第五关：开罗，埃及(第二部分)
(Cairo, Egypt 2)
在本关中将面对几种势力的倾向选择，会影响到游戏故事的结局。比如Illuminati方面会交给你刺PaulDenton的任务，而教会方面则希望你救援Paul Denton。后面教会方面要求你加入他们的行列，但需要检测你的血清，是否将血清交给Todd博士也会影响到你与三个派系之间的关系，为了能打全三种结局，建议玩家在选择前档。回到开罗的麦地那，在街道与QueeQueg咖啡馆的老板谈话得到Pequod咖啡馆保险箱的密码，与旁边的Black对话，雇他担任飞往纽约的驾驶员。与门前的Illuminati战士对话得到刺杀Paul Denton的任务，穿过铁栅到麦地那北部转转，陆续会收到Nicolette和JC Denton的来电。在清真寺遇到求助的Leo，给他500块钱资助他离开德国。在街道上还会遇到教会的Lin，和她谈起驻扎在这里的Illuminati部队。
在住宅区与那两名Omar商人谈话采买一些补给，再到Nassif叔叔的家里，老人怀疑有人悬赏取他家人的性命，于是到住宅区的最上层调查真相，潜入寝室看到Silas Archer正和教会武士谈话，将他们杀死后再回去Nassif叔叔获取报酬。在清真寺里发现被重兵把守，受Nicolette之托要替这里受困的难民解围。先清理走廊和地下室里散布的警卫，注意门口的一人身上有火箭筒要拿到它，在搜集足够的弹药和补给之后到大厅，使用火箭筒将那只巨大的机器人轰倒，任务完成。到地下室与难民妇女Ameer对话得到警卫室保险箱的密码，然后找医师和医疗机器人补血，在清真寺里有电梯直接通往生态建筑内部。出电梯会遇到敌兵的阻击，这时收到Dumier的来电，要你前去解救被俘的Klara。前往108层清除大厅的警卫，在警卫室摧毁枪塔和监视器，用Ameer给的密码打开柜子拿到武器配件和补给。
杀到107层与角落的NG谈话，得知她被困在110层。在咖啡馆墙上的箱子可拿到一些装备，越过咖啡馆找到维护通道的入口沿斜坡下去，走廊尽头的门被WTO警卫把守着，要救Klara则要杀掉这里的警卫，在里面找Klara和一些装备。乘电梯到候机大厅，与一名士兵会话后沿斜坡走下去找到一台全息通讯仪与教会的Saman通话，他邀请你加入教会，但要将血清样本交给24号机库里的Todd博士，在通话之后附近的教会武士不再对你攻击，这时到23号机库与Leila Nassif谈话，然后前往储藏室与里面的NG谈话。接下来面临立场的选择，前往24号机库与Todd谈话，如果将血样交给他会加入教会，这时收到Saman发来的讯息要你前往纽约城，如果拒绝则马上会触发战斗，然后接到刺杀保罗的任务。最后到23号机库走廊到贵宾室使用控制台启动灯塔，与飞行员Ava离开埃及前往纽约的自由岛。
