11、铁路组织的首领“戴瑟蒙娜”，向其说明来意，他们对主人公击杀了追猎者表示震惊。同意让我们进入总部，稍后再讨论细节。
12、跟着她来到他们的总部，在工匠汤姆的帮助下，我们得到了追猎者晶片的密码。同时也遵守约定将晶片留给戴瑟蒙娜做研究，她还希望我们如果有学院相关的信息请分享。
13、前往地图左下角也就是发光海那边的“岩洞”，告知维吉尔密码已被破解。维吉尔帮我们画了几张结构图，我们得制造一个装置来拦截学院用来传送追猎者的讯号，然后将我们自己转送过去。而“古典音乐电台”的“和声频率”就是传送机的传送讯号。
14、回去老北教堂找戴瑟蒙娜，表示愿意冒生命危险拯救他人，便完成了“通往自由”任务。
这里有必要说明一下，分子世界的主线到这里暂停了，我们需要建造“讯号拦截器”，而这个东西需要“铁路组织”“义勇兵”“钢铁兄弟会”其一的帮助，但是这些人，你不完成他们其中一条线的任务，是不会帮你的。
至此，任务便分为三条线“铁路”、“义勇兵”、“兄弟会”，如果你有足够的时间都可以去完成。
①和“迪耿”对话开启“交易手段”任务，也就是“铁路”大支线任务;
②收听“军事频道AF95”光播，完成“早点名”任务，开启“兄弟会”大支线;
③答应普雷斯顿·加维去帮助一个需要义勇兵帮忙的部落，前往十松庄，开始“第一步”任务，开启“义勇兵”大支线。
