第五关：开罗，埃及（第二部分）
（Cairo， Egypt 2）
在本关中将面对几种势力的倾向选择，会影响到游戏故事的结局。比如Illuminati方面会交给你刺杀PaulDenton的任务，而教会方面则希望你救援PaulDenton.后面教会方面要求你加入他们的行列，但需要检测你的血清，是否将血清交给Todd博士也会影响到你与三个派系之间的关系，为了能打全三种结局，建议玩家在选择前存档。
回到开罗的麦地那，在街道与QueeQueg咖啡馆的老板谈话得到Pequod咖啡馆保险箱的密码，与旁边的SidBlack对话，雇他担任飞往纽约的驾驶员。与门前的Illuminati战士对话得到刺杀PaulDenton的任务，穿过铁栅到麦地那北部转转，陆续会收到Nicolette和JCDenton的来电。在清真寺遇到求助的Leo，给他500块钱资助他离开德国。在街道上还会遇到教会的Lin，和她谈起驻扎在这里的Illuminati部队。
在住宅区与那两名Omar商人谈话采买一些补给，再到Nassif叔叔的家里，老人怀疑有人悬赏取他家人的性命，于是到住宅区的最上层调查真相，潜入寝室看到SilasArcher正和教会武士谈话，将他们杀死后再回去找Nassif叔叔获取报酬。<
在清真寺里发现被重兵把守，受Nicolette之托要替这里受困的难民解围。先清理走廊和地下室里散布的警卫，注意门口的一人身上有火箭筒要拿到它，在搜集足够的弹药和补给之后到大厅，使用火箭筒将那只巨大的机器人轰倒，任务完成。到地下室与难民妇女Ameer对话得到警卫室保险箱的密码，然后找医师和医疗机器人补血，在清真寺里有电梯直接通往生态建筑内部。
出电梯会遇到敌兵的阻击，这时收到Dumier的来电，要你前去解救被俘的Klara.前往108层清除大厅的警卫，在警卫室摧毁枪塔和监视器，用Ameer给的密码打开柜子拿到武器配件和补给。杀到107层与角落的NG谈话，得知她被困在110层。在咖啡馆墙上的箱子可拿到一些装备，越过咖啡馆找到维护通道的入口沿斜坡下去，走廊尽头的门被WTO警卫把守着，要救Klara则要杀掉这里的警卫，在里面找到Klara和一些装备。
乘电梯到候机大厅，与一名士兵会话后沿斜坡走下去找到一台全息通讯仪与教会的Saman通话，他邀请你加入教会，但要将血清样本交给24号机库里的Todd博士，在通话之后附近的教会武士不再对你攻击，这时到23号机库与LeilaNassif谈话，然后前往储藏室与里面的NG谈话。接下来面临立场的选择，前往24号机库与Todd谈话，如果将血样交给他会加入教会，这时收到Saman发来的讯息要你前往纽约城，如果拒绝则马上会触发战斗，然后接到刺杀保罗的任务。最后到23号机库走廊到贵宾室使用控制台启动灯塔，与飞行员Ava离开埃及前往纽约的自由岛。
第六关：自由岛，纽约
（Liberty Island， New York）
这是最后的关卡，根据玩家之前的选择会遭遇不同的人物、接受不同的任务并产生不同的结局。在前面的一些暗杀行动中，如果没有杀死目标人物，在本关中他们都将出现，并且因为你立场的不同而帮助或攻击你。
虽然本关充满了人物和剧情的变化，但行动的路线是相同的。在到达自由岛后会收到Ava发来的地图，接下来寻找JCDenton研制的阿奎奈电脑程序，并将它上载到博士的超级电脑数据库中。在开始的广场收集补给并杀掉附近的敌兵，陆续会收到Saman、JC或TracerTong的来电。往前在自由女神像的基座找到一道门进入一个破坏的大厅，大厅的正中央就是存储程序的电脑，先不要摧毁它，清除掉附近的敌人再说。
在找到阿奎奈程序之后会收到刺杀其它派系首脑的任务，可根据你的立场选择杀掉另外派系的首领，他们会在自由岛的不同地点出现：ApostleCorp方面TracerTong在自由岛东部的北码头一间小屋里；教会的Saman也在自由岛的东部，码头外面的一座仓库建筑里；Illuminati方面的ChadDumier和NicoletteDuClare则在自由岛西部南码头的简易房里。
最后在自由岛的西部找到UNATCO废墟，这里就是超级电脑的所在地，要注意游戏的隐藏场景也在这里面。在废墟的第一个房间找到一面插在地上的小旗，拨起来前往地下的居住区，在走廊尽头的一个房间找到只有一只马桶的卫生间，将手里的小旗插到那只马桶上即可来到隐藏场景。这里就是夜总会的场景，在本游戏中出场的主要人物都会在这盛大聚会中出现，或唱歌，或劲舞，或闲聊。巡游各处还会收集到一些日志，了解游戏开发和角色人物的背景情况。
在废墟的住宅区附近还会遇到BillieAdams，如果当初没有杀掉她，并且你选择教会的立场，这时她会帮助你消灭敌人，否则就会对你举起枪管。赶到控制室找到超级电脑，这时要按照任务要求分别选择将程序上载给Illuminati、Templars或JCDenton一方。如选择帮助ApostleCorp，他们希望你上载阿奎奈程序，将它与太阳神系统合并，使他们的文化和人性得到提升和进化。如选择帮助Illuminati，他们希望将阿奎奈程序上载到Illuminati的系统里，杀掉JCDenton并摧毁他的系统，这样他们将进入超前繁荣的光明时代。如果选择背叛并加入教会，Leo会要你摧毁JC的电脑系统。根据三个不同的立场和路线，游戏会有三个结局。完成程序的上载后离开废墟，回到自由女神像基座的大厅，根据任务要求保留或摧毁JCDenton的电脑系统，游戏至此结束。
