第三阶段
雅科布
利用卫星轨道检测出从西格玛发出的通信信号。
角色建议：选择艾克斯和艾克赛尔搭档。
关卡要点：乘坐巨大的升降平台上去，沿途的小虾小蟹根本是螳臂当车，轻松解决掉。在最高处遇见维拉。
Boss：维拉
Boss战技巧：维拉对于玩家而言并非新角色，在前面的关卡中某些房间里你可能与它“巧遇”过多次。初期它会不停地放出光球，你只要不停地冲刺并寻找其中的缺口就可躲开。这之后它会释放追踪闪电和地面烈火，剩下1/2血值时会爆发6组闪电网封锁几乎整个画面，并且闪电会有规律地旋转。掌握其规律，利用空隙冲过去，或者用隐身鞋穿越。蓄积光球可有效打击它。
月球通道
资料卫星检测出西格玛反应。
角色建议：选择艾克斯和艾克赛尔搭档。
关卡要点：进入西格玛宫殿后，和前面的8个Boss再次激战。注意每次和一名Boss战斗结束后，马上收集场景中的战利品补充血值和装备。之后宫殿将会发生爆炸，赶紧沿原路退出，在入口处遇见西格玛。
Boss：西格玛
Boss战技巧：当你精疲力竭地和8个Boss再次激战过后，最关键的是需要保证充足的血值，否则面对西格玛时会非常被动。西格玛的威力斩伤害极大，可跳到墙壁上躲开，它攻击力很强劲，全屏攻击伤害最大。后期会释放红色激光令地面着火，这时也只能跳到墙壁上去躲。注意西格玛的子弹可使用黑洞功夫吸收。
西格玛神殿
一切都是西格玛干的坏事，要立即消灭它。
角色建议：选择杰洛和艾克赛尔搭档。
关卡要点：降落在月球表面，小心路上的深渊，掉进去就没救了。进入神殿后遇到维拉的复制版，它驾驶着机器人座驾，比上次遇到要难对付一点。干掉它之后继续前进，神殿内部出现许多小兵化身的西格玛幻像，它们都是不经打的纸老虎，这里难度最大的是如何巧妙地跳跃前进，如果身手不够敏捷的话完全无法通过此处。在最后的大殿里遇见被DNA病毒强化了的西格玛真身。干掉它后，真正的元凶露明妮现身了，需要打死它两次才能结束战斗。
Boss：维拉复制版
Boss战技巧：维拉驾驶着机器人座驾时，你就无法伤害到它本身，所以要尽快将它“斩落马下”。然后对付它的手段就和前面一样，没有太多不同，只是这家伙很明显地增强了不少战斗力。
Boss：西格玛终极版
Boss战技巧：西格玛简直就是邪恶的化身，终极版的它比前面那个强化了太多，简直不可同日而语。它手持一把绿色的巨剑，靠近它就会遭受致命腰斩，远离它也会受到光圈追击。选择杰洛跳到其身后的墙壁上攻击它，也可让艾克赛尔浮在半空中打击它。当其剩下1/2HP后，它可能伸出魔掌将你捏住，赶紧换人脱身吧。当它从天而降猛然斩击主角时，请赶紧使用冲刺手段进行躲避。最后当它在画面两侧点起火柱时，记住切勿跳到墙壁上，这样会受到致命的打击。
Boss：露明妮
Boss战技巧：原来邪恶的西格玛背后还有小女孩一般的露明妮在捣鬼，它的外形柔弱，但是本事决不是泛泛之辈。它周身围绕着8颗不同颜色的宝石，意味着它将前面8位Boss的功夫全部兼容并蓄，融于一身了。你静静地看着它变换着身体的颜色，使出和颜色一致的那个Boss的功夫，除了竭力躲避之外，还发现只有它变成自己本色时你才可正常攻击。真是可怕的“小甜甜”！当它变成蓝色发射出大功率的雷电攻击时，就是你给予它致命打击的最好时机。
Boss：露明妮终极版
Boss战技巧：一次失败并不能使露明妮彻底完蛋，它还在歇息时对猎人战队发动了心理攻势。当它化身为伸展双翼的大鸟时，决战的最后时刻终于到来了！露明妮从半空中俯冲下来发动了第一波攻势，这很容易躲过。然后就是一轮光波攻击，各种激光对人的伤害极大，即便小心应付可能也会中招一二。接着就是发射出许多大片的菱形金色羽毛来攻击玩家，看准这些羽毛的飞行规律，找到空隙跳跃或冲刺还算可对付。突然，不知道魔女使了什么阴招，天色一片昏暗，关键时刻到了！如果你不能在半分钟内结果它的性命，那么最后牺牲的将是正义的猎人。
