第一章：野猪人
剧情：克朗将军在TCRI大楼顶上静待着施莱德，原来克朗将军雇佣施莱德袭击曼哈顿。
另一方面艾普丽来到忍者神龟的住所（下水道），众人与老鼠师傅在讨论有关最近罪恶在疯涨的问题，忍者师傅希望他的儿子们可以作出最大努力去拯救曼哈顿。此时Mike拿着披萨姗姗来迟，正当他要开吃时，兄弟们都整装待发。
四兄弟来到户外，发现脚帮忍者鬼鬼祟祟在行动，Leo决定要好好调查一番。
step1.落到地面上先要面对多名灰忍者。
击退他们之后可以使用T-眼镜找出抢劫犯。
step2.前往目标所在位置，发现抢劫犯破窗而出，不要让他偷走，快速追上前之后将其击倒。
这名敌人背着一大袋钱，很容易辨认。
step3.随后艾普丽发现了大批敌人在附近，他们出现在篮球场旁边的喷泉附近，这次是白忍者，他们使用爪钩，攻击速度很快，不像灰忍者能够判断他们出招的时机，所以对付白忍者需要经常躲避。
step4.接着要去保护一辆被袭击的披萨外卖车，这时候要面对紫忍者和绿忍者，绿忍者会投掷苦无，紫忍者会使用带红外线瞄准器的机枪，两者都属于远程攻击敌人。
使用躲避接近他们后便能轻松击倒。
step5.接着银行发生劫案，先找附近的沙井盖回到总部，向老鼠师傅购买道具后就可以前往银行旁边的巨型井盖进入到金库内。
step6.在金库当中要面对野猪人。
他一共5排血量，第一阶段会使用电锯三连砍，当发现其电锯发出光亮时，就不要靠近，待其挥舞结束后，才上前攻击。
投掷炸弹，在第一阶段只会投掷在一层的地面，这时候你可以去到二层躲避，或者是不停跳跃并使用滑翔躲避爆炸。可是第二阶段，野猪人会将炸弹投掷到二楼，那么你就需要找出空档位置来躲避。
野猪人进入第二阶段的标志性动作就是会使用机枪扫射，他的扫射是带追踪性的，你可以选择金库内一二层的落差位置来躲避，也就是去到野猪人的上方或下方，这是机枪的死角。
往往只有等到野猪人的招式停歇后，你才有最好的攻击机会。
剧情：野猪人自认为自己十分了得并不会被四只绿色蠢蛋给打败，他一拳打破金库的墙便离开（不慎碰到头了）。可是野猪人却留下了自己辛辛苦苦盗窃的现金，Leo决定将所有钱物归原主。
可是野猪人不会这么大意，四兄弟回到总部，他们将脚帮参与犯罪行动的事情禀告老鼠师傅，师傅命四兄弟继续彻查。此时Mike叮热了一盒披萨，分给众人后，却发现没有自己那一份，然而其余三兄弟正准备出发了。
