第五关：印尼生物提炼厂
地点：印尼恐怖组织营地
时间：2006年4月12日13时12分
Soth成功的研制出一种威力强大的天花病毒，印尼的恐怖组织正在使用这种病毒制造生化武器。Sadono制定了反美报复计划“明日潘多拉”，一旦他的生命受到威胁，会立即发布恐怖袭击的指令，手下会散布出这种瘟疫病毒。Fisher赶到位于印尼的一片热带丛林中，希望在恐怖组织的秘密基地找到“明日潘多拉”计划的实施地点，寻找病毒的储藏位置。
沿山路前行与崖边的Shetland谈话，然后用绳索顺下山崖，沿草丛摸过去找到营地的入口，站到阴影里潜入营地解决掉帐篷附近的两名哨兵，沿着小路朝东南方向的草地摸去。草丛中有两名说话的守卫，稍后一名守卫安置地雷，被意外爆炸的地雷炸死，剩下的守卫跟上去杀掉。沿山谷往东南方向走，途中会遇到五六颗绊雷，小心地解除掉，沿路的守卫利用草丛的掩护很容易下手。
由山谷的东南端往北走，找到Sadono的私人飞机库，里面有两名守卫看守，进去后往左上竖梯关掉墙上的电闸，跳下去摸黑暗杀掉两名守卫，在飞机上安置炸药，稍后一名守卫由后门冲进来，杀掉他后穿出飞机库来到篱笆院落。往前进入警卫室杀掉守卫，用桌上的开关升起横杆。
沿小路往东方行去，不远处有一名守卫和一只猎犬，将猎犬引到暗处杀掉，再将守卫解决。前面是一处帐篷营地，等两名守卫谈话后穿出帐篷杀掉门口的，然后爬上岗楼杀上面的哨兵，顺着岗楼上面的电线滑落到前方的村庄。
地点：印尼丛林中的村庄
时间：2006年4月12日16时23分
在小村的街道发现Sadono和几名守卫的身影，他交待几句就进入小屋去了，附近有三名巡逻的守卫，先将右边走动的杀掉，沿着小屋平台下面的通道穿出去是一个小院，这时收到Lambert的通讯，说要跟踪Sadono进入地下提炼厂，须窃听到一串通行密码，密码每天都会改动，由Sadono口头传达给基地的心腹随从。
穿出房间跟着他们的身影走过去，不远处是一座竹楼，进去上楼梯拿到药包，然后下来穿出院落和一间小屋来到一处戒备森严的院落，在院落一角有一盏大灯照在墙上，先将大灯射灭，然后摸到墙边顺铁管爬到二层的通道，沿平台绕过去进入前方的主楼二层，箱子上有一部摄像机(Sticky Camera) ，当院落里Sadono与手下对话时使用来复枪将窃听器(Sticky Cam)发射出去偷录他们的谈话，然后跳下去杀掉两名守卫，由车库的竖井爬下去。
地点：印尼，Kundang提炼厂
时间：2006年4月12日17时35分
由竖井爬到一间地下仓库，先解决平台上的守卫，然后跳下去利用柱子避开另一名守卫的目光，在屋角找到门出去。上楼梯是一个生物提炼车间，里面有两名守卫和三名工人，将梯口墙上的电闸关掉，一名守卫过来察看，趁机由背后打倒他。另一名趁他转过身往回走再下手，至于惊慌的工人不予理会。下面是两个房间，先将外面的机器开动，引仓库里的守卫出来杀掉，里面的另一名可利用货架的掩护下手。与屋里的Arifin谈话，得知有关Stanley Nakariakov的信息，然后用密码“0623”开门出去，由竖梯爬到下层房间里。
穿出屋子到小巷，前面的大房子是一间练靶室，外面的小巷上有守卫和自动枪塔，不能由正门进去。往左边的墙上找到铁管爬上去，过一块木板来到练靶室的屋顶，找到天窗爬下去抓住下面的横杆，沿着横杆爬到房间到未端跳落地面，打倒练拳的家伙由后门穿出去。
前面就是Sadono所居住别墅的院子，正门前有名守卫，利用地上的阴影避开他潜到正门前，将那座枪塔解除掉，往左进入警卫室，穿出警卫室的门来到院子的内部，这里有很多的军用物资，将里面的两名守卫开枪杀掉，然后用密码“1492”进入别墅。
沿走廊右行可看到Sadono，由窗户闪过去将走廊上的电闸关掉，等他出屋由窗户跳入房间，调查书桌上的电脑，得知他的指令曾发往一艘潜艇，接下来要从这所别墅的后门撤离。沿走廊绕过去找到后门，在开门前将闪光弹或手雷拿到手里，开门后数道手电照在身上，主角只有举手投降，这时马上将手中的家伙扔出去并闪到一旁，等爆炸声过迅速冲出门外，趁敌人慌乱之际跑到崖边找到接应的飞机。
