《孤岛余生2》在公元2009年，你作为一名医生在一个未知的岛屿上进行科研活动。这里将发生什么事情呢？这和那个奇怪的梦又有什么联系？未来和过去的谜团，等待你来揭开！在游戏中，你可以打猎、钓鱼、种植、贸易、从事手工艺甚至学习魔法！ 在续作中，穿越时空回到孤岛的史前时代，这里充满了全新的秘密等待你去探索，而你这一次化身为部落中的一位少年，跟随部落离开村庄逃亡避难所，你必须找出这其中的原因，拯救自己的部落。
游戏中对应按键分别为： 上下左右分别为2，4，6，8。
同时你可以使用PAD键辅助移动，功能和数字键盘一样。
5键或者中间键为确定键，用于与人物对话或者进行活动。
如攻击或者拾取物品。
左软键: 打开行囊。
右软件: 打开游戏菜单
当你进入一个新的区域，游戏将自动保存。或者你也可以回到休息室，睡觉保存。
游戏界面介绍：
在NPC的头顶出现金色感叹号时，代表TA有任务给给你。
绿色感叹号，代表你已经完成TA的任务。
红色感叹号，代表你还未完成TA的任务。
常用物品介绍以及获得办法：
急救包（大，小），用于恢复生命，可有散落在各地的箱子得到，也可以购买 。
铁铲：码头的商人或者园丁处购买，用于挖掘白蚁巢穴得到鱼饵
来复枪：教授给与，用于配合飞镖使用，对付恐龙的利器。
斧头：教授给与，用于看到树木 得到时光穿梭机的燃料
锋利的斧头：后期可在码头商人处购买，用于劈开某些难缠的树木。
主线任务：
第一章
1.从梦中醒来，听到外面嘈杂的吵闹声。我迷迷糊糊走出休息间。想去看看外面发生了什么事。下楼梯看见我亲爱的格蕾丝，过去得到消息说吵闹声来自搬运一批货物。我很好奇，格蕾丝建议我去找索恩将军了解更多。我往北去。前往索恩将军的办公室。
2.来到索恩的办公室。索恩要我去【西边的码头】接收货物，经过一番争吵。我还是不得不接受这个命令。前往南边的码头接收货物。
3.来到西边码头，和研究人员对话，得知货物和教授都已经在【实验室】了，前往实验室。
4.从实验室出来，拿着教授给的【安全卡】，来到仓库查看。
5.我被仓库中的卫兵赶了出来，他们说这里是禁区？回到教授的研究室，教授告诉我那个神秘的事物其实是他的交通工具-时光穿梭机。并告诉我他因为穿越时空，造成了身体DNA的损坏。我提出帮忙恢复他的健康。然后回到休息区休息。
第一章完成。
第二章
1我在床上听到爆炸声，赶快出来查找原因。好像是从仓库传来，于是前往仓库。
2.在仓库看到倒地的警卫和被破坏的时光机，我得赶快去通知教授。前往研究室。
3得到消息的教授很惊讶，急忙和我来到仓库查看。教授说道时光机还可以修复，我想起我之前的研究可能对教授有所帮助，于是前往实验室去收集【DNA样本】
4.实验室【DNA样本】（也就是红色的小瓶子）分别是左边两个（内部房间一个），右边一个。收集完毕后将实验后的【时空旅行配方】交给教授。
5.来到仓库，教授提议我自己试验【时光旅行配方】，并告诉我，我暂时只能去一个时代。同时给我【麻醉来福枪】【斧头】和【黄飞镖X10】
6去园丁那使用【斧子】砍倒树木，得到时光机的燃料【木头】，（每次时光穿梭消耗木头1，请多备些木头）回到仓库，乘坐时光机，探索恐龙时代。
7，穿越时空，来到恐龙时代，时光机却出现故障，我不得不收集散落的【时光机零件】，以便日后修复它。（收集完毕后，此时可收集一些恐龙的遗物如【爪子】，后面实验室要使用。并尽可能的带回一个【琥珀】（砍树有一定几率得到）。但是不建议大量收集植物种子和恐龙蛋，因为收集带回去的都是损坏的。等到后面就可以收集了）
TIPS：各种恐龙出现的时间是不同的，可以在以后实验室中心查看。如果此时你带有【铁锹】，可以去偷窃食草龙的蛋。注意：偷窃是会被食草龙发现并追杀的。只要是你偷窃过一种恐龙的蛋，以后它都会主动攻击你。
第二章结束
第三章
1与教授对话，得知【化学同位素】可以修复时光机，建议我去找东码头的奸商了解情况。
2.找到东码头的奸商，在这里可以买卖弹药，急救包和木头。用300元买了【同位素】，回去交给教授。教授完成时光机的修复，此时可以前往未来探索。
3.来到未来2011年，发现惊天秘密。小岛的人都死光了。前往研究室调查格蕾丝的笔记得知，小岛上的人都死于一场突发病毒，只有我幸免于难，我急急切切的想回去找到格蕾丝。我要挽回这个错误！
4.回到现实世界，同教授交谈，教授让我阻止这一切，赶快去生活区找到格蕾丝。交谈中，我说出了我的疑问，我怀疑研究室在秘密研究生化武器。格蕾丝鼓励我去调查。
5，来到研究室，分别调查3个研究人员。得知研究室没在研究生化武器。我怀疑是索恩在搞鬼。
任务一：给与研究人员【恐龙的遗物】，随便一个从恐龙时代带回来的恐龙遗物都可以，比如爪子，鳞片。
任务二：帮研究人员传递实验数据。去水族馆里找到研究人员，得知要帮忙钓到【鹦嘴鱼2条】【梭鱼1条】
TIPS：鱼也是不同时间不同地点出现不同的鱼，可以在水族馆入口对面的的墙壁上查看到具体的介绍。
任务三：帮研究人员寻找【琥珀1个】。从恐龙时代带回琥珀给他。
第三章结束
第四章
1.索恩派兵强行将我带到他的办公室。让我回到过去带回来一些恐龙蛋用于军事研究。并提醒我需要一把【铁锹】，（园丁或者码头商人有卖，金币200）。我假意屈从，找到教授寻求帮助。
2.在实验室找到教授，教授给我一份清单，让我去码头商人那里采购。（如果你没完成支线六。此时需要钓鱼（赚钱最多）赚钱买【组件包】，因为此时是无法回到恐龙时代打猎的！）
3.同码头商人谈话，他让我明天过来取东西。随便逛一下，挨到明天，或者回去休息。第二天来到这里，用250金钱换取【组件包】
4.拿着组件包去实验室找到教授，教授研制出低温冷冻舱，用于保鲜从恐龙时代带回的物品。
5.接到任务，寻找恐龙蛋。带上你的【铁锹】上路吧~（此时可大肆收集植物种子和恐龙战利品啦！小心弹尽粮绝就是了！哈哈）
6.带回恐龙蛋给实验室的教授，我被索恩带到了孵化室。同时告诉我生物组的概念。索恩提醒我需要一把更加【锋利的斧头】（可在码头商人处购买）
7.检查完孵化器后，回去找格蕾丝。我央求她一起离开。可是她却不肯。这一切都被躲在暗处的索恩看到了。一场针对我的阴谋即将展开。
第四章结束
第五章
1.教授的病情急剧加重，我得去水族馆寻求帮助。
2.水族馆的人居然要我去帮他抓一条【鲶鱼】？（这家伙是不是嘴馋了？）算了！为了教授的身体健康，我还是给他抓一条鲶鱼好了。将鲶鱼交给他，得到【流通飞行员装置】
3.为了教授的健康。我要去搜集一组生物组。回到史前世纪。对照生物组数据搜索吧！收集完任意三组生物组都可以回到孵育室交任务。（注意这里可以多试一试三个孵育器，这个不可以，指不定旁边的就可以。别傻傻的汇史前时代再次收集。也请注意这里是有顺序的。不是乱组合的。）
第五章完
第六章
1.在孵育室遇到一名科研人员，谈话中，我醒悟到我可以去未来查看孵育状况。于是前往未来世界查看孵育室的状况。将查看的结果报告给教授。
2.教授听说我要去收集更多的标本，于是给我说了【时光信号灯】的作用。去实验室阳台查看。（实验室西里面有个阳台）我得知【时光信号灯】的真正用途。（先在这里好好打猎一番）
3.回到实验室，得知索恩**了其他的时光信号灯。我只能去找索恩谈谈。
4.在索恩的办公室找到索恩，我和索恩摊牌，他威胁我必须完成孵卵器。而我救治教授，必须使用其他的时光信号灯。这个时候我想起了码头商人。
5.来到码头商人，他愿意帮助我，但是每个时光信号灯需要500金币购买。我必须筹钱。（还是建议钓鱼【鲶鱼80金币】或者去偷恐龙蛋。
TIPS：码头商人出售4个时空灯，购买后即可在所示地方使用时空灯。
时空灯：码头---传送至小岛南部
时空灯：水族馆—传送至小岛东部
时空灯：花园--传送至小岛西南部
时空灯：索恩--传送至小岛西北部）
孵化室顺序（自左向右分别是第一，二，三个）：
第一个放生物组1，3，5
第二个放生物组2，6，7
第三个放生物组4，8，9
第六章结束。
第七章
1.我终于完成了孵卵器，但是索恩似乎有更大的阴谋。他让我再去弄一个蛋？我不知道是什么生物的蛋，我有不好的预感！
2.果然我遭到了庞然大物的-【沼泽巨兽】的追杀！疯狂逃命吧！
TIPS：一直走右边，尽量不要走进减速沼泽地！那会让你死的更快！
3.终于躲过了沼泽巨兽的追杀。我却无路可退，只能无奈跳下瀑布，醒来后发现时教授救了我。我很奇怪，教授为何在这里出现。原来是教授专程看来找我。我们一起回到了现实世界。
4.回来后，索恩出现，找我索要恐龙蛋。我们当即翻脸。索恩让守卫抓住我。我趁乱钻进了时光机来到了未来世界。因为我想拯救教授的生命。
同时，索恩却恶毒的要关掉发电设备，想切断未来的电力供应！导致孵化的恐龙逃出来了。我必须找到电闸，并躲避恐龙的攻击。
TIPS：每个能去的区都有一个电闸，一共五个电闸，小心恐龙的攻击！
5.打开完5个电闸后，进入实验室。经过几天几夜的研究。我终于得到了教授的病情治疗的方法。就在我急急忙忙的赶回现实世界的时候，却发现一个神秘的小瓶子【样本312】。这个不是格蕾丝研究的样本么！原来这就是我苦苦追寻的病毒！原来它是我时空穿梭配方的变异！我不禁自责。原来每一个人的死亡都是因为我，格蕾丝也是。。。但是我必须回去拯救他们。
6．我回到现实世界找到教授，格蕾丝却被索恩带走了！我冲进索恩的办公室，质问他把格蕾丝带到哪里去了，他提出要我用恐龙蛋交换格蕾丝。这个卑鄙的小人只给我一天的时间找回他要的蛋！这该死的蛋！我痛苦万分，我不得不去做。但是至少我找到了教授的解药。教授将时间调整到了我在岛上的那一夜，我意识到我必须改变历史！必须拯救我的格蕾丝！必须找到另一个我！
7.来到宿舍，我忐忑万分，给另一个我讲述了我来的目的。他显得很难接受，但是终于被我说服。我们要去仓库毁掉时光机。确保这该死的一切不会发生！
疯狂的索恩要将格蕾丝作为沼泽巨兽的诱饵！ 我必须追上他们，我一路追寻到【怪兽之家】。终于发现了索恩和格蕾丝。我发誓不让索恩回到现实世界！
接下来，从传送到小岛的地方往前看，可以看到有一条在水里的通道，往那走。进去后触发剧情，需要打败一个沼泽怪。打败后得到沼泽怪的牙齿。之后来到岛上，一枪把索恩解决了，就算完了。回去以后和教授对话，然后去找格蕾丝对话，格蕾丝在索恩以前的办公室。对话完后，去找教授，整个游戏结束！
