第六关：印尼造船所
地点：印尼村寨
时间：2006年4月18日5时24分
根据从Sadono的住所调查资料，“明日潘多拉” 密令电话曾打往印尼一处造船所的山洞里，在海水深处潜藏的一艘潜艇上，Fisher的任务是进入潜艇的作战指挥室跟踪电话的去向，以找到病毒武器的最终藏匿地。
在开始的草丛中解决掉附近的守卫，前方篱墙的外面两侧各有一间废屋，左边的屋子直接通到篱墙另一侧，不过被岗楼的狙击手看死。右边的屋子里有自动枪塔和地雷，是狙击手看不到的地方，因此应先往右侧突破。将枪塔解除后沿小巷走过去，解除掉路上的绊雷，再穿出一间废屋来到院子里。诱杀院里的两名守卫，紧帖着篱墙往南走进入屋子，穿出去是一条小村的街道，一名守卫背对坐在桌子前，等另一名守卫离开，往右穿过屋子来到街道的另一端。
跑到街道南侧找到一条窄小的胡同，蹬墙攀上去爬入一间仓库里，跳下平台由底部的墙洞钻出去，院子里的守卫正在练枪打靶，等他打累了休息的时候干掉，进入南边的屋子要小心了，戴上热像仪可看到空中移动的三条感应光线，小心的避过去到屋子最里端，由地上的竖梯爬下去，在下面找到一部电梯来到潜艇的控制室区域。
走廊上有名巡逻的守卫，先往右边的屋子找弹药和药包，然后在走廊左侧墙上拉下电闸，等守卫过来开灯由背后痛下杀掉。在控制室的门口的电脑桌后还有一名守卫，吹口哨引到走廊杀掉。进入控制室将里面的一名技师挟持，命令他将水洞中的潜艇升上水面，这里的操作要按住空格键同时用方向键选“Use Computer”，等潜艇浮上水面再将他敲昏，然后由走廊尽头的铁门出去。 地点：造船厂潜水艇内部
时间：2006年4月18日5时57分
来到水洞的天桥上，山洞两侧的平台上分布着四五名敌兵，沿天桥杀掉一名守卫后往右边绕过去找到一部缆车，先将缆车顶部的灯打灭，再启动它跳上去。随着缆车的行进两侧平台的守卫开始射击，由于缆车里的灯被熄掉他们的命中率不高，主角可根据手电的光亮来判断他们的位置，或者戴上热像仪来射击。缆车开到尽头走出去，杀掉平台和石室里的敌兵，进入石室沿楼梯下去，登上潜艇由舱门爬到潜艇内部。
爬下两道竖梯来到餐厅的门口，闪到门的另一侧将电闸关掉，里面的敌人会走出来察看，由背后将他击倒。穿出餐厅沿走廊前行，进入右侧的门躲到屋角里，不久走廊里踱出来一名士兵，由背后挟持他进入走廊，逼迫他扫描视网膜打开作战指挥中心的铁门，然后将他打倒藏好。进入指挥中心里面有两名敌人，其中一名会走出去，将剩下的一名解决后到里面的房间调查电脑，确认有5名军火商收到过Sadono的电话，并订购了一定数量的生化物器。
回到走廊到尽头，在下一个圆形舱房里找竖梯爬出潜艇，沿天桥到达水洞的另一侧楼梯，下去后会受到岸边三四名敌兵的狙击，这时要用枪射击岸边的数只油桶炸死他们，最后跑到岸尽头找到橡皮艇跳上去。
