第二章 艾路德愤怒的复仇
玛洛卡岛
画面回到16年前的玛卡洛岛，勇士森克拉德和年轻的剑士佛雷一起在追杀俄喷则，在山洞中，俄喷则抱着一个婴儿，这就是后来的西斯。俄喷则称西斯掌握着毁灭世界的恶魔钥匙，同时拥有拯救世界的天使钥匙，他可以决定人类未来的命运。森克拉德想杀死这个孩子，但被没有孩子的佛雷夫妻的恳求所感动，放过了西斯，但他提出两个条件：
1.在20岁之前绝对不能杀生
2.永远不可以让他学会魔法
否则世界的完结就会来临……
然而从第一章中我们已经得知西斯已经违背这两个条件，似乎世界的毁灭不可避免了……
提亚提拉
时间又回到16年后的提亚提拉，昏迷的艾路德过了2个月13天终于清醒过来，多亏梅丽雅才勉强救回了一条命，可是他的一切都已经被弟弟雷各兰尺夺走，家人除了苏逃出来外都被杀害。苏交待了艾路德昏迷两个月时发生了事情。雷各兰尺发动政变，反对的人大多被杀害，旧执政党人士与由碧如嘉莫和提亚提拉为中心的夹克德莫雷的野势力勾结，组成了伯里色洛那军人组织对抗雷各兰尺的政府军，苏也加入了该组织。当艾路德发现自己失去了一只耳朵，半边脸被毁，一向高傲自负的他一时无法接受这一切，大吵大闹。而原来有点令人讨厌的梅丽雅却剪去了双辨，摇身一变成了一个端庄朴实的短发少女，真所谓女大十八变。而深受打击的艾路德则把心中的怒火怨气发泄在梅丽雅身上，对她的态度非常恶劣，但梅丽雅仍然坚持忍受着艾路德的虐待，默默地跟随着艾路德。
一段时间后，伯里色洛那的首领夹克德莫雷邀请艾路德共同对抗雷各兰尺的政府军，恢复共和国的和平和自由，艾路德为了要亲自杀死弟弟，答应了以独立的骑士资格加入伯里色洛那军队完成他的目标。接着夹克德莫雷介绍一位同伴给艾路德，居然是在第一章寻找达兰特过程中屡次与大家作对的帝国军官库斯，他原来是夹克老头派往帝国的卧底，由于帝国局势已经安定，库斯不得不返回伯里色洛那。
把拉
画面来到把拉教堂，西斯的肉体平放在祭台上，红衣教主避幽轮·龙斯特乐出现，开始进行神秘的仪式……
第二章一开始与第一章相似，可以选择以尼布甲尼撒-西斯篇还是提亚提拉-艾路德篇开始。
先讲西斯篇
尼布甲尼撒
年迈的勇士森克拉德和一个被称为教主的少女带领一伙人出现在废弃的坟墓前，寻找在墓地洞穴附近的杀人恶魔，长大的西斯就是这个恶魔，伤害了不少士兵。现在的他像个发疯的野人，森克拉德制止住他后，众人抬着受伤士兵进去洞穴。原来皇帝墓倒塌后，西斯分化成两部分，神圣纯洁的肉体被龙斯特乐一伙找到，而邪恶的灵魂则是现在的西斯，失去了记忆。为了保护西斯不被敌人找到，森德拉克和少女瞬间移动到安全地带的特然垂勒。
特然趋勒
来到熟悉的特然趋勒，森克拉德告诉西斯，他是依靠项链恢复了点意识，藉着短暂重生的魔法才是形成现在邪恶的肉体，否则西斯只是个怪兽。接着森克拉德介绍了西斯神秘的身世。
原来西斯拥有破坏之王大角星的力量，是神与魔的孩子，拥有善恶两种分身，经过那次沉重的打击，两个分身散开了。那伙抢得西斯善良肉体的人想利用纯洁的肉体进行邪恶的大计划，西斯如果不能找回自己的肉体将会变成怪物，使世界被恶魔侵略……为了让邪恶的西斯找回善良的理性，森克拉德拼尽了全力。格利特教少女教主艾·查拉勒斯达,对西斯悉心照顾。在两个人的帮助下，西斯只是勉强找回以前的记忆，但性情仍不稳定。最后，生命所剩时间不多的森克拉德冒险打开西斯的封印，将自己的力量传送给西斯，临终前他讲述了他的故事。
森克拉德和俄喷则都是一个会魔法的神秘人用布偶变成的布偶人类，他们称他为父亲。森克拉德他们和另外一个布偶娃娃帕欧娜联手偷走魔法并将变出了许多布偶人类，父亲知道后非常愤怒，甚至要杀了他们，森克拉德和俄喷则逃走来到人间。他们看到了人类世界的丑陋，他们希望拯救世界，但方法却不一样。俄喷则选择了要霸占世界，毁掉人类世界以达到和平的目的。而且俄喷则首先发现了神之子，他试图让神之子成为自己的部下以便与父亲决战，而森克拉德的任务就是把孩子抢回来杀掉，这就发生了先前森克拉德与俄喷则决战的一幕。森克拉德叹命运无奈，造成现在的状况似乎是注定的。他希望西斯和小艾一道阻止那些利用西斯肉体的大阴谋。说完，森克拉德离开了人世。
由于格利特教前任教主把圣火令其中一部分阿波斯达交给了已经背叛了的贝遏门，贝遏门与龙斯特乐勾结。为了寻找贝遏门，两人准备前往贝遏门在玛鹿捏的秘密集会地。
特然趋勒房子外有储存点和保管箱，先去储存，整理后回来组合魔法，一次组合两人都会学上。小艾一开始就掌握水系魔法，现在可以合成水系魔法了，冲击波，暴风雪，火柱，异次元空间最等实用魔法最好都学上，其他的随便。西斯和艾一起前往格利特教的秘密集会地点玛鹿捏。
玛鹿捏
一到玛鹿捏就遇到政府军官正通缉西斯，照片正是当年西斯在报社拍的写真集。玛鹿捏变得苍凉，水果肉店铺只剩下一堆堆残木，由于战乱，人烟稀少。然后前往旅店，秘密集会地点在旅馆2楼的壁炉后面，西斯和小艾将在那里集会的教徒打败后得到阿波斯达第1册，并从一残喘的教徒口中打听到贝遏门的行踪，前往萨尔迪斯。
途经把拉，昔日繁盛的圣都变成主教避幽轮·龙斯特乐统治的私人领地。西斯和小艾本想通过把拉前往萨尔迪斯，但在路口被卫兵拦下，由于没有身份证和通行费，所以无法通过。于是前往迪莫德大教堂，一阵工夫后，龙斯特乐说他的主人吩咐他在这等西斯的到来，并向他们展示了西斯神圣纯洁的肉体，这里要战斗两轮，先是四个手下，然后就是变成怪物的龙斯特乐，取胜后便可以得到通行证。但龙斯特乐带着西斯的肉体逃跑了。往萨尔迪斯路口的卫兵也会消失，省下一笔费用。
