说起《龙门飞甲》,大家自然会想起1992年徐克那部堪称经典的《新龙门客栈》，事实上，《龙门飞甲》讲述的就是《新龙门客栈》三年之后的故事——茫茫大漠之中，有一座名叫龙门客栈的著名黑店，三年前曾毁于大火，当年老板娘早已神秘失踪，只剩下逃过火劫的伙计们重起炉灶，痴等老板娘回来。几乎被世人遗忘的边关客栈，再次因缘际会地风起云涌……
但事实上，《新龙门客栈》是1967年胡金铨的代表作《龙门客栈》的翻拍，胡金铨当年是香港武侠电影巨匠，徐克以《新龙门客栈》向胡老前辈致敬。
从《龙门客栈》到《新龙门客栈》再到《龙门飞甲》，三部电影的人物设置虽有所区别，但均讲述同样的主题：代表正义的江湖义士与代表邪恶的太监鹰犬的生死PK。而故事的源头，从《龙门客栈》中可以找到：义士拼死护佑忠良之后，忠良即于谦。于谦是明代名臣，语文课本中有他的诗作《石灰吟》“千锤万击出深山，烈火焚烧若等闲。粉骨碎身全不怕，要留清白在人间。”历史上，诗如其人的不多，于谦算一个。
于谦的辉煌，是在“土木之变”后拥立郕王朱祁钰即位，稳定京师人心，而后以文臣之身亲自督战，击退瓦剌大军。他因此论功加封少保，总督军务。但他的悲剧也在辉煌的人生巅峰时拉开了序曲。“土木之变”是明朝立国以来的一次奇耻大辱，明正统十四年（1449年）7月，被太监王振忽悠的明英宗朱祁镇率大军行至土木堡（今河北怀来东）时，被瓦剌军队追赶上来，两军会战，明军全军覆没，明英宗被瓦剌军俘虏。瓦剌人于是以送明英宗为名，大举入侵中原，攻占城池，直逼北京。对于当时京师，许多人嚷嚷着要迁都，兵部侍郎于谦这时挺身而出，极力反对迁都，要求坚守京师，并诏令各地武装力量勤王救驾。北京保卫战开始后，于谦受命全权负责守战之事，打了一个大胜仗，瓦剌军溃败而去。于谦在自己的政治生涯上也达到巅峰。
后来瓦剌与明朝议和，把朱祁镇送回来了，但此时他弟弟朱祁钰已经坐在皇位上，哥哥自然做不成皇帝了。朱祁钰对他哥哥挺狠，千方百计消除其在朝廷中的影响，不时给哥哥肉体与精神的折磨。但历史总是充满戏剧性，朱祁镇身体很好，但他弟弟身体却垮了——景泰八年春正月，朱祁钰重病，朱祁镇复位，改元天顺。朱祁镇上来后，对先前折磨自己的弟弟自然不客气，先废其为郕王，迁西内，没多久，朱祁钰就死了,年仅30岁。
当初拥立朱祁钰为帝的于谦倒霉了，被逮捕入狱。正月二十三日,于谦被押往崇文门外，就在这座他曾拼死保卫的城池前，得到了他最后的结局——以“谋逆”罪斩决。
这是《龙门客栈》诞生的背景，电影中说，太监曹少钦掌管锦衣卫和特务机关，权重一时，他杀害于谦，为斩草除根，又派东厂特务去杀害于谦流放在北疆的儿女，这些鹰犬的对手是于谦前心腹萧少兹、客栈掌柜吴宁和前部将朱将军的儿女朱骥、朱辉等。于是，茫茫大漠中，追杀者与保护者，共同走进了一个地方——龙门客栈。
