《刺客信条》虽然操作的是中世纪的刺客，但故事却发生在近未来——主角被一怪老头和一痴女诱拐到实验室里，紧缚在一床上进行令人心跳不已的人体实验——因为主角500年前老祖宗就是个刺客来的，这俩科学怪人想从主角的基因里把他老祖宗的记忆调出来，从而调查所罗门王的圣物的下落。可惜主角是那种口嫌体也嫌的TYPE，所以要慢慢地从1191年的记忆开始调教才能让其正直了。
《刺客信条》剧情攻略（中场休息与第三关上）(二)
-----次日-----
这次Miles很确定自己梦中闪现了一些奇怪的红色符码，有些是字母，有些是图案，但实质内容他却记不下来；他仍合着眼试图回想起先前的梦，这时他听到了房门开启及脚步声，知道是Warren Vidic博士走进来，但不知道这回他会用什么难听的句子挖人起床。
「早安哪，Miles先生。」一手拿着热腾腾咖啡的Vidic博士，心情似乎颇为愉快。
Miles侧着头看房间外的，昨天闪烁着橘红灯号的Animus已经回复正常，Vidic博士说Lucy调整好Animus可以让Miles在Altair的记忆里待得更久一些，那意味更快能找着他老板要的「东西」。 Miles想到自己被困在这里，以及昨天Lucy所说的遭遇，真的觉得这个叫Abstergo的企业还有他们的老板全都是怪脚加变态，而且是一定是财力雄厚的那种，为达目的，不择手段。可是他们的「目的」到底是什么？
「你们真是一个非常奇怪的组织。要找什么也不说清楚，你们到底是哪里来的闲钱做这种无聊的事？」Miles起身说道。
「我们Abstergo企业在选择获利领域时可是非常谨慎的！要取得最大的影响力与最大获益，但又要不引人注意。」Vidic博士啜一口咖啡后，颇为得意地回答。
「为什么？」Miles问。
「这还不够明显吗？」Vidic博士说，「这代表我们可以掌控一切。」
「怎么控制？」Miles越听越不明白，「凭什么你们就这么聪明，这么特别？能发明出像我们这种平凡的笨蛋想不到的事物？」
「话不是这么说，我们并没有发明它们，」Vidic博士带着神秘的微笑说，「我们只是找到它们。」
「用找的？」Miles心想，该不会是像用这台感应记忆成像器来大海捞针吧？
「Miles先生，这是古人留下来的赠礼...」Vidic博士把话题打住，「好了，有空再谈，现在办正要紧。」
Warren Vidic博士转身走出房间。 Miles跟了出去，在Animus上躺下。
注：此时Miles可以贴近博士按B来摸走博士外套插的密码笔，下一阶段可用来登入外面博士的那台笔记型电脑；如果这次不幸失手了，没关系，下一阶段也还有机会来摸密码笔。
〔阿萨辛碉堡〕
Miles看到Altair正在晋见Al Mualim，长老嘉许他又完成了九项刺杀行动的第二与三项任务。
「不过，千万不要松懈，你的工作才正要开始。」Al Mualim说道。
「长老，我听候您的差遣。」Miles发现Altair的语气似乎不以往那么高傲了。
「狮心王理察因为夺下亚克城而变得更大胆，准备带兵南侵想攻下耶路撒冷，萨拉丁想必已经知道他的动向了，所以在阿索夫的要塞布下重兵。」Al Mualim长老指着地图，分析他所掌握的情报。
「您是要我在大战白热化之前把他们两人都解决吗？」Altair问。
「不是的，」Al Mualim解释，「如果你这么做的话，缺少了强力领导人的两方军队会分崩离析，等于是把战局交给了那些更嗜血的战士恶搞；你应该把注意力放在更迫切威胁上，就是那些趁着主子远征，以看守城市之名行暴政之实的假统治者们。」
「您只要给我他们的名字，我就能把带回鲜血献给您。」Altair说。
「大马士革最有钱的人－－Abu’l Nuqoud、耶路撒冷的摄政王－－Majd Addin、亚克城的统治者－－William（William of Montferrat）。」Al Mualim一一念出这三人的名号。
「他们的罪行是什么？」Altair问。
「贪婪、自大、屠杀无辜的人民，」Al Mualim给予指示与叮咛，「只要你走入城市里与人民接触，必能察觉这三人的罪行。他们是阻碍我们寻得和平的绊脚石，这点无需怀疑。」
「那么，他们必须死。」Altair用充满杀气的回答来增强信心。
长老Al Mualim在放出三只信鸽后，提醒Altair到了城里要格外小心，因为先前的成功刺杀，已经引起城市守卫们的注意，他们的警戒程度都会上升。另一方面，Altair已经取回了刺客手套，可以让沿壁面向下跳的动作，多出攀附缓冲的效果，不至于会一下子就重摔落地，引人目光；而第四阶刺客可使用Grab Break（破抓反击技），在使用RT防御时，万一被敌人抓领可再同一时押B，即可化守为攻，一脚把敌人踹走或推开。
