第七关：众神与魔鬼GODS AND MONSTERS
地点：纽约哥伦布广_场下（Under Columbus Circle,NY）
时间：2047年11月30日上午15点55分（15:55,November 30th, 2047）
当普若非苏醒过来时正身处废墟之中，下方有一具CELL士兵的尸体，从铁架后抽出双腿后，捡起带有手电的NOVA手枪，纳米服的核心系统断线，需要重新启动，呼叫塞可一时也没有回音，前进了一段后受Ceph集体意识的影响又开始产生幻觉，在废墟狭窄的巷道里走了没多远就掉进了下面的水里，然后再次钻入山洞，穿过一个小瀑布，后面的山洞里到处是燃烧的木架，再穿行过很长一段的隧道后来到外面的峡谷里，光柱充能达到52%。过道边上有一些火箭筒和弹药，不久还听到以前哈格里夫让普若非进入迷宫（克里特迷宫）对抗弥诺陶洛斯（人身牛面怪）的话，周围的山洞里已经出现了很多Ceph特有的触角，远程解锁一些地雷，外面是一艘Ceph的飞船，船头是第一个心灵控制装置（mindcarrier），除掉几个Ceph步兵后来到指定地点时再次出现幻觉，纳米服获得了外部能量，短时间内处于无敌状态。不远处有具重型步兵的尸体，X-PAC迫击炮和收割者加农炮就扔在旁边，捡起迫击炮轰击附近的敌兵，根据CELL人工智能系统NAX的通讯，光柱充能已达到61%，虫洞已经扩展开来，外星战舰预计抵达时间为25分钟。
跳上战舰后面的高地后在不远处的弹药箱里可以拿到狙击枪，可以狙杀不少远处山头上的Ceph，抵近以后下面的武器箱里还有火箭筒、C4和MIKE微波枪，接近第二个心灵控制装置后再次获得外部能量，用迫击炮轰击Ceph时，光柱充能达到81%，超光速粒子显示战舰抵达时间为15分钟。在第三个心灵控制装置充能后，用迫击炮在数秒内就能击杀重型步兵和Pinger。前进不久再次看到Ceph的飞船，破坏冷却装置后跑到船头，水中升起另一艘战舰，跳到平台上后，就能看到不远处的Alpha-Ceph，它正给光柱充能，和它遭遇不久，纳米服的外部能源就耗尽了，击毁Alpha-Ceph的一个武器端后，它把普若非吸到身边，但普若非释放出了红色的能量，将其击退，然后拿着台风步枪、高斯枪等装备击退一些Ceph步兵的进攻，一些固定机枪塔可以被遥控，靠近能源箱后还能使纳米服继续获得外部能量，之后接连两次被Alpha-Ceph吸到身边，均用红色能量击退，当Alpha-Ceph继续尝试用集体意识同化普若非时，塞可驾驶着VTOL及时赶到，打断了同化过程，但VTOL也被Alpha-Ceph击落，普若非用复合弓射出了致命的一箭，Alpha-Ceph和其他敌兵阵亡，光柱把周围的一切往中间吸，普若非为塞可打开VTOL的舱门后被卷入了光柱，和其他东西一起卷到了太空。
醒来以后是一段漫长的回忆，以前他牺牲了一切成为了普若非，但即使如此，任务仍然失败了，他绝望的放开了手中昔日队友的狗牌。然而幻觉中的克莱尔提醒他纳米服上的纳米结构已经自由，可以转换成任何形态，普若非借力跳到了大天使卫星上，控制卫星以后，对准穿越虫洞的外形战舰开火，战舰爆炸的冲击波将周围的一切摧毁，普若非坠入大气层时纳米服开始燃烧，最后他掉在了一个热带的小岛边，醒来时鸟语花香，海涛阵阵，新闻里正在播报政府没收CELL公司资产的事情，丝阙克兰德参议员（即孤岛危机2中打入CELL内部的CIA情报员，父亲在孤岛危机一代中掩护队友撤退时阵亡）在国际复苏高峰会议上透露了很多举措，并坦言在运用技术解决人类切身问题的过程中付出了沉重的代价，对未来缺乏远见。实际上技术应该是服务于人类的工具，而不是囚禁自我的牢笼，因此必须吸取教训，好好把握第二次机会。
普若非在照镜子时发现他的纳米服已经融入身体，变成了皮肤，眼睛也变成了蓝色，桌上放着队友的狗牌和合影，走出小屋时，他想起新兵训练营时第一周教官说的话，当纳米服损坏以后，真正可以仰赖的并非准确的情报，也非精良的装备，更不是顶级的武器，而是他自己。直到这次战争结束，他才真正意识到了这一点，然后他把狗牌扔到了海里，然后隐身离开，临走时还不忘来一句“They called me Prophet.Remember me.”，和孤岛危机2的结尾遥相呼应，而从周围的环境和地形来看，这里应该是孤岛危机1第一关太阳初升时看到的那个小屋，似乎又意味着一切重回到最初，人类重新开始新生活。
第七关通关视频：
