《鬼武者3》的隐藏要素与前作一样非常丰富,下面就公布一些隐藏要素供玩家挑战。
1.平八无赖传：只要在任意难度下爆机就会出现，玩家可以使用平八郎（德川四天王之一本多忠胜）进行一段游戏。
2.鬼射：以普通难度爆机就会出现的射击游戏。
3.鬼修炼：取得游戏中所有鬼武道书，完成其中所有的修炼项目后出现。
4.Puzzle魔空空间：将游戏中的Puzzle宝箱全部开启后便会出现此模式。
5.获得最强装备：只要将鬼射完成便会出现。在最强装备模式下此模式下武器与防具能力全满且弹药无限。
6.熊猫装获得：只要通过鬼修炼模式就可以获得,另外如果记录卡中有《鬼武者—无赖转》就可以直接获得。
7.前作中的武器：如果在魔空间取得三个“封印玉”后爆机，那么在下次游戏时，左马介在穿越时空时丢失的三把强力武器“紫电”“红炎”与“白凤”，便可在巴黎的小巷中找到和使用了。
