任务1:变异苏醒(The Awakening)
Michael被Van Troff博士改造成了异种人，成为惟命是从的战争机器。先听博士讲解异种克隆技术，注意异种的基础单位是女巫(Mantian Lady)，在其基础上进行克隆和进化，在任何情况下最少要保留一个女巫，是这个种族的火种和希望。每种生物都有独特的转化的路线，不需要特别进行科技研究，另外异种在克降和转化过程需要水源的支持。
异种可成倍地克隆，发展起来很快，没有数量的限制可打人海战术。率领50名左右的兵力攻击敌军的营地，帝国基地在地图的东北角，UCS的基地在正南方，将两座基地摧毁，完成任务。
任务2:隐藏迷宫(Hidden Star)
本关是教学关，开始队伍中有一个Replicatorus，派它往迷宫的西北角走，找到水晶资源后派它采集，采集满进行克隆，其他单位则在起始位置的水源地克隆军队，等Replicatorus克隆完成，将其中一个转化为Morphoratorus，接着要寻找往地图的西北方飞行，寻找金属资源并采集，转化更高级的巡洋舰(Morphorator Light Cruiser)。此时起始点的兵力已发展到可观规模，等克隆四五艘巡洋舰之后，全军朝地图中央的ED基地发动总攻，巡洋舰着重炸毁围墙上的防御塔，陆军则消灭士兵并拆建筑。
任务3:生死防御(Eden)
任务开始遭受UCS部队的攻袭，把守起始的位置直至增援舰队抵达，其间敌人会有六七次进攻，将所有可调集的部队顶在前方，等前方的巢穴被毁，立即后撤到下一道巢穴防御线。在近20分钟后博士派来的舰队抵达，就近找水晶矿给舰队升级转化，然后纠集所有舰只朝西北方UCS的两座基地进攻，这几艘战舰几乎无敌，瞬息间可将敌军的防御瓦解。
任务4:无尽深渊(Abyss)
由起始点往南找到水晶和金属矿，让队中两个Replicatorus完成克隆和转化，如此可复制和升级三四艘重型战舰，然后率队沿地图的边缘搜索，采集更多的资源以克隆战舰，资源越多的地点敌人的防御越强，重点在于地图的东北部。等拥有10余艘重量级的战舰后，率部队朝地图的中央进攻，那里是USC的电厂所在地，将之摧毁，完成任务。
任务5:火星战争(Mars)
开始的任务是将一个女巫护送至西方的山谷，先将北方的战舰调到东北山谷与Michael和女巫会合，然后护送女巫沿山道朝西方行进，途中会从各个方向受到敌军的偷袭和阻击，险象连生，要缓慢行进确保战机不要离得过远。进入山谷会发生激战，击退敌人的进攻后开始克隆军队，这里有丰富的水源所以发展速度很快，但敌人会不断骚扰。当队伍行成规模后率队占领其他水源，在地图的西边沿和西南角都有水源，将兵力发展至100以上，建议克隆能远程投弹的蜘蛛和蛤蟆状的坦克，在战舰的配合下攻夺地图南方的LC基地，进而攻打东南角的ED基地，全部摧毁，完成任务
任务6:敌友难分(X-345)
听从博士的指示前去捕捉老朋友Ariah，经过改造后的Michael已将这段友谊忘得一干二净。在起始点的水源附近克隆一定的兵力，率队由南端小路往地图的东部绕过去，避开正中的基地。在地图东部找到水晶和金属矿，将队伍中的Replicatorus克隆并进化为重型战舰，生产两三艘便可朝地图中央的LC基地发动进攻了。
将中央的基地摧毁后与Ariah对话，这时北部地图开放，接下来要占据北部的水晶矿，继续复制更多的战舰，摧毁东北和西北两角的基地，结束任务。
任务7:幡然醒悟(Eden)
本关的行动要接受监视，博士的舰队会一直随行。在开始的水源地克隆异种部队，发展大约100名兵力往地图的北部行进，分别在西方、北方和东方有人类的3座基地，找到其中一座会触发剧情，Michael在Ariah的提示下有所醒悟，不过很多事仍然很模糊。接下来要朝Van Troff博士倒戈一击，在地图的西北角有一个Replicatorus，将其克隆并进化为一支舰队，随后率军前往正东方的基地，拆掉外围的防御塔，杀掉墙里不断跑动的Rifkin，这时基地里的士兵停火投诚并让出道路。东南角是Tyranos的基地，有成片的异种巢穴，建议带10艘巡洋舰过去，将整座基地摧毁，结束战役。
