第六关：自由岛，纽约
(Liberty Island, New York)
这是最后的关卡，根据玩家之前的选择会遭遇不同的人物、接受不同的任务并产生不同的结局。在前面的一些暗杀行动中，如果没有杀死目标人物，在本关中他们都将出现，并且因为你立场的不同而帮助或攻击你。 虽然本关充满了人物和剧情的变化，但行动的路线是相同的。在到达自由岛后会收到Ava发来的地图，接下来寻找JC Denton研制的阿奎奈电脑程序，并将它上载到博士的超级电脑数据库中。在开始的广场收集补给并杀掉附近的敌兵，陆续会收到Saman、JC或Tracer Tong的来电。往前在自由女神像的基座找到一道门进入一个破坏的大厅，大厅的正中央就是存储程序的电脑，先不要摧毁它，清除掉附近的敌人再说。
在找到阿奎奈程序之后会收到刺杀其它派系首脑的任务，可根据你的立场选择杀掉另外派系的首领，他们会在自由岛的不同地点出现：ApostleCorp方面Tracer Tong在自由岛东部的北码头一间小屋里；教会的Saman也在自由岛的东部，码头外面的一座仓库建筑里；Illuminati方面的Chad Dumier和Nicolette DuClare则在自由岛西部南码头的简易房里。最后在自由岛的西部找到UNATCO废墟，这里就是超级电脑的所在地，要注意游戏的隐藏场景也在这里面。在废墟的第一个房间找到一面插在地上的小旗，拨起来前往地下的居住区，在走廊尽头的一个房间找到只有一只马桶的卫生间，将手里的小旗插到那只马桶上即可来到隐藏场景。这里就是夜总会的场景，在本游戏中出场的主要人物都会在这盛大聚会中出现，或唱歌，或劲舞，或闲聊。巡游各处还会收集到一些日志，了解游戏开发和角色人物的背景情况。
在废墟的住宅区附近还会遇到Billie Adams，如果当初没有杀掉她，并且你选择教会的立场，这时她会帮助你消灭敌人，否则就会对你举起枪管。赶到控制室找到超级电脑，这时要按照任务要求分别选择将程序上载给Illuminati、Templars 或JC Denton一方。如选择帮助ApostleCorp，他们希望你上载阿奎奈程序，将它与太阳神系统合并，使他们的文化和人性得到提升和进化。如选择帮助Illuminati，他们希望将阿奎奈程序上载到Illuminati的系统里，杀掉JC Denton并摧毁他的系统，这样他们将进入超前繁荣的光明时代。如果选择背叛并加入教会，Leo会要你摧毁JC的电脑系统。根据三个不同的立场和路线，游戏会有三个结局。完成程序的上载后离开废墟，回到自由女神像基座的大厅，根据任务要求保留或摧毁JC Denton的电脑系统，游戏至此结束。
