本章不能使用导力车，代之的是飞艇梅尔卡瓦号，罗伊德可以驾驶它巡游天际、往来各地。首要的目标是与分散于各处的5名伙伴会合，然后直捣黄龙救出琪雅。飞艇需要“狭间”来降落而不被察觉，而克洛斯贝尔市现在尚被结界保护着，不能进去。
章节开始瓦吉和蔡特加入队伍，瓦吉习得S战技“虚空手臂”。飞艇里有导力店、装备店，整备一下。到舰桥和阿巴斯交谈，降落到乌尔斯拉间道·河滩，朝着医科大学行进。降落点以法阵的形式存在，会随着剧情逐个增加。
调查医科大学
先给队员装备好“钢手镯”，免疫气绝状态。在医科大学的路上遇到方舟灵龟，它的防御很高，建议用魔法攻击，尤其用蔡特幻属性的“天国之门”来打伤害可观。先用“幻影冲击II”给其降速，他蓄力后会发动“闪电冲击波”，迅速用“电击斩II”解除驱动。
前往医科大学大门，遭遇大群的国防军士兵，他们都没有免疫的抗性，用“勇猛碎周II”、“七耀弹射”、“疾风牙”这些附加异常效果的群体技来打，可以同时牵制多名敌兵。
战后缇欧扑入罗伊德的怀里，嘤嘤泣啜……和缇欧、芙兰和塞茜尔聊过之后，前往302、303探视多诺邦警督和伊莉娅，缇欧加入队伍，开启医科大学的降落点。
回到梅尔卜瓦，此后可在终端机上接受通缉魔兽等任务请求了。
○在梅尔卡丽号上和缇欧交谈，得到缇欧的账号。
○在梅尔卡丽号上和芙兰交谈，得到芙兰的账号。
调查阿尔摩利卡村
和特鲁塔村长聊过后，前往酒馆“白蜡亭”的二层房间哈罗德夫妇，得知有人在古战场遇到过反抗势力成员。
前往古战场，在第二幅地图被赤色星座士兵和刀刃狮围住。刀刃狮的“死刃”有即死效果，优先打倒，建议用水属性魔法来打。
战后黑月人马出现，罗伊德说服莉夏归队，并和黑月结成暂时的联盟关系。罗伊德和莉夏习得组合技“比翼双龙击”。
47：普通任务－乌尔斯拉间道的通缉魔兽（DP：5，津贴：5000）
在乌尔斯拉间道，由克洛斯贝尔南口往医科大学方向的第二幅地图上，南桥头。敌方是三只恶魔巨翼龙，战前给队员装备“夜光眼镜”，敌人的主要攻击方式“暗黑之息”有50%几率的黑暗效果。此战不要使用魔法，敌人会使用“魔块烈风”来解除驱动。
战斗结束，取得“翠耀珠”。
48：普通任务－阿尔摩利卡古道的通缉魔兽（DP：5，津贴：5000）
由阿尔摩利卡村往东克洛斯贝尔街道方向走第1个场景，往东北过小桥遇到四只幻魔。它的“弱化之牙”有多种不良效果，降攻、防、速中的一种，可用“纯净弧光”来净化。幻魔会频繁的使用范围技“幻影之塔”，多只驱动的话用“三圣之卡II”来解除。
战斗结束，获得“黑耀珠”。
调查人偶工房＆玛因兹矿山镇
降落到山道·岔路口，前往罗赞贝尔克工房见约鲁古大师，神狼和他是旧识，向他打探有关“结社”三位高手的事情。
返回到岔路口会遇到刀刃狮，打完这些狮子，它们一溜烟儿的跑到隧道里去了。追进隧道发现有地雷，触碰的话会引发爆炸，所以行走速度不要快，慢慢走就会发现地上的红光。简单的方法是贴着右侧墙壁走，基本不会碰到地雷。若通过隧道没有触碰到地雷，DP＋1。
在此隧道的右侧有条斜坡，往右探索可完成一个通缉任务，顺道完成它。
49：普通任务－玛因兹山道的通缉魔兽（DP：5，津贴：5000）
在追赶刀刃狮的隧道右侧岔路上，遇到六只蛇王蝾螈。敌人的“浑沌之息”附加随机一种异常状态，建议给队员佩戴多抗性的饰品，如“常青之绿”、“星杯挂坠”等，结晶配置以提升魔防为主，用“魔导祝福”来提升攻防，多用范围技来打。战后取得“水耀珠”。
穿出隧道遇到猎兵加雷斯和刀刃狮，给队员装备“珊瑚戒指”和“神圣之链”，免疫“狙击”、“死刃”的即死和封技效果。这里全力打刀刃狮，只须将它们清光即可结束战斗。
战后兰迪带着狼群出现，兰迪归队，习得S战技“狂战士”。
自动返回梅尔卡瓦，此时可收集几样道具：
○在古战场地下通路的门前和刘对话，取得“爆灵宝玉”。
○在租船小屋和雷克罗德等人对话，得到“还魂粉”。
○若在爆钓比赛中取得胜利，在租船小屋和雷克罗德等人说话，得到“鲤鱼”×10。
○在玛因兹矿山镇的“红砖亭”和琉卡说话，取得“沐浴阳光的阿尼艾丝第12卷”。
接下来前往西克洛斯贝尔街道，顺道完成一个魔兽通缉任务。
50：普通任务－西克洛斯贝尔街道的通缉魔兽（DP：5，津贴：5000）
在由贝尔加德门往克洛斯贝尔市方向走的第二幅地图，地图的最北端弯角处遇到六只羽蛇神。敌人的“大地冲击”附加100%几率的气绝效果，建议给全员装备“钢手镯”。敌人的“大地冲击”是伤害较高的范围技，建议用蔡特的“霸王吼”给敌人降攻防，再用“旋风踢II”、“凤凰牙”等范围技打。战后取得“琥耀珠”。
调查贝尔加德门
来到西克洛斯贝尔街道，贝尔加德门不能从正面进去，由克洛斯贝尔市往贝尔加德门方向走的第二幅地图，北部有条山坡能下到铁路线，就是当初调查脱轨事件的地方。沿着铁路线进到站台，在这里遇到诺艾尔少尉。
接下来是单挑，建议战前给罗伊德装备免疫睡眠的饰品，如“叮当耳环”。她的“爆击风暴”伤害较高，注意用药物恢复，在攻击前用“燃烧之心”或“鼓舞”来提升攻击。
战后和索妮亚司令交谈，得知艾莉和麦克道尔议长被软禁在米修拉姆。诺艾尔加入队伍，习得战技“武装军势”，蔡特离队。
○在站台的箱子上取得“桃色蔷薇”。
调查疗养地米修拉姆
来到米修拉姆，这里的敌人是赤色星座士兵和刀刃狮，打法与之前没什么两样，总共和这些杂兵要打五场，中间可以整备和调整队员。这五场的敌人配置变化不大，因此装备基本不用更换，注意刀刃狮和赤狮的“死刃”附加的即死效果，装备“神圣之链”来免疫。
分别在湖水浴场、湖水浴场小卖部旁、商店街、别墅区和迎宾馆前打完五场战斗，进到迎宾馆与村正和十六夜战斗。十六夜会恢复村正的HP，这里要优先打倒他，在其驱动准备释放“大地之矛”时用“电击斩II”等战技打断。村正的“流星斩”有封技和封魔效果，建议佩戴“珊瑚戒指”和“英雄戒指”相抗。
战后救出麦克道尔议长和约纳。艾莉加入队伍，习得S战技“神圣十字波”。返回梅尔卡瓦号后，将诺艾尔、瓦吉和莉夏中的一人安排为待命人员，然后移往唐古拉姆丘陵的无线信号增幅器地点，麦克道尔议长透过网络宣布独立宣言无效。
此时可收集道具：
○前往医科大学的302室和法拉夫人对话，取得“沐浴阳光的阿尼艾丝第13卷”。
○前往古战场地下通道的门前和刘对话，取得“还魂粉”。
调查月之僧院
降落到山道·岔路口，往前过隧道由左侧的岔路前往月之僧院。在僧院的门口遇到合金狮子。
第一战：合金狮子×2。敌人会范围技“全导弹发射”，建议给全员装备“钢手镯”以防25%的气绝效果。队员尽量分散站位，如果中了异常状态及时用“纯净弧光”来解除。敌人被打倒时会自爆伤及全屏，最后一击时保持全员有一定的血量。
将合金狮子打倒，前方的封印消失。
第二战：进到月之僧院的礼拜堂，一层的两侧各有一道封印，而二层正中的门也被封印着。先到二层的两侧推门打两种怪，左侧的地下墓场是黑暗小丑，右侧的庭院是狂暴剑刃。
黑暗小丑：它的“扯线木偶”能吸收CP，遭此攻击会吸走50点CP，所以在此前要尽量发动强大的战技，免得浪费CP。在我方魔法驱动时，它会使用“落穴”解除，因此尽量用物理攻击。
狂暴剑刃：它的“狂暴光波”打直线，所以队员的站位不要站成线。敌人的魔防较高，所以要用物理攻击来打。“狂暴光波”附有睡眠状态，所以最好全员装备“叮当耳环”、“常青之绿”、“星辰灵摆”这类饰品。
打完两种怪物，礼拜堂一层两侧的封印消除了。左侧的门通往外部通道，进到地下墓场取得月之宝珠。右侧的门通往寝室区域，在一房间里取得月之宝珠。返回礼拜堂将两颗宝珠放在正中雕像前的台座上，二层的独眼形封印解除。
第三战：由礼拜堂二层的通道来到大钟前，遇到小丑肯帕雷拉，众人被他拉入另一个相位空间。小丑的直接攻击伤害并不大，但他会使用一些特殊效果来造成伤害。他的“真实之镜”会使队员变身，除了移动和普通攻击无法其它行动。当他的HP受到一定伤害后会发动“置换”，我方使用S战技攻击造成的伤害会置换到某位队员身上。所以大招都放在开始释放，后期就用普通的攻击慢慢磨掉他的残余血量。
战斗之后，上前中止大钟的共鸣。
调查星见之塔
由乌尔斯拉间道的岔路前往星见之塔，塔顶仍有口大钟。
第一战：在门口遇到两只铁马，它们的魔防较弱，建议用魔法来打。战后沿塔中迷宫上行，在二层宝箱拾取水晶碎片。
第二战：在迷宫三层遇到“刚毅”艾奈丝和两只铁马，他们的魔防都比较低，用魔法来打。艾奈丝的攻击很高，建议用“结晶防护·复”来提升防御。他在释放“秩序之盾”后会有连续三次完全防御，此时用普通攻击快点破掉防御，再用高伤害的魔法继续攻击。
第三战：走到书架后面和两只铁马战斗，打法如前。从两边基座取得两个“星之光玉”，回到三层大厅，将两块玉放置到天平上，通往四层的门会打开，沿着外部楼梯到达四层。
第四战：在四层遇到“魔弓”恩奈雅和两只铁马。将铁马打倒后，恩奈雅才会上场。她的攻击附加混乱、石化和即死效果，给擅长恢复的队员佩戴抵制全异常状态的饰品，其他队员重点防石化和即死。
第五战：前往第七层的途中能收集到不少的好装备，接下来是与“神速”杜巴莉的对战，她的速度很快，攻击很频繁并会分身，这里只要集中火力消灭本尊，那些分身会消失掉。
第六战：在塔楼顶层对战“钢之圣女”阿瑞安赫德，此战打不赢剧情照常进行，但取胜会DP＋5，难度较大，二周目再挑战她。
她的伤害很高，用“慈爱之符文”来削减所受伤害，然后用料理恢复CP，用战技提升攻击，再反复释放S战技来打。当她的HP降至一半，她会摘下面具，血槽回满。
战后，“钢之圣女”离开，大家中止大钟的共鸣，解除掉克洛斯贝尔市的结界。
梅尔卡瓦号上和每位队员交谈，在进入休息室前，务必和每位队员聊下天，可以和羁绊值达到一定数值的女生相约到甲板一叙，到休息室发生羁绊剧情，并强化两人的组合技。本日行程结束，自动前往克洛斯贝尔市。
调查大钟
接下来是解放克洛斯贝尔市的作战，街区被淡蓝色的雾气所茏罩，于是到中央广场调查那口大钟。
前往中央广场遇到标志铠甲兵，他们的攻击有击退效果，并附加气绝状态，建议给队员提前装备“钢手镯”，用远程的魔法或战技来打，时属性的魔法有特别的效果。
战后达德利和赛尔盖科长掩护，诸人赶往地下空间D区域。达德利加入队伍，罗伊德和达德利习得组合技“钢铁雄心”。在突击兰花塔之前，还有几件事要做：
查明雷因兹的身份
回到旧城区，到港湾区的通讯社二层和主编对话，得知雷因兹外出了。前往东街的“龙老饭店”，由厨房的阶梯下去沿着河岸走，缇欧会感知到微弱的气息。往前调查墙角的木板，发现隐藏据点。在里边找到雷因兹，原来他是某家民间调查公司的职员。
若在前往车站并突袭兰花塔之前，发现雷因兹的身份，DP＋2。
○到中央广场的百货商店“时代”和奈斯顿经理交谈，得到“圣灵药·改”。
调查一连串事件的黑幕
如果在第1章、第3章和第4章完成尼尔森的三个隐藏任务的话，可触发此事件。
前往西街的塔利兹商店和皮特对话，得知伊安律师的事情。由住宅街的北边前往大圣堂，在墓地和昆特老人交谈，得知墓里是伊安律师的家人，伊安经常来扫墓。
回到西街调查格里姆伍德法律事务所的门，满足成就“解明真相者”的条件。在后面兰花塔打倒神机TYPE-α后，就可取得该成就。
完成此剧情，DP＋3。
兰花塔之战
前往支援科触发和小猫柯贝的剧情，然后到304室调查桌子，和琪雅的羁绊值达到一定时，会触发剧情，得到“零之神珠”，提升装备者的属性，全部异常状态免疫。
到车库调查导力车，收到雾香的来电，说要交换情报。由站前街道的车站进入3号站台，进到第二节车厢与雷克特、雾香会面，他们认为迪塔市长并非事件的主谋。对话结束，一行进入兰花塔。
乘电梯前往21层的中枢下层，前面的路被屏障阻住，由旁路找到一个房间操作开关解除屏障。返回大厅沿平台上行，找到第二道屏障，往前到走廊的某间屋子红宝箱拿红色卡片钥匙，然后往回走，用它打开一道红色的门，进去调查终端后缇欧习得S战技“星灵装甲”。
来到中枢下层的终端室，消灭四只标志铠甲兵，然后操作开关打开一道红门。进入大门先往右边绕过去找终端，解除通道上的屏障，找电梯升至中枢上层。
操作终端降下导力梯，乘它到上层。如此反复几次，沿中枢的平台到达30层。在控制终端调查琪雅和总统位置，然后爬疏散楼梯到36层。
见到皮埃尔副局长，交谈完毕往东侧走廊行进，中间的是小滴的房间，从她手上拿到罗伊德至强武器“零·破坏者”。
来到顶层见到迪塔，与神机TYPE-α交锋，它较频繁的发动“超重力冲击波”，以用“A－反射屏障”进行镜子反射，给它造成伤害。要注意这招攻击的封魔状态，提前给队员装备相应道具。它的魔防较低，用时、空、幻属性的魔法打比较有效率。
战后伊安律师浮现水面，城外出现一棵碧之大树，它就是琪雅……
回到城里，现在可以自由在城中行动了，前往支援科的顶楼给小猫第9次喂食，然后收集以下道具：
○准备“影丸头巾”×3、“影丸外套”×3 “影丸雪踏”×3，前往旧城区的交换店“纳因瓦利”交换到“沐浴阳光的阿尼艾丝第14卷”。
○在交换到“沐浴阳光的阿尼艾丝第14卷”后，前往旧城区的交换店“纳因瓦利”，在地下室的架子上取得食谱“行乐午餐盒饭”。
○在取得除“药膳麻婆豆腐”外的全部食谱后，前往东街的“龙老饭店”和强霍对话，取得食谱“药膳麻婆豆腐”。
○收集全套的“沐浴阳光的阿尼艾丝”后，前往疗养地米修拉姆的翠雀酒店二层和占卜师交换“塞姆里亚石”。
○在兰花塔顶收集“塞姆里亚石碎片1”。
○在矿山镇的酒馆地下一层大房间和约修亚交谈，取得“塞姆里亚石碎片2”。
○确定瓦吉在队伍中，前往阿尔摩利卡村的酒馆二层，和房间里的凯文对话，获得“塞姆里亚石碎片3”。
○前往西克洛斯贝尔街道的轨道场景，拾取“塞姆里亚石碎片4”。
○前往疗养地镜之城的最上层镜子前，拾取“塞姆里亚石碎片5”。
○在中央广场的导力商店“原点”和温蒂交谈，得到“EP填充剂III”×3。
○在西街面包咖啡馆“摩尔吉”和奥斯卡交谈，得到面包“最终旅途”。
其中“塞姆里亚石”和“塞姆里亚石碎片”是用来打造角色专用的最强武器的，一周目可打造两件。二周目在特定魔兽身上会掉落碎片，这样就可以制作三件。
与队友的羁绊值达到一定数值，可触发羁绊剧情并得到奖励。
在梅尔卡瓦上和达德利交谈，习得强化的组合技“钢铁雄心II”。
在梅尔卡瓦上和芙兰交谈，得到“芙兰的护符”。
在医科大学池畔和塞茜尔对话，得到“勇士之心”。
在医科大学的303室和伊莉娅对话，得到“舞者的发饰”。
在欢乐街的彩虹剧团舞台和修利对话，得到“修利的帽子”。
现在回到梅尔卡瓦，确定终端的任务，现在还有三个通缉魔兽任务。
51：普通任务－东克洛斯贝尔街道的通缉魔兽（DP：5，津贴：6000）
由唐古拉门朝市区方向走的第一场景中部，目标是六只邪念恶魔。敌人的“恶魔重爪”有封技和气绝效果，因此给队员装备“珊瑚戒指”和“钢手镯”来免疫。
敌人的招式大都可以恢复自身的HP，因此伤害输出一定要大，速战速决，否则容易陷入拉锯战。用地属性的魔法来攻击比较有效率。战后获得“红耀珠”。
52：普通任务－古战场的通缉魔兽（DP：5，津贴：6000）
前往古战场的深处，接近太阳堡垒的场景遇到暗黑英雄六只。敌人的攻击比较单一，是范围技“死神大镰”，给队员装备“神圣之链”来免疫它的即死效果。魔兽的魔防较低，用地属性魔法来打。战后获得“金耀珠”。
53：普通任务－诺克斯森林道的通缉魔兽（DP：5，津贴：6000）
由警察学校出发，进到森林道的第二幅地图，路左边有条坡道下去是诺克斯森林，在森林第二幅地图的最南端找到魔兽。目标是六只魔法巨猿，它们的普通攻击附加25%几率的气绝效果，建议全员装备“钢手镯”。这种怪会吸收魔力和CP点，建议用火属性的魔法或强力战技来打。与其被吸收，不如痛快的放战技和魔法大招。战后获得“银耀珠”。
至此完成所有的委托任务，回到梅尔卡瓦号向总部汇报，取得最大的DP值405，高级搜查官1st。
