第二十五战 畿内进攻战。
胜利：全歼敌人。失败：一、毛利辉元撤退；二、毛利主营被占领；三、回合数超过80。在第八回合过桥后，与织田信孝、丹羽长秀的部队接战。消灭他们后，以毛利辉元为首的骑兵向右歼灭筒井顺庆……行动稍慢的步兵则过桥北上，直取细川藤孝。
战斗结束，明智光秀早逃得无踪无影。
第二十五回 红色琵琶湖（二）打败明智光秀，足利义昭终于重返京城，辉元便堂而皇之地进驻京城。明智光秀则退守安土城。辉元决定：一鼓作气，拿下安土城。第二十五战 安土城之战胜利：一、毛利元就撒退
二、毛利主营被占领；三、回合数超过90。
在第八回合，河中上、下方都出现了敌方海盗船队。
齐荣、安国寺惠琼的“雷击”对付水军很有效。第二十六回 京城之怨明智光秀死后，德川家康准备和织田信雄军、柴田军、泷川军共同形成对毛利的包围。在京城的集市上，一个神秘的蒙面僧侣向正在散步的吉川元春行刺，吉川元春受重伤。
在京城会议厅，萤来报信说，德川家康与织田信雄、柴田胜家、泷川的军队已经开始行动，联手向毛利合围过来。安国寺惠琼认为，必须抢在敌人合围部队完成合围之前发起进攻。现在柴田军冲在前头，是一支“孤军”。于是辉元决定向柴田军下手。出发前，你需要记住给吉川元春卖个升级用的马镫。下场战斗中吉川元春之子吉川广家会“代父从军”，他虽然继承了元春的级别和物品，但没有继承骑大将之职，要转职成骑大将。还需重新购买转职物品（特别是一些高级装备，非骑大将不能用。如不转职，只好“赤手空拳”了）。
第二十六战 浓尾平定战
胜利：全歼敌人。
失败：一、毛利辉元撤退；二、毛利主营被占领；三、回合数超过90。战斗开始后，先只从大本营调出辉元为首的骑兵和安国寺惠琼为首的僧兵。其余人马暂留主营待命。在第十一回合，右下角出现敌方德川家康方面的本多忠胜、服部半藏、神原康政的援助兵；左上方出现偷袭我方主营的柴田胜家、前田胜家、佐佐成正的部队。
留在主营的部队开始出击……。第二十七回 最终回--决战浓尾平定战之后，德川家康倾窠出动，最后决战就要开始了……。辉元要萤留在城里，不要出征，萤坚持要和辉元并肩作战。辉元坚持不肯，并暗示说要和萤结婚……。下一 次战斗是两连战，不能中途进城购物装备，因此，出征前，应倾其所有的钱，买最好的装备和补给品……。
第二十七战 关原之战
胜利：击退德川家康。
失败：一、毛利辉元撤退；二、毛利主营被占领；三、回合数超过90。在第七回合，那个在京城集市上对吉川元春的神秘僧侣出现了，这一次他毅然取下面罩--原来竟然是山中鹿介！--此人居然没死！这一次你才最终能杀死他……。战斗结束后，德川家康再一次逃走--逃到了岐阜城。辉元在营中与众臣商议后，决定马不停蹄，追杀德川家康……。
第二十八战 岐阜城之战胜利：击退德川家康。
失败：一、毛利辉元撤退；二、毛利主营被占领；三、回合数超过99。战斗开始后，敌方本多忠胜的骑兵会从左上角冲下来；服部半藏的忍者会从右下角冲过来。因此，此战必须兵分两路在战斗中，敌人的援兵会源源不断地从鹿砦中冒出来。为了切断敌援兵的来路，你可以将每个鹿砦占领……。
战斗结束，德川家康返逃离岐阜城，向三河落荒而逃。可是，逃跑的路上被人乘火打劫，属下的士兵一个个死了…终于只剩下家康孤家寡人，好不容易来到了尾张的海岸边，早已筋疲力褐，一下子昏倒在沙上……。大获全胜的辉元返回京都，相模的北条氏政、越后的上杉景胜、土佐的长宗我部盛亲、萨摩的岛津义久都发来表文，发誓臣服毛利家。
辉元现在只剩下一个敌人--大友家。他决定去会会大友--远征丰后的部队又要出发了。出征前，萤来了，她已经换了一身女儿装，一改往昔忍者形象……辉元终于向她求婚……。辉元的元征结局如何？他能与萤成就百年之好吗？……大浪淘沙，往事如云烟，象雾象雨又象风，一切的一切都在谜团里，黑暗中……毛利元就及其孙子毛利辉元的故事，在这里就告一段落……历史是历史家的历史，历史是用笔写成的，谁知它有几多真实几多荒谬？
《毛利元就》总的说来，是个以历史故事为主的游戏，讲故事时很精采，玩战役时节奏缓慢。其主要缺点是每个兵种只能转职一次。每场战斗回合数过大，我认识的许多玩家一天只能打一关！被戏为“一天一关游戏”如果你能坚持把它完全通关，大慨也能转职为“忍者”了……日本社会已经进入“老年社会”，《毛利元就》也许是为成天呆在家中的日本老人而作的吧？
