练习关
一开始玩家控制的是鸣人。按照提示跳过横木，往前走一段遇到勘九郎。这时突然出现了一批杂兵…………
由于是练习关，杂兵都是一些很低级的木偶，正好可以用来给玩家熟悉操作。推荐使用勘九郎的忍术2空袭弹，一下能炸翻很多杂兵。全灭杂兵后存档进入下一关(杂兵死后会掉下一些玉，其中黄色的玉(德玉)能用来购买忍具和提升人物能量。蓝玉(查克拉玉)能补充查克拉，绿色的玉能补充体力。玉需要自己碰到才能吸入体内，如果几秒钟过后就会消失。此外战斗中还有一定几率掉落道具，如：手里剑)
小提示：攻击敌人或被攻击到一定程度，鸣人的头像就会燃烧。当鸣人的头像在燃烧时，按△+○就能变成九尾状态!九尾状态下的鸣人完全无敌，并且攻防速都大幅提升!一段时间后会变回普通状态
第1关
从木叶村出发，来到大地图画面。(在木叶村玩家可以购买忍具和提升人物能力，还可以存档。如果玩家在战斗中受伤回到木叶村后能将体力和查克拉全部回复。)之后前往如月の村。(注意在途中有很高的几率会碰到杂兵战，这也属于强制战斗。)进去后就会遇到杂兵战，消灭杂兵后用鸣人的影分身术调查周围，(场景中的部分物体破坏后会掉出查克拉玉)之后按方块键爬上屋顶。把屋顶上的水桶破坏掉即可灭火。从水桶附近跳下去，再次消灭挡路的杂兵，用影分身调查周围后，爬上屋顶打水桶。最后消灭一批杂兵即可过关。按原路返回火影室进入第2话。
通过第1话后追加人物小樱、任务模式和挑战模式。(和前作《漩涡忍传》不同的是，本作中的剧情模式和任务模式是分开的，任务模式可以用来赚钱，但并不影响剧情模式的流程。)
第2关
来到地图上方的罗汉湖，在船上会遇到一场持久战，需小心应付。推荐使用宁次的忍术回天，攻击范围大。在战斗中期岸上会有杂兵使用飞行道具攻击，玩家可以利用船仓的部分做掩护。注意最好不要挨着船边部分战斗，否则德玉和查克拉玉容易掉到水里泡汤………… 如果查克拉不够，可以切换人物让其它同伴的查克拉逐渐回复。当战斗到一定时间后会出现BOSS盗贼头!虽然BOSS战有时间限制，但一般不会超时。这个BOSS手持长刀，被砍到的话会很痛。在BOSS战时也会有杂兵干扰，因此玩家最好在船尾处进行战斗。推荐使用鸣人的忍术螺旋丸，伤害可观。如果之前有用德玉提升人物能力会比较轻松。
第3关
前往南の森，开始就是和勘九郎的BOSS战。勘九郎的八方手里剑和炸弹等远程攻击非常讨厌。玩家可以利用鸣人的影分身术+连续技打一轮躲一轮。勘九郎被打到一定程度后会处于气绝状态，这时可以上去补一套连续技，注意不要贪多。人偶同样可以有受攻击的判定，这一点可以好好利用。勘九郎收招有一定硬直，玩家可以趁机进攻。勘九郎的体力变成红色后会频繁的使用瞬间移动，此时可以利用鹿丸的无限爆破手里剑和影拟人之术应付。
打完BOSS还有一场杂兵战，如果之前战斗的人物受伤严重就用勘九郎来应付吧。这场杂兵战的兵力非常集中，玩家要先利用跳跃闪开再来开距离反击。全灭杂兵后本关完成。过关后入手人物奈良鹿丸，追加新任务。
第4关
前往かラクり磐，会遇到一批杂兵，利用鹿丸的无限爆破手里剑就能轻松解决。前进一段后再次消灭掉一批杂兵和拿刀的杂兵头，这里的杂兵比较强力，可以多利用瞬间按X的替身术躲避敌人的攻击。
来到下一个场景后先去左边调查，提示：把时钟调整为6点就能进入。然后把右边的栅栏破坏来到时钟顶部。用普通攻击敲打时钟下面的按钮，把时间调整为6点就能开启左边的大门。(时钟下面暂时还进不去)进入左边的大门，消灭杂兵后来到二层。发现二层的门又进不去，再次来到时钟顶部，把时间调整为8点开启二层的门。来到二层内部，按照图中的位置踩中机关就能进入时钟下面了(如果踩到其它的会损失体力)。记得进入时钟内部后先去右边的记录点存档。
