第六关：人的力量ONLY HUMAN
地点：纽约地狱厨房西面第五十二号（West 52nd,Hell’s Kitchen,NY）
时间：2047年11月30日上午11点50分（11:50,November 30th, 2047）
第三阶段是Ceph殖民战略的最后一步，也就是最致命的一步。如果Ceph的入侵部队受到显著而持久的抵抗，他们将通过爱因斯坦-罗森桥连接母星系的中央。通过这种方式，Ceph可部署精英部队消灭所有抵抗者。现在地球上的Ceph只是一小部分，Alpha-Ceph在入侵部队抵达之前都会为光柱充能。
塞可驾驶的飞机遭到大量Ceph战机的拦截，坠毁于地表，克莱尔因伤势过重而死亡，在临死之前，她终于获得了塞可的原谅。克莱尔死后塞可心灰意冷，认为他只是个普通人，无法拯救他人，而普若非意在劝说他继续执行任务，两人因此发生争吵，普若非提到正因为他没有穿纳米服，未被围困，才救了大家。塞可被说服后，让普若非去摧毁防空炮，他去寻找另一架运输机。纳米服截取的CELL通讯显示，光柱的充能已经达到5%，VELA3卫星侦测到了距离地球1.2天文单位的霍金辐射，根据太阳光谱遥感技术，白洞已经形成。抵抗组织的另一名指挥官获得了普若非的通讯信号，表示能够相互支援，且形势严峻。普若非提及他将赶去摧毁Ceph的防空炮，指挥官表示一旦他清除了防空炮，运输机就能赶来支援。
在距离坠机地点不远处可拿到狙击枪，然后从杂草丛生的高地上逐渐跳跃下来，来到对面的一幢建筑里关闭防空炮，门口的Ceph拿着一支狙击枪。这时塞可已经找了其他的运输机，Ceph正用集体意识所产生的能量运行防空炮，普若非冲进房屋后连入集体意识之中，摧毁了能量罐，塞可赶来击毁了防空设施。
另外两个防空炮所在地都在五六百米以外，下山后CELL的通讯里提到光柱的能量已经达到13%，白洞非自发的扩展进了太阳系，微引力透镜显示现在的水平线倾斜了不到10微米。这里的地形颇为奇怪，大部分区域都布满了浅水，显得十分空旷，山头之间相距甚远，上面覆盖着植被，看上去像是从远处飞来的山峰径直降落在浅滩上。这里敌兵数量也不多，偶尔有几个Pinger从远处开火，在一些武器堆上还能拿到火箭筒，如要快速行进，可驾驶一些四驱车。以同样手法摧毁第二个防空炮后，光柱的能量达到28%，白洞的水平长度至少18公里，白洞中心将要形成。
摧毁第三个防空炮后塞可驾驶着VTOL降落，普若非登机后是一段空战，击毁了大量Ceph的战机，不过VTOL也严重受损，不得不暂时降落修理引擎，Ceph在该区域大量空投部队，普若非使用VTOL上的榴弹发射器进行压制，起飞后Ceph空投下了心灵控制者（mastermind），它有四足四手，把普若非吸出了机舱，通过控制周围的物体进行攻击，生命值异常之高，中途还有其他单位增援，需要缠斗很久才能消灭，最后在把普若非吸到身边时，普若非同样释放出了巨大的能量将其摧毁。成功以后来到平台的边缘，外面不远处光柱正射向天空，发射时聚集的能量越来越大，导致周围的建筑不断的坍塌，把普若非掩埋在其中。
第六关通关视频：
