本游戏加入了全新的宠物蛋系统，玩家可以通过做任务或是在野外发现都可以得到宠物蛋，然后到各地的宠物蛋孵化场，将宠物蛋交给孵化员。这样，你战斗的时候，在孵化场的宠物蛋也可以获得相应的经验，当经验到达500时，玩家回到孵化场和孵化员对话就可以孵化宠物蛋了，孵化后可以得到一只稀有的宠物。 宠物蛋总共有12个。
1.月光狼：从金属遗迹拿到宠物蛋后回彩虹城，去右面的彩虹竞技场和小玲说话，得知她担心洛克。先接下任务，等可以去幽暗森林时就可直接触发支线，打败魅影后，回彩虹竞技场找小玲，可以得到一个猛兽系的宠物蛋(可孵出月光狼~可进化)。
2.双刀将军：爱得庄园的佣人屋，和佣人对话得知要得到佣人身后的宠物蛋要搜集40种宠物。搜集全后可以得到金属系的双刀将军。
3.龙鲤：彩虹活动室，和小美对话，将军心涣散交给她，得到一只金属系的宠物蛋!(可孵化出龙鲤，可进化~)
4.斑点猪：东之高原2，往有宠物蛋的地方会有个学生要巨刺仙掌才肯让路，给他，可以得 到一个野兽系的斑点猪的宠物蛋!
5.爱心草：西之森林2往左走看到一个老爷爷，给他15个兴奋菇就可以得到一只可爱的爱心草的宠物蛋。
6.深海巨龟： 北海广亾场左下角，捕捉一只帝企鹅和天天交换一个海洋系的宠物蛋(可孵出深海巨龟)7.哈哈树：到除彩虹城以外的购物中心，挑战里面的哈利波特兄弟，获得一个植物系的宠物蛋(可孵出哈哈树，可进化)
8.白天使：天空城中间那所房子可以看到一对有情人，帮小天搜集完海洋系的宠物后可以得到一个天空系的宠物蛋(可以孵化出很拉风的天使啊~)。
9.犀利鲨：这是个很长的支线，就说说洛克的足迹吧!彩虹国立学院--东之高原--西之森林--城南--南之废墟--北之天空--北海广亾场--北海南海域，每次打败洛克可获得若干道具，最后完成这个任务可以获得一个海洋系的宠物蛋(可以孵化出犀利鲨，可进化)。
10.皇后天马：在天空之城1里面，看到宠物蛋，打碎前面的石头对话就可以得到。
11.赤金蛇后：南之废墟4右上角有宠物蛋，打碎前面的时候对话就可以得到。
12.四叶小姐：一开始的主线剧情会引导，到金属遗迹2里走进宠物蛋就可以得到了。
