时间到了1989年，Raymond McMullen博士（即游戏中用枪自杀的眼镜男）创立了GENTEC，并成为了黑色守望的下属研究机构，他认为黑色守望短视，认不清DX-1118病毒的价值，于是重启黑光计划，并将Elizabeth Greene转至GENTEC的研究中心，从她身上研究病毒的新进化品种。并在后来招募了“主角”Alex Mercer，以及后来成为Alex女友的Karen Parker（即游戏中的金发OL）。之后，黑色守望发现GENTEC重启了禁忌的实验，意图弹压，此时的Alex Mercer为了一己私欲，在Karen Parker的协助下窃取了一小瓶病毒样本并逃离，却在车站遭遇了前来拦截的黑色守望便衣特工。走投无路的Alex Mercer摔碎了瓶子释放了病毒，自己也被当场射杀。由于是在车站，当时就有许多市民被感染，曼哈顿的大规模疫情暴发也就此埋下了伏笔。
接下来就是游戏中发生的剧情了，我呢就不多罗嗦，只给各位看官说说自己发现的一些东西。
Alex Mercer在车站被射杀的时候就已经身亡，接下来在停尸房醒过来的，大家一直在游戏中操控的东西根本不属于人类，它是破碎瓶中的病毒沾上Alex尸体之后对其外形及性格的模拟，游戏标题“原型体”也指的是他。至于前文提到Elizabeth Greene等待的东西，即是“原型体”对她的释放，而Greene的台词"I am your mother"并不是指“原型体”是她生下的那个婴儿，而是指原型体病毒来源于她。
隐藏剧情：做完所有军人记忆吸取的支线之后会有提示，前去激活的就是隐藏任务。大概剧情就是，Karen Parker在Alex身亡之后随即被黑色守望羁押，在经过了威逼利诱和刑讯逼供之后她仍然拒绝合作。直到在游戏剧情中Karen发现现在的Alex Mercer已经不再是人类，不再是他的前男友，此时的Karen Parker为了活命而不得不配合黑色守望对付“原型体”，原型体在吸取黑色守望成员记忆之后发觉了事情真相，于是找上了Karen……
至于黑色守望军官Robert Cross（即游戏中的电棒男）的真实身份，细胞记忆和官方PDF都很模棱两可。我做一些个人自己的推断：
第一、他绝对不可能是那名代号PARIAH的男婴，细胞记忆中说男婴长到五岁之后就被黑色守望转换了安置地点，现在属于最高机密（估计是给续作留后路的）
第二、他是如何变成SUPREME HUNTER的？这个问题GS的论坛上也众说纷纭，我猜测有如下两种个可能。
1、细胞记忆中提到，在车站病毒泄漏之后，不少人被感染，大部分人在感染之后会变成Walker（即游戏中的僵尸类杂兵），但极少数人会和原型体一样成为Runner（即主角这样的生物），有一名女性Runner逃脱了封锁，一直逃到了亚利桑那州的一处小镇上。Cross带队前去从地图上抹掉了该小镇，并亲手杀死了Runner（也许是Runner吸收了他？），这是一种推断。
2、与主角第一次在感染巢中决斗时被感染。总之，当他给主角打匿名电话的时候，它已经不是Cross了。
GENTEC的研究也不是毫无成果，他们从Elizabeth Greene身上制造出了新变种病毒，将其命名为DX-1120。黑色守望的超级士兵（游戏中的大块头）就是注射制定剂量之后的产物。
下面谈谈游戏中细胞记忆对人性的体现：
1、某陆战队士兵：他们（指黑色守望）把房子烧着了，一个女人哭喊着从烈火中跑出来，他们一边开枪一边大笑，我告诉你这些人简直是TMD纳粹（有过之而无不及）
2、某将军：你只要告诉我陆战队的预计损失就好
某军官：1500～2000
某将军：总共？
某军官：每周，长官。（死一个人是悲剧，死成千上万的人是数字）
3、某黑色守望士兵：长官，为啥我们要和这些废柴（指陆战队）合作？
某黑色守望军官：我们需要他们来面对公众，万一纽约成了焦土，他们来背黑锅。（都算计好了）
4、某战机飞行员：那架飞机一边拼命飞过哈德逊湾，一边摇着翅膀像在喊“不要开火！不要开火”，我手指一动，砰！他们就下海了。（当生命成为玩笑的时候是多大的悲剧啊）
5、探究员甲：这种病毒肆虐的话可能会抹杀整个人类文明
研究员乙：那你怎么想？
探究员甲：我拿工资又不是靠想的。（我完全无语了）
6、某研究员：我早就告诉过Raymond，你不能去扮演上帝，然后指望一切顺利（这是那么多细胞记忆中少数像那么回事的）
这游戏最讽刺的地方就是，病毒变体的主角的道德观居然大大高于原版的纯种人类，至少它会为了拯救一座城市不被核爆毁灭而战。对比原版的Alex，可见人性真的比病毒还要可怕。
我女朋友说我是个相信人性恶论的反科技主义者，而我自己却见到太多（不管是虚拟还是现实，也包括自己身上）人性丑恶的所在了。我始终认为“仁慈，公正，诚实”等等美德只有靠后天培养，而人与生俱来的只有自私和贪婪.......我希望我是错的，我希望某一天现实证明我是错的.......
啊扯远了，还是开头那句话，希望自己的烂文可以博剧情派诸君一笑。
