回到原子核会找那名伟信徒，将事件的经过告诉他。他说那道人影是迷雾之母，是原子之神的信使。
通过了考验，主角可以进入他们的教会了。此时解锁原子教的支线任务“原子之神的指示”。
进入教会，里面是一个开阔的大船屋，原子教的指挥部就在一艘废弃的潜艇中。
走到潜艇的平台，听大司祭泰克图斯正对信徒们演说，拉起教徒信众对远港镇的仇恨。
在大船屋的末端沿楼梯上去，有一名狂热原子教徒把守着一道门。
谎称是大司祭派来的，往前进入原子核会指挥中心。
沿着走廊一直走，会遇到如图的红外探测线，趁它们移到上方钻过去。
往前会遇到传说级的防御机器人，击杀通行。
杀到有严密防护的地方，破解如图的终端机进到里边。
进到屋里，调查终端机，显示辅助电源关闭，计算机仿真界面脱机。
此时需要进到后面的仓库区启动备用电源，不过最好在屋子里埋几颗地雷。
因为在启动电源后，会出现一名传说级的突袭者支配者。
杀完敌人，用法拉戴的程序解除终端机的锁定，开始模拟程序来下载迪玛的记忆。
记忆总共有5份，依次解锁。可将它们视作5关动作解谜游戏。
