游戏开始时主角坠落在了Kartoga-12岛上，这时候的岛是处在正常时间线的，因为在1950的奇点爆炸（游戏背景有介绍），D博士（将军）死在火灾里，B博士没了D博士的帮助没能发明出TMD，再加上奇点的出现，因此苏联放弃对E99的开发，并把小岛封存了，因此这时候的小岛上是没有怪物和MIA12的士兵的，也没有奇点反应炉那冲天光柱，而主角就在这时进入了K12研究院的废墟（这里有个细节要注意，斯大林头像背后的沙盘后面只是一堵墙）
然后奇点爆炸，主角穿越时空来到了1950刚爆炸的研究院，并在火海中救了D博士（将军），让整个时间线在1950硬拐了个弯，所以当主角再次回到2010时，整个小岛就发生了变化，D博士没死在火灾中，对E99元素的研究便没有中断（还记得沙盘后面的墙么，现在变成了门，说明在1950的火灾后，研究院没有被废弃，而是在继续扩建），而B博士在D博士的帮助下，在1955年发明了TMD。
这时候D博士看出了TMD的价值，想要独吞这项发明，而B博士拒不交出TMD，结果D博士发动了政变，占领了小岛并杀死了B博士，没有得到TMD的D博士转向了其它研究，独自开发了E99炸弹并把奇点改造成了反应炉，还试图利用E99改造人体创造出超级士兵，结果出现了各种怪物。
当主角从1950返回到被改变的2010，看到的是遍地的怪物，MIA12的士兵和之前没有的反应炉的光柱，主角的任务也从调查小岛变成了阻止反应炉的爆炸。在前往反应炉的路上，主角被MIA12的将军（D博士）俘虏，将军向他追要TMD，而主角根本不知道他在说什么，就在快被枪决的时候被女主角救下，并给主角出示了预言书，上面说主角将会拿到TMD并返回1955救下B博士并阻止将军，
于是主角在预言书的指引下拿到了TMD，并认命的跑回1955救下B博士，然后在B博士的指挥下穿梭于1955和2010之间收集物品，升级TMD，顺便打打小怪兽，调教下新旧士兵，一路跌跌撞撞的来到了反应炉处，然后把E99炸弹带到了反应炉没崩溃的时代引爆，试图阻止反应炉的崩溃，可是当主角回到现代的时候却发现反应炉依然崩溃在即，一转身却发现了将军出现在B博士身旁，在一堆废话后，主角才知道原来一切的起因都是他在1950的火场上救下了将军，要结束这一切只有返回1950去杀掉救下将军的自己。
这时候故事就进入了尾声，根据你做出的选择游戏有3个结局和1个无限轮回：如果你杀死了B博士，那么你会帮助将军修复E99反应炉并用自己的TMD和将军征服世界，MIA12先解决了苏联，然后吞并了全世界，最后将军觉得主角功高盖主，于是在被征服的美国开发自己的TMD，世界进入了新的冷战格局。如果你把将军和博士都杀了，那么没人能阻止反应炉的爆炸，这次爆炸摧毁了阿拉斯加和西伯利亚，MIA12的残余份子到处寻找杀害将军的凶手（主角），E99的扩散导致怪物急剧增加，最后摧毁了美国和苏联，主角却在杀了博士和将军后失踪，后来在被摧毁的美国出现了救世主，据说是拥有神之手的男人。
最后一种结局和无限轮回是一体存在的，主角杀死了将军，然后回到了了1950的火海，看到正背着D博士（将军）的自己，这时有2个选择，不开枪，那么现在的主角死在了火海，而过去的主角将重复你所经历的一切，进入了无限的轮回；开枪杀死自己，就会发现自己出现在没登上小岛前的直升机上，然后基地传来通讯，取消了小岛的探查任务，一切都结束了，时间回到了正常轨道，不是么？
等等，好像漏掉了什么，你看见海上的雕像从拿镰刀的手变成了B博士装着TMD的雕像，和你一个编队的直升机上打的是苏联的LOGO，你的队友拿的武器从美式武器变成了AR9突击步枪，从这一切我们可以推断出时间线并没有回到正常，依旧在1950拐了个大弯，永远的改变了，在你杀死自己之后发生了什么，游戏没有交代，根据结局的细节，
我推测可能是最后D博士没有死，而是受了很重的伤，因为当主角杀死自己的时候，D博士已经被过去的主角从那个必死的洞里救了出来，后来可能因为受伤，D博士没能掌控住全岛，而B博士成为了E99研究项目的主管，最后开发出了TMD帮助苏联掌控了全世界，所以在这个结局看到了有苏联LOGO的直升机、AR9突击步枪和B博士的雕像。结果这个游戏的3个结局都只能帮你从无限的循环中解脱，却无法将时间线修复正常。
