星界的战旗Ⅰ在遥远的未来，人类在整个银河系打开了翅膀！在银河系中建立了五个星间国家。但其中有一种族根据宇宙环境而改变遗传因子，使他们的身体最合适在宇宙生活。
他们叫做“亚布”及其建立的星间国家“亚布人类帝国”在宇宙中出现了。可是现在、其他的国家以“人类统合体”为中心联合了其他国家想挽回劣势并开始计划。地上世界同时也被“亚布人类帝国”星各界军队侵略。
而3年的修技馆生活结束，主计列翼翔士，地上世界出身的“亚布”贵族津特，以书记身分被分配到突击舰巴斯罗伊鲁号。那个突击舰巴斯罗伊鲁号的舰长正是十翔长拉菲尔，与她再次相见！三年前，津特、拉菲尔他们一同战斗！另外，修技馆时代，认识了不爱说话的亚布少女艾克琉亚、亚布人索芭修、少数地上界出身的萨姆森，再次在突击舰巴斯罗伊鲁号见面！在出击命令下，他们前往战场“亚布迪克”，而敌军是“人类统合体”，“亚布迪克”守备舰队以相差12对150的战斗力下迎击“人类统合体”的进攻！
星界的战旗Ⅱ帝国历955年，“亚布人类帝国”发动了截断“人类统合体”领域的幻炎作战。星界军在亚布迪克星系迎战人类统合体的反击！以压倒性的优势大败敌军！作战完满结束！在帝国历956年，“亚布人类帝国”再发动了夺取回孤立领域的新作战计划，“狩人作战”计划！炽烈的亚布迪克的战斗中因为巴斯罗伊鲁遭受到了严重的破坏、由军队给予了再次新生的巴斯罗伊鲁的拉菲尔一行。
拉菲尔的新任务就是到已制压住的惑星罗布那斯Ⅱ担任领主代行。继承亚维王家血统的人、在应该待在战场第一线的气质中长大的拉菲尔有一点点的不满。想办法要安慰的津特、可是他也持有着领主副代行的奇怪立场。然后、离开平面宇宙到达罗布那斯Ⅱ的巴斯罗伊鲁突然的、被照射了复数的指向性电磁波。那是自称是地上代表的四个人的通信。在这个惑星存在着四个自称代表。行政官梅汀、中央矫正区代表德库夫、西部矫正区香卡鲁、东部矫正区代表安卡森。
罗布那斯Ⅱ并没有首相的存在。不只是那样这个惑星、居然是收监流放的犯罪者们的星球。迎接以强袭输送舰达克赛斯下降到地上的领主副代行的津特的是惑星罗布那斯Ⅱ管理最高责任者行政长官梅汀 。行政厅和犯人们的力量关系崩坏、已经猜想到会有大规模的叛乱发生的梅汀对星界军、要求了大规模的移民计划。就在移民计划暗中的进行中、叛乱终于爆发了。一方、在轨道上守护地上情况的拉菲尔们的身上也有危机迫近。居然敌舰队将通过罗布那斯星系。
在逃离的时刻一步一步的逼近当中、津特和梅汀被叛乱者绑架了。然后拉菲尔被迫下痛苦的决心…星界的战旗Ⅲ伯爵和公主起程回到修复了的海德伯国，途中伯爵和朋友相遇和遇到帝国军在其领国举行军事演习。
由于马汀行星(伯国首府)的地上世界政府拒绝归降，经伯爵斡旋后，马汀无血开城。最后以伯爵自我放逐和自治为条件投降。主人公从此没了故乡，与公主回到军中服役。星界的战旗Ⅳ故事继续发展。伯爵和公主回到星界军并肩作战。经过数场任务后回到帝都准备战队的庆祝会(途中己开了一次，是由伯爵支钱的。本次由战队司令做东)。
另一方面，公主的弟弟杜希尔参军，派到一艘战列舰上服役。最后，不知何故，原本有意加入帝国的哈尼亚联邦派军突袭帝国，兵锋直指帝都。星界的战旗V －宿命の调べ－四国联合发动了对帝都的特攻。拉马修皇帝判断无法防守遂决定发动紧急迁都作战“不死鸟”，将帝都迁往バルケー王国（就是皇太子所属王国）的ソトリュール镇守府。
为了争取时间拉马修（拉斐尔的祖母）毅然决定学习当年哥斯罗斯号的蕾克希舰长（拉斐尔的“母亲”），将所谓的帝国宝物-英雄芳名碑交给拉斐尔让她运往临时帝都，自己却为争取时间亲率近卫舰队身陷死地...另一方面，因四国侵攻而被孤立的“雪晶”舰队（原本负责收编哈尼亚联邦领土的部队）一方，杜希尔（拉斐尔的弟弟）也携带哥特波尼大元帅的命令来到了（“雪晶”）第五舰队..
