第二章：Defend of Ark(方舟保卫战）
剧情CG：长久的内战，塞伯坦的人口大量减少，并且使得星球的核心停止了工作，失去了赋予机器生命与能源的能力。大部分机器人不得不抛弃自己的家园，希望在宇宙中找到一个能开始新的生活的星球。我是擎天柱，汽车人的首领。我不知道有多少兄弟在威震天的封锁中失去了生命，又有多少人活了下来。我只知道，我们只剩下一艘飞船了。
任务流程：首先是擎天柱的一段内心的独白，看过电影和动漫的朋友听到这段话或许会有所感触。飞船只剩下一部，承载着汽车人最后的希望，他们降落在一个荒芜的星球上，正在对被袭击破坏的方舟进行修复工作。然而此时，狂派机器人开始对他们展开了新一轮的攻击。而他们的目标，正是钢索。
擎天柱意识到他们的目标是方舟，而且此时与救护车失去了联系。预感事情不妙的他迅速变为了汽车驶向临时基地。一路只需要狂奔就足够了，到进入基地前，会有一个山坡。在这里要进行一次小规模的对战，大约有8只敌人，山下有三个，其中有一个会不停地投掷手雷，注意避开，中了手雷的感觉可不好受。还有两个机器人要等擎天柱到山下的时候才会从山上追击过来。火力狠猛，注意使用掩体进行反击。简单模式也可以采用比较帅气的近战将其解决，战斗不是很难，就是有时候被对手放冷箭很不爽。
回到基地才知道，没有钢索，普通的汽车人被威震天带人直接进行了碾压。许多战士受伤。得知钢索离开了他的岗位后，擎天柱决定去寻找钢索。在基地里有专门强化的仪器。现在由于没多少战斗，所持有的金钱很少。目前只适合为自己更换基础武器与重武器。一轮准备后，开门迎敌。这也是游戏的第一次大规模战斗。首先是与三个AI队友一起与庭院中的敌人进行激情对射，然后需要一段时间开另外一扇门，此时有飞船和对方机器人的支援。利用固定武器将飞船击落，然后消灭增援来的第二批敌人，顺利开门，进入下一场景。
在这个场景里，大部分任务是为机器充能。即搜集能量块然后填充到机器中去，另外在一个拿着Ipad玩的样子的机器人对面有个能量仓，打开可以获得道具。战斗也变得频繁了起来。收到影像资料，得知出现了一种名为Leaper的战斗机器人，这种机器人攻击力很强，并且胸前装备了超强护甲。必须等到Leaper发动攻击然后等他攻击冷却的时间从背后对其进行致命一击。出门就是第一次遇到这种机器人，练练手感。这种机器少的时候还是很好对付的，但是多了的话会非常头疼的。
接下来会进行第一轮的小BOSS战，可以通过Q键调出导弹，空格锁定发射直接秒杀。倒是杂兵比较麻烦，人太多，清兵要一定时间。清完兵，进入中央***，用导弹与重武器配合将中央***企图占领中子炮的狂派机器人清理干净。将能量导入中子炮并且取得中子炮的使用权，占领中子炮之后，游戏变成塔防类型。狂派机器人，坦克，还有战斗机会不断地对能量工厂发动攻击，优先解决坦克和飞机，机器人一炮基本可以轰光。
之后是剧情动画，中子炮能量耗尽，并且下楼的楼道口自动关闭。随着剧情前进，擎天柱来到城市的核心，“特大都市”猛大帅正式登场。
第二章到此结束。
