子的真实身份后，非要与亚德兰斯王子同行。
亚德兰斯王子沿途了解了地震和龙蛋的情况，最后来到了拉姆港口。亚德兰斯王子想起自己被那伙无赖抢得身无分文，只好变卖自己的随身宝剑，买了船票，乘船来到拉努拉国的尤顿港。
拉努拉国
亚德兰斯王子在尤顿港了解到拉努拉王国的艾梅村、塞利斯城、那修城等处都出现了龙蛋，整个国家正忙着举办龙之祭。他径直来到皇宫所在地塞利斯城，城门守卫说皇室正忙着办龙之祭的事，没功夫见亚德兰斯这样的平民，也不听亚德兰斯王子的辨解。这时只见一老者未受警卫阻挡直接进了城，王子觉得奇怪，经警卫解释得知老者是那修富爵的大管家查理。这倒是进城的一个办法，亚德兰斯王子来到东边的那修城，在城中与人交谈得知富爵一家上上下下脾气都很怪，却有一个通情达理、温柔善良的女儿罗芙拉，富爵视这个女儿为掌上明珠。这时查理回来，将亚德兰斯王子一行拒之门外。王子从宅院后找到厨房的门，由此进屋上楼来到小姐闺房，向罗芙尔小姐说明此行的目的，小姐果真通情达理，在她的帮助下，说服富爵让查理带亚德兰斯王子一行进城。
几经周折，亚德兰斯王子终于见到艾利欧国王，国王盛情邀请亚德兰斯王子留一天看一看龙之祭，王子当然也答应了。随后，亚德兰斯王子出城四下闲逛，来到思埃鲁村，并住进了一间免费旅馆，结果醒来已落在海盗窝中。不过头子波亚特知道亚德兰斯王子的真实身份后也就出手相救，因为《英雄传说》第一集中当时的王子赛里欧斯曾有恩于他。此时蓝特也来了，结果有惊无险的回到拉努拉王国，赶紧去塞利斯城见国王艾利欧，他正等着王子一起去看龙之祭呢。
正要出发去看龙之祭，一兵士进来向国王汇报了国内的龙都变成了红色，且不断地从龙蛋中钻出怪物，这些怪物已冲进塞利斯城了。芭芭拉提出让皇室家族的人先到圣域暂时躲避。艾利欧用天使之翼将皇后与芭芭拉送出，然后与亚德兰斯王子等人前往宫门口阻止怪物入侵。一场战斗后终于制止了怪物对皇宫的入侵。亚德兰斯王子想到其他有龙蛋出现的地方也应该会有类似的事情发生，因此急急忙忙地赶回自己的国家。
鲁迪亚城
这时库鲁村已被龙蛋中出来的怪物摧毁，国王赛里欧斯已乘龙前往费里克公国寻找救兵。亚德兰斯王子向皇后提出要去寻父与父亲并肩战斗，但蒂娜皇后不同意，倒是教育官洛艾尔认为这是对王子自身能力的考验。皇后只好同意，知道王子已卖掉了装备后，就让亚德兰斯到地下室去取国王当年用过的兵器。亚德兰斯王子把用不上的信件交给洛艾尔保管，来到皇后处得到5000个金币。
拉努拉国
亚德兰斯王子与蓝特二人来到费里克公国的黎塞尔找到杰斯顿国王，而赛里欧斯国王又到拉努拉王国去了，两人一听赶紧也回到拉努拉王国的首都塞利斯城，此时这个城市已是怪物横行。亚德兰斯王子在恩努埃打听到皇氏一族已经避到尤顿港去了，两人又赶去，在尤顿港圣域旁的小屋里找到了皇后，这时这两国的国王已经去了梭鲁迪王国。
这时有个守城的兵士进来，报告在皇家陵墓洞口发现了那个富爵家的小姐芙罗拉的首饰，估计芙罗拉是被劫持了。亚德兰斯王子应皇后的请求前往皇室陵墓解救。到了皇室陵墓，在第二层左行不远处遇上芙罗拉，解决随后跟来的怪物后，芙罗拉参加了队伍。
回到尤顿港，皇后要亚德兰斯王子把该国的国师芭芭拉不见了的消息告诉赛里欧斯国王。由于芙罗拉的父亲已在全国发出寻找女儿的消息，因此亚德兰斯王子一行还得去一趟那修城。那修城已被怪物占领，富爵一家搬到离此不远的东南方向上的塞雷村。一行来到寒雷，富爵还是不同意芙罗拉与这些人一块冒险，芙罗拉不从，与亚德兰斯王子一起逃了出来。本想从圣达港通过境桥到梭鲁迪王国，但富爵让各关口截住芙罗拉，想过也过不去了。这时亚德兰斯王子想起了波亚特海盗，找到这帮海盗，顺利地来到梭鲁迪王国的路朵拉港。
梭鲁迪王国
一行赶快来到首府巴斯农城见到阿德斯国王，此时赛里欧斯国王又到摩里斯共和国去了。在皇宫最上层看到发明家哈利正在制造龙之剑、龙之甲、龙之盾。亚德兰斯王子一行通过路朵拉港乘船到了摩里斯王国的雪鲁港，再继续向首府科尔库城进发。当到达那路村时，听到一女孩谈到法伊特村有个叫辛蒂的人对她的爷爷很好，因此，亚德兰斯王子赶到法伊特村找到女孩的爷爷和辛蒂，结果辛蒂与蓝特打了起来，幸好有爷爷劝阻。但辛蒂好像以前见过亚德兰斯王子似的，但他已丧失记忆了。为了帮他恢复记忆，亚德兰斯王子请求辛蒂与他们同行，辛蒂也就加入这个行列。走到科尔库城，见到了汉斯总统，得知赛里欧斯国王又去找强盗头盖依了。
狼之口
强盗居住的方格斯城被怪物袭击后已找不到这些强盗的踪影，不过亚德兰斯王子知道在摩里斯共和国中部山坳中的一个叫狼之口的山洞中有盖依的秘密总部，于是一行人来到了狼之口山洞。点燃了火把向上走，这里有个机关，推门边奇特的孤石，进去后还有一个连环机关，根据地下室那个机关的开或关来决定另一处门的开或关。过了这两道机关就进入了盖依的总部。一打听才知赛里欧斯国王来过后又走了，却没人知道他到哪里去了。在一个小盗贼口里打听到盖伊离开时曾和多雷库说过话。在总部左下方找到多雷库，起先他不肯说，经不住软磨硬打终于全盘托出：在地震之后，狼之口旁裂了一个洞，大家称为奈落口，多雷库的巡逻队曾在此处与怪物打过一仗。多雷库向盖依汇报后盖伊也常去那里散步。自从赛里欧斯来后盖伊也走了，说是到洞底世界中去了。盖伊走时在洞口处安放了毒蚊咒箱，以防洞中怪物出来。
洞底世界
亚德兰斯决定尾随盖伊进入洞底世界，多雷库先行一步关掉毒蚊咒箱，以防伤到众位。亚德兰斯赶到奈落口，在多雷库指引下进入洞中，并打死两个很像人类的怪物。
亚德兰斯一行人前行遇到一位老者，老者见众人到东边的瀑布处拿到战士之笛，才会告诉赛里欧斯的下落。没有办法，只能来到瀑布处。池中有吃人鱼，这种鱼会吐出气泡让人力量消失，队伍中一定要有人装备上闪电杖先破坏掉鱼的气泡。拿到战士之笛后，回到当初遇老者之处却不见老者，只好再去找老者。进入附近一个叫依修的村庄，看见怪物正欺负小孩，救下小孩后在依修村东北角的屋子里遇见原是老者现在是一位女孩的依西亚，她是村里反抗军的一员，带着众人一起去见反抗军的领袖里达。里达告诉他们这个地下世界名为法凯帝国，帝国中像里达这样不满于残暴的统治者的人组成了反抗军。前不久来过几个调查龙蛋的人，现在这几个人已经被囚在古洛斯城，而古洛斯城正门已经封锁，只能从一个叫非鲁的城镇想办法，至于什么办法要等他们的情报员回来才知。
在等待的机会中在这个地下世界中走一走，当亚德兰斯来到村北的一个山洞前，有个穿反抗军军服样的人影从他们面前一闪不见，不知是不是情报员回来了？回到里达的地下室。情报员证实赛里欧斯等人正被关在古洛斯城中。亚德兰斯随即与依西亚动身前往古洛斯城，但他们哪里跟得上依西亚，只见依西亚消失在北部那个洞口的深处。只能靠自己的力量去非鲁城了。
非鲁城
到了非鲁城，在城中多方打听得知左上方的水道可直通古洛斯城。在水道口发现依西亚也在那里，一起顺着水道直到古洛斯城，可是依西亚走得太快，又见不着了。亚德兰斯一不小心踏响了地板，警动了城中警卫，发现了依西亚，这次行动失败了，大家回到了依修城，这个水道也被封锁住了。亚德兰斯与里达商讨另寻入城的方法，里达说还可从依兹城入城，但依修城和依兹城之间的通道被一块巨石所挡，如果有炸药炸掉就好了。说着无意，听者有心，亚德兰斯想起海盗波亚特有大量炸药，想起父亲赛里欧斯是用陈年好酒去换炸药的，因此也需先找瓶好酒。想起非鲁城打听水道时曾有人谈起有个老人哈非是酿酒好手。再次赶到非鲁城找到哈非，哈非要亚德兰斯帮他找来菇王发酒，而菇王只生长在亚奈司塔中，塔内有警卫把守。亚德兰斯从亚奈司塔取得菇王，从哈非处得到好酒，与波亚特换得炸药，再回到依修村。
依兹城
因反抗军受皇帝军队的威胁，亚德兰斯只得自己来到依兹城，与城内左部的反抗军取得了联系，得知常有古洛斯来的人与镇长联系，在这个法凯帝国的地下世界中，村与村间都是相通的，但皇帝在交界处修起了堡垒尤依希城，没有通行证是不能进城的。依兹城的镇长也是一个从地面来的老头，这两天正在招人。亚德兰斯去找镇长，镇长却不在，在去尤依希城的途中碰上一群迷路的人，这些人正是依兹镇长聘用来的人，但却不知道依兹城该怎么走。亚德兰斯多方打听才得以到达尤依希城，但在这里打听不到什么消息。
亚德兰斯用天使之翼回到依兹城，来到镇长家。一进大门，守门人将亚德兰斯一行人当成那些迟迟未来的工人，管家妇爱里莎吩咐众人扫地，从她口中得知镇长入城去见警卫队长奈雷。正说着，镇长回来了。镇长要亚德兰斯将宝石关到古洛斯城，这颗宝石竟是依斯鲁哈世界的镇世之宝奇鲁莫亚之星。找到爱丽莎换上制服，却已没有多余的制服了，爱丽莎发现芙罗拉的衣服与制服相似，应该没有问题。因此来到尤依希城，让芙罗拉与士兵交谈之后进入尤依希城。入城后将宝石给奈雷队长，奈雷队长叫开了秘道门口守卫的士兵，亚德兰斯一行通过水道进入了古洛斯城内，顺着通道进入室内，闯过几道关卡，找到了赛里欧斯3人，打倒了正在拷问老英雄的达利斯。此时镇长也到了这里。
原来这镇长就是侠盗盖依。盖伊在龙蛋怪物事件发生后在散步时发现了奈落口山洞里是个地底世界，就打算把地面上的食物带到地下去卖，那时就和警卫队长打好了关系。前不久，他发现了奇鲁莫亚之星，知道这东西是赛里斯欧的，他打听到最近抓了3个不是地底世界的人，因此打算用奇鲁莫亚之星骗入城中，没有想到亚德兰斯会加入救人的行列。
鲁迪亚城
大家回到鲁迪亚城，忽闻龙蛋里跑出来的怪物越来越多了，经过商议，盖伊决定去找奈雷队长了解情况。亚德兰斯和辛蒂回到法凯帝国的依修村去找反抗军领袖里达，而芙罗拉和蓝特到拉努拉王国去找芙蕾依雅女神，大家约好在依兹村盖伊家会面。亚德兰斯找到里达，他对龙蛋一无所知，亚德兰斯只好到依修村集合，芙罗拉和蓝特已经到了，芙罗拉在圣域里发现前段时间失踪的芭芭拉，因此大家回到尤顿港的圣域找到芭芭拉，原来芭芭拉这段时间里一直在龙蛋里试图阻止怪物出现，但没有成功，龙蛋也不再受她的控制。她交给亚德兰斯龙之泪，让他们到龙蛋中亲自看一看。原来龙蛋中是一台时空传输机器，怪物正源源不断地不知从哪里冒出来。
依兹城
大家回到依兹城找到盖伊，盖伊打听到龙蛋里的怪物来自地底人，地底皇室里有人能用咒文制造怪物，此人正困在普洛斯收容所，找到这个人应该能够制止怪物的出现。盖伊还给大家一张奇贝通行证，可从尤依希城到达奇贝城，而普洛斯收容所就在奇贝城附近。
大家又来找里达，按里达告诉大家的话，亚德兰斯从依兹城西边渡过撒皮亚湖，穿过湖对岸的塔达到奇贝城，找到城左部反抗军分部，得知要去普洛斯收容所需要挖一条地道，听说原来为反抗军挖地道的莫凯搬到尤依希城的附近。大家在奇贝城和尤依希城接口处不远的地方找到了莫凯，但莫凯因挖地道连累了亲友而不再挖了，但他的徒弟沙米却受感动，主动去挖地道去了。
普洛斯收容所
亚德兰斯一行来到普洛斯收容所时，看到沙米挖的进度太慢了，这时莫凯来帮忙，不一会就进入收容所内，解决掉看门的哨兵，让辛蒂把门撞破，救出了反抗军义士和几个老者。这几个老者是芙蕾依雅女神的仆人，告诉亚德兰斯生活在地底世界的人原来也生活在地面上，他们是按女神的指示到地底下来，以避开阿古拉的惩罚的。怪物的出现是一长老的弟子弗拉所为，众长老教会亚德兰斯操纵龙蛋里开关的方法。在他们返回地面前遇到依西亚，她告诉亚德兰斯皇帝已经采取行动了，她让亚德兰斯回去关掉龙蛋，这里的事留给反抗军就行了。
亚德兰斯回到地面的世界，逐个关掉了龙蛋内工作的机器。
地下世界
依斯鲁哈迎来了又一个和平和胜利。当亚德兰斯将龙之泪还给芭芭拉时，芙罗拉的眼光停在龙之泪上，从龙之泪上看到了一件可怕的事情：法凯帝国的反抗军全被抓起来了，依修村也成了灰烬。亚德兰斯、芙罗拉、蓝特、辛蒂4人赶到依修村时，呈现在大家面前的已是一片废墟，其他村子的人也不怕和反抗军拉上关系，只打听到反抗军被送到培鲁看守所，连盖伊也被抓走了。众人来到尤依希城，被警卫认出，要抓他去看守所，亚德兰斯佯装同意，进了城后轻而易举地冲了出来，一直打到古洛斯城。在那里碰到制造这些事端的弗拉，弗拉说是奉皇帝之命行事，听了大家的劝告，他决定去找皇帝说个清楚。众人顺着弗拉的去向而去，看到皇帝又将弗拉骗过去，说要带弗拉看件东西，两人就一起消失了。当众人赶到已晚，却遇见了关不住的大盗侠盖伊，听盖伊说，皇帝已造出几件可怕的武器，这种武器一瞬间就把依修村给毁掉了。制造这些武器的人目前也关在培鲁看守所，大家决定去救这个人。
威鲁城
亚德兰斯经尤依希城到了城门紧闭的威鲁城，大家正准备离开，听到依西亚正告诉其他反抗军人员她要到奇贝城找人去培鲁看守所，说完就从地道走了。
奇贝城
亚德兰斯赶回奇贝城正好遇见依西亚，大家到分部密室里讨论了明天一早去培鲁看守所救人的方案。次日，亚德兰斯醒来时，依西亚已走了，大概是不想连累大家。亚德兰斯有心相助，却不知往培鲁看守所怎么走，问到一老妪时，她说依西亚不让她告诉暗道在何处，细心的亚德兰斯发现老妪家的床有移动的痕迹，原来暗道就在此。大家进了暗道，没多久就与一个叫卡隆兹姆的人打了起来，卡隆兹姆会用咒语在自己身前结成一道打不破的冰墙。
西利卡
亚德兰斯逃出来后，蓝特想起他家乡西利卡有个叫帝姆的老人懂得炽火咒，这种咒文应该可以破解。大家来到西利卡，找到帝姆老人，得知要破这种强力冰箭咒就需强力烈火咒。亚德兰斯将以前从怪物身上获得的烈火咒神杖给老者，让他在杖头上刻上强力烈火咒。回到奇贝城的暗道，用烈火咒神杖打败了卡隆兹姆。大家来到威鲁城时，得知依西亚已经去培鲁看守所救人。
培鲁看守所
再赶到培鲁城，得知依西亚已被捉住。在偷听卫兵的谈话时，打听到奈雷队长已背叛皇帝，但兵士对此种说法并不相信。因此大家四下里寻找奈雷，最后在奈沙僻地的试练洞窟中找到奈雷。在奈雷的帮助下，骗开了培鲁看守所的大门，冲进去干掉两名守卫，取得钥匙，救出依西亚以及被关的反抗军和那几位神的贤者。
普洛斯看守所
得救的依西亚找到一长老留下的信，信中谈到皇帝造好的3种强力武器，并打算将会造这些武器的长老押到普洛斯收容所处死。大家飞快赶到普洛斯收容所，在刽子手下手前击败狄更斯，救出了5位长老。
古洛斯城
在约书亚长老等人的帮助下，利用普洛斯收容所缴来的终极武器改成激光炮，打开了古洛斯城的大门，这时赛里欧斯、艾利欧、盖伊等人也来助战。赛里欧斯告诉发明家哈里已经把龙系列的武器造好，不过这并不是最后能打败法凯皇帝的武器。
在古洛斯城的主馆中有电磁波挡路，必须通过别馆关掉电源。亚德兰斯用天使之翼来到城门口，从别馆一楼左上角的阶梯上去，在二楼左边的阶梯上见到盖依三世，得到银板，进入红色门，将二楼右边的能量转换炉关掉，解除了挡路的电磁波。
回到主馆中进入库尼卡的房间，在通往皇帝房间的途中遇到正在战斗的赛里欧斯，他要亚德兰斯去找巴斯农城的哈利拿强力的兵器。来到王宫顶楼，哈利让亚德兰斯去找卡乌鲁村的约翰。在卡乌鲁村从约翰那里买到可以制作武器的龙之布。
回到战场，一位反抗军告诉亚德兰斯他们曾碰到怪物加比，亚德兰斯利用战士之笛与挡在前面的怪物加比打了起来，这时依西亚送来太阳圣剑。战胜加比后才知道他居然是依西亚的父亲。
在找到皇帝之前，辛蒂中了暗算，掉入陷阱，见到了皇帝的真面目，他就是哥德恩二世。在一场恶战后，辛蒂恢复原形，它就是父王赛里欧斯所乘坐的白龙。在白龙的助战下，亚德兰斯打败了法凯皇帝。但皇帝不会那么轻易地死去，最后亚德兰斯用太阳圣剑毁灭了黑暗。
历经万难，亚德兰斯也成了法雷国的英雄，人们又恢复了幸福的生活，芙蕾依雅女神保佑着热爱和平的人们。
