普通战斗
典型的RPG游戏方式，选项包括攻击，魔法（符文），物品等。玩家能够获得经验，物品或金钱。队伍中最多可有六人参战，可自由调整位置（但一些动物加入队伍，等同两个人）。角色武器分为三类L,S,M，其中拥有S型武器角色若位置在後排而不能攻击。队伍中某些人物组合可作出协力技，合力攻击敌人，如主人公和乔伊的幼驯染攻击,主人公与奈奈美的姊弟攻击等。纹章（魔法）
角色必须寄缩纹章，方能使用魔法。每个人物最多可附宿三个纹章，分别是额头及左右手。根据每个角色的魔法攻击力高低，不同的纹章可产生不同的技能和魔法。以风之纹章为例，当人物的魔法数值高时，便会出现四项能力，可以攻击敌人或为队员回复生命值。要留意，纹章不是可以无限使用的。必须去宿屋休息，才能回复。部份纹章有一定的相克，如果敌人是暗黑属性的，使用风之纹章、破魔纹章等，敌人的损伤更大。五行纹章有不同的组合，配合得当，将是强力的攻击。单骑系统
即主人公与敌人一对一的决斗。指令有攻击、防御、舍身攻击三种。舍身攻击破攻击,攻击破防御,防御破舍身攻击。每次对手出招前会说一句话来暗示他要出什么招．在剧情中失败，则会结束游戏。战争系统
传统的设定依然存在，骑兵克弓箭手，弓箭手克魔法和魔法克骑兵。主人公必须在战场上打败敌人，才能继续游戏。指令有移动、攻击、使用、待命数种。某些特殊人物，可透过纹章来攻击敌方或为本方回复生命值。敌我双方，只要所防守之地被攻入，该战役归入侵者胜出。与前作一样，战争的结局都是由情节决定．另外战争中有可能会出现己方角色被追杀致死的情形，而影响完美结局的达成．
音效
出色的音乐BGM是幻想水浒传系列的特色，科乐美游戏音乐制作团队强大的创作实力亦是吸引玩家或非玩家注意的原因。本代的音乐制作主要由东野美纪和难波弘之创作，数量上是前代的一倍，幻想水浒传系列一路延用的曲目「回想」正是首次出现在本代，丰富的剧情加上精彩的音乐，令玩家深深陶醉当中。本代部份乐曲亦首次采用真人演唱。
