Chapter 0：Reminiscence（回忆）
开始屏幕上显示“在Curien官邸事件20年后”，然后听到急促的喘气声，还有Rogan“快跑”的喊声。这时，那个不幸的人被一只丧尸咬到了后脖子，倒地流血而死。
Rogan：可恶！我们来对付他们吧！
Taylor（突击小队的一个队员）：是！
于是你（Rogan，1P）就开始了与丧尸的第一次正面交锋了。注意，无论1P还是2P，枪都是自动上弹的，但是在上弹的一小段时间内你无法攻击，所以请把握好上弹时间，对丧尸尽量爆头。尤其注意在乘上电梯后要上满子弹，因为一会一开门就会有两个离你近的不能再近的丧尸，马上扫射。然后再走一会，你就可以进入命运之轮的客房了。这时，Taylor突然被打倒在地。
Rogan：可恶！
没想到命运之轮身边竟然有个跟班的警卫Death。这时，他又挥棒将Rogan打向墙角。Rogan被打昏，等他醒来时发现一个穿着黑色长裤的人正向他走来。
Rogan：你是……你是……？
（每关前都有一个开场和结尾）
第一关开场：
在Curien官邸事件的几年前的一天，Curien望着患有不治之症而躺在床上儿子Daniel说：
Curien：我亲爱的Daniel，无论那些医生说什么，我都永远不会放弃。如果能拯救你的生命，我情愿走入被禁止的领域。
Chapter 1：Chasing Shadows（追逐幻影）
屏幕显示：两周后。
这时一辆旧的不能再旧的吉普车开了过来并停在了工厂旁边，里面走出了G和Rogan的女儿Lisa。
G：我们与Rogan失去联系已经两周了，我们不能再等了。Lisa，准备好了吗？
Lisa：我已向母亲保证要将父亲带回家。我们走吧，G。
之后你就要选择路线，一是走大门入口，二是走停车场。不过无论你走哪条路，你都会碰见Death。开始都是一样的，等你走到一辆车跟前，音乐骤变，Death气势汹汹地从地下钻了出来。
BOSS说明：
型号：0011
名称：Death（死神，这是塔罗牌的翻译）
描述：一个巨人警卫，手中拿着一个巨大的警棍，警棍上布满了头骨
弱点：头部
注意，《死亡之屋3》中BOSS的攻击不是一枪就能击退的。在BOSS的绿色的血槽的下方有一个橘黄色的攻击槽，你要攻击BOSS的弱点，将攻击槽内打空，这样他才不会攻击你。如果没有打空，那就惨了，“嘿嘿，吃俺Death一棒！”。打攻击槽的同时BOSS也在掉血。对于Death我可没什么说的，就看你打的准不准了。他的攻击槽6枪就可以打没，不过由于他总是用棒子来回挥舞，所以你要多打几枪。每当把他的攻击槽打没后，他就会停下来不再追你。这时你就要打那些小兵。打完小兵后再继续打Death。这么打了几个回合后，你就和G一起进入了一扇门里，门正好关上，Death打不进来了。
G：拜拜！现在有位先生正在叫门，我们去叫下Rogan.
第一关结尾：
G：还好吧，Lisa？
Lisa：是…就是有点惊讶…我父亲总是要完成这样的任务吗？
G：谁能知道你父亲和我有多少次死里逃生。
第二关开场：
Curien：Daniel，我找到他了！它可以使生与死不再有区别！从今以后你将不再惧怕任何东西，哪怕是死亡！
Chapter 2：Bewilderment（混乱）
Lisa：G，这个世界发生了什么事？
G：1998年，Curien官邸事件，一个对全人类的威胁。尽管，你父亲和我阻止了它…
你要选择路径，有三个可选：EFI Geneone Ward； L3 BIO Plant； Information Systems Dept. West Wing。在下一关你将根据现在选择的路径来继续选择.
注意，结局分支是由路径决定的，但无论你选择哪个路径，你都将面对要出场的BOSS，所以我按默认顺序介绍BOSS，第一关：Death（Entrance）；第二关：Fool（EFI Genome Ward）；第三关：Sun（L2 BIO Plant）；第四关：Death（Information Systems Dept. West Wing）；第五关：Wheel of Fate
解决这一关的杂兵后，你将来到一个圆形广场上。
Lisa：（捂着鼻子说）这是什么味道？
突然，一具尸体从天而降，把Lisa吓了一跳。
Lisa：噢！一个人！
看着这么多倒挂的尸体，G说
G：这是什么地方？某种喂食场？
这时，环形门突然关上，两人被困在这里，Fool正在向他们爬来。
G：我们被困了！它来了！做好准备，Lisa！
BOSS说明：
型号：0028
名称：Fool（愚者）
描述：一只巨大的树獭，吃人成性，手脚长有利爪
弱点：四爪
开始他以刘翔的速度向你跑来，这时屏幕将给你提示告诉你要打哪个爪子，照屏幕说的去做即可。注意，一定要打废它的爪子，六枪即可，如果没中就再补几枪。然后他又向你扑来，继续打吧。打完后，他就会反方向用前爪攀缘向你爬来，速度很快。这时屏幕提示你打后爪（或者是前爪），照办就是了。这么持续几回，他就的歇着了。
然后他猛烈摇晃广场的铁丝墙壁，天上会有很多看贴不回的人掉下来（这句话的原作者是千年笋）。建议你将屏幕调亮点，然后看准这些败类，用子弹教训教训他们，告戒他们以后看贴要回。
之后他重复前两讲（百家讲坛）的攻击，被打退后，他就停一下，然后举起右前爪向你越过来。注意：他停顿的时候千万要上满子弹，等他跃过来时，六枪将他的攻击解决掉。之后他抓住另外的铁丝，这时他的身体也成了弱点。猛烈进攻！建议打12枪，然后上子弹，效果最好。再重复1至2 次刚才说的之后，这个吃人成性的家伙就从广场中心掉了下去。
Lisa：吃够了吗？
第二关结尾
Lisa：你和我父亲组织了Curien是吗？
G：可是似乎有人在继承Curien的遗产…
第三关开场：
Curien（有些懊丧）：我违背了人类的道德准则了吗？大部分的研究者都离开了我。
Chapter 3：Sensory Chaos（感知错乱）
一开始G和Lisa下了电梯。
G：你觉得你父亲怎么样？
Lisa：我不知道。父亲总是把工作放在家庭前面。我几乎没有他与我和母亲相处的记忆。
G：噢，他可够严厉的。
Lisa：那么你期望什么呢？他总是使我们担心！（生气地）我真想为母亲打他一个耳光！
这一关总体来说像丛林，有触手，有“植物人”，等Lisa和G打开一扇门后，就发现了这里最大的植物——“Sun”。
Lisa：我们终于出来了，（看到了Sun）但是，那个鬼东西是什么？
G：（看到有触手袭来）小心，Lisa，这边走。
Lisa：我刚才还不想惹这朵花…
BOSS说明：
型号：8830
名称：Sun（太阳）
描述：一株巨大的长有很多尖利触手的树，树上有3多大花，花下有一圈人头
弱点：触手，花，人头，花中伸出的怪物的头
一开始它不会打你，这时可以打它（虽然不费血），之后它的触手就伸了过来。有3种方式：一是从正面过来，二是从侧面过来，前两种无论哪个方向，你都要看准后拼命攻击它的触手，直到攻击槽打没为止，不然的话你就要闻闻花香了。三是从地下伸过来，触手在地下时不用打，等它一出来就马上给一枪，一枪即可消灭它的进攻。一段时间后，它改变策略，准备用花来攻击你。
镜头转移到花上，花有两种攻击方式，一是往天上吐籽，这个好办，一枪一个即可。二是伸出头来攻击，注意它会伸到你面前停一会，这时千万要扫射，将攻击槽打没，否则它会向你的脸上吐痰。这么磨几回后，Sun的花，茎全部脱落，枯萎了。
Lisa：（得意地说）我养花从来都很差！
然后你和G来到一扇触手交叉的门前。
Lisa：看起来如果我们开枪它们会开。
之后你就要走下面的路了，直到通关。
第三关结尾：
G：你的父亲总能鼓励你吗？
Lisa：我只知道如果他在这里，他就会说，“相信你自己，Lisa”。他总是一次又一次地说同样的话，我早已厌烦了！
第四关开场：
Curien：我找到它了，Daniel！这些基因将会改变未来！“魔法师”和“命运之轮”！
Chapter 4：Ultimate Challenge（无限挑战）
G和Lisa下了电梯，精明的G发现有很多红光。
G：Lisa，等等！
可是来不及了，卤莽的Lisa已经穿过了红光，警报响起，一道道门关了下来。
G：这边走，Lisa。
这时，突然有一只警棍抵在了门的下面，原来是Death！
Lisa：G，看那边！
G：即使是Rogan也没有这样固执。
(BOSS说明同前)
这家伙的确够缠人！整个一关都在与他打追逐战。不过还好，那个家伙只长块不长脑，唯一要注意的是在他撞墙时，要在空隙时拼命攻击他的头部。之后再跟一些杂兵玩一会，就把Death送上西天吧。
Lisa：（看着Death倒下）当一位女士说“不”时，她可是认真的！
第四关结尾：
Lisa：我很抱歉，我应该更早地体谅我的父亲……
（第五关没有开场）
Chapter 5：Wheel of Fate（命运之轮）
终于，Lisa和G来到了真相的所在地（就是在Chapter 0中Rogan所在的地方）。
G：这里看起来有些不同了，我们在接近…
Lisa：在我找到父亲之前我决不会放弃！
然后就又是杂兵时刻，过了一会，你和G来到一个上锁的门前。G踹开了门，终于见到了Rogan。
G：在这里！
Lisa：（跑去拥抱父亲）父亲，我就知道你还活着！
这时，Daniel走进来，警觉的G举起了枪。
Rogan：等等，G。这也许难以置信，但他就是救了我的人！
Daniel：G先生，我是Curien的儿子，相信你们对我的父亲很熟悉。
Rogan：他是唯一能够阻止这场灾难的人！我必须去…
Lisa：不，父亲，你受伤了！我去吧。G，请你照顾我的父亲。
Rogan：好，（对Daniel说）我把装备都给了你。（对Lisa说）无论发生什么事，你要记住，相信你自己，Lisa。
Lisa：“相信你自己”，我今天终于明白了它的真正含义！
于是，Lisa和Daniel走了出去
Daniel：（自言自语地）可恶的命运之轮，你等着吧！
你们向真相进发，但途中却遇到一个实力非凡的丧尸（就是一开始被咬死的那位），你要注
意，要对他拼命的打，不管他倒没倒下。干掉他后，其他的杂兵就好解决了。你和Daniel顺利来到命运之轮的客房。
Lisa：这是…
Daniel：这是我父亲留下的最后一样东西了。我花了19年时间看着它邪恶的成长。我知道它很危险，我一直都知道，命运之轮必须被摧毁。
Lisa：但是，要怎么做？
Daniel：我已经成功使程序返回，这将给我们需要的突破口。
Lisa：我只是想问，你确信你要和你自己的父亲战斗吗？
Daniel：未来是属于现在活着的人们的，我已经准备好用我的余生来赎我父亲的罪行。
Lisa：好吧，我们要相信我们自己！
这时，命运之轮终于破坏玻璃罩而出世。
Wheel of Fate：我…是…Curien。我将摧毁一切，然后重塑一切！
一场恶战拉开了帷幕。
BOSS说明：
型号：0000
名称：Wheel of Fate（命运之轮）
描述：一个全身有金属光泽的人，外面环绕着一个轮子
弱点：无法分析（胸前的能量圆牌）
命运之轮的招式顺序是变化的，所以一个一个说。注意，每两招切换时，命运之轮都会抽签。此时你要做好准备工作。
附录：
命运之轮抽签：命运之轮在两招切换时会抽签，这时轮子周围出现一个大轮，大轮分成八个小块，然后轮子上出现一道闪电。命运之轮就转动闪电，闪电停在哪一块上，他就采取相应的攻击，并且身体随之变色（也可能不变）。在前四招时他会变成银，红，蓝三种颜色不等，第五招时将变成金色。
第一招：命运之轮飞电
他会飞到几个固定地点，然后轮子绕上身转，双手向前，发射很多飞电。飞电是分别向你的左，右方向袭击。在飞电没有接近时，你要扫射他的弱点，等飞电接近后，再去打飞电。不过一旦你打飞电，就很难再攻击他的弱点。这样打两三个回合，他就回去抽签了。
第二招：急速命运之轮
他将轮子转的飞快，然后满地乱跑，最后撞你，在他乱跑时，你要扫射他的弱点，能打几次就打几次。等他撞你时，就要瞄准他的弱点不顾一切的扫射，即可击退他的进攻。两三回后，他就要抽签了。
第三招：命运之轮冲撞
轮子先飞到两个地方停一下，这时不要去打（打也没用）。最后停在一个固定位置，积蓄能量向你正面撞来。这时，要停一瞬间再打，9枪可击退。千万不要提前打，否则他会在你上子弹的空隙时间撞你。两回合后，就又抽签了。
第四招：命运之轮光球
轮子会飞来飞去，然后他双手一举，轮子上顿时出现了N个光球向你开炮。注意：光球速度很快，一旦光球冲了过来，就马上先打光球，打完光球后，在命运之轮准备发第二批光球时疯狂攻击他的弱点。这一招时间比较长，但只要你稳稳地把光球打没，就没事了。之后他就要抽最后的签了。
第五招：命运之轮雷暴
这次连抽签的方式都有些不同。这次是闪电转，大轮也转。最后闪电停下，大轮变成一个椭圆，随后消失，同时命运之轮变成金色。之后，他两手收拢积蓄力量，轮子周围堆积了一圈蓝光。最后他两手一举，蓝光变成闪电飞了出去。在他积蓄力量时你要不停地打他。等闪电飞了之后就要打闪电。注意：千万不要扫射！要看准一个打一个，因为闪电会看的你眼花缭乱。哪个光点近就先打哪个，这样才能解决。之后再打两三个回合，命运之轮终于被击败。他的轮子掉了下来，他的身体升向空中。
Wheel of Fate：这…就是你们人类想要的世界吗？这个世界已经人口超载了。即使是你们…也要意识到这些！Daniel，你…需要…我…
Lisa：这是我们的未来，我们要自己把握！你现在应该担心更大的麻烦！
Daniel：你不是我的父亲！
说罢，两声枪响，命运之轮的身体在一声巨响中化为碎片。
Daniel：我不再被过去羁绊了，我正开始向我的未来前进。
Lisa：嘿，我们走吧！他们正等着我们呢！
结尾（无论结局如何，这个结尾都会出现）：
Rogan和G走出了这个工厂，这时已经满天繁星。
Rogan：谢谢你照顾了Lisa。其实，她也很好的照顾了自己。
G：但是Rogan，你认为这将改变些什么吗？
Rogan：这是他们的未来！（望着满天的繁星）也许什么都不会改变……也许一切都将改变…...我们已经完成了我们的任
务，剩下的就是他们的了。相信他们自己，让他们走他们的路。
G：“相信他们自己”，呵，Lisa说话开始越来越像你了。
Rogan：哈哈，等一下，你是在开玩笑吧。我猜事情已经开始变化了。
结局：
结局一（需要按照以下路线走并且打出低分）：
路线Entrance → L3 BIO Plant → Information System Dept. East Wing → EFI Genome Ward
神秘人出现，将一个装有病毒的试管拿走。说：“看来他还不知道它的真正目的……。”
结局二（需要按照以下路线走并且打出低分）：
路线Entrance → EFI Genome Ward → L2 BIO Plant → Information System Dept. West Wing
Daniel和Lisa走了出去，可是Daniel却说了一些很奇怪的话。Lisa回头，发现Daniel竟然已经尸变。Daniel扑了过来，Lisa一声尖叫……
结局三（需要按照以下路线走并且打出低分）：
路线Entrance → EFI Genome Ward → Information System Dept. West Wing → L2 BIO Plant
Lisa的车突然开动，Lisa以为是父亲，却发现父亲和G正站在背后。原来是一只丧尸将Lisa的车开走。Lisa在后面一边追一边骂。
结局四（普通结局，无须打出低分）：
Daniel和Lisa离开了这里，Daniel向这个工厂和父亲告别，并立志造福人类。
