第4章 北部统辖区战
救出奥古斯人民后，即进入此章。战胜北部统辖区后，我军1,2舰队突然丢失。事后发现是被一群孩子偷走。几回合后，发现对方舰队已出现于主星附近，并夺取我方3颗行星。当主力舰队距离遥远，鞭长莫及的危急关头，奥古斯将领率领异形战舰加入我军，防守主星，并击溃反乱军。然而反乱军其实只是个圈套，正是为了诱出异形战舰和捉拿奥古斯巫女的诱饵。
心得：各章节之间并无明显分界，只是时间发生后转入新的章节。所以与孔=赛斯的战争，和北部统辖区战是贯穿与几章之间的。主力舰队应赶往与南部统辖区交界出整顿，为下章准备。本章以异形战舰为主。
第5章 莎拉莎争夺战
击败反乱军后，巫女被抓，为换回巫女，我方交出资料石，为此与克雷亚真王军解盟，第6舰队离去。但仍未换回巫女，遂于桑＝塔库兹开战。战胜对方后，救出巫女，奇雷尼亚加入。
心得：桑＝塔库兹也可不进攻，待一定回合后对方会自动结束战斗，献上巫女。奇雷尼亚，超强人，各项平均200上下，善加利用，可弥补各种不足。进攻桑＝塔库兹途中，阿露比娜共和国，艾修立皆会因宗教信仰问题，劝阻我军行动。若攻下夏贝斯，阿露比娜则会向我军宣战，战胜后，安娜莎加入。攻下贝贝莲，艾修立则会向我军索要10万元以平息国内不满。第6舰队的蒙修五级远方支援舰可是很值钱的哦！不卖白不卖的。
第6章 南部统辖区战
战胜桑＝塔库兹，救回巫女后，南部统辖区向我方宣战再次与克雷亚结盟，第六舰队的强大火力再次满员加入：）。和南部统辖区交战6回合后，耶葛拉特别区向我宣战。之后不久，艾修立提出结盟要求，以攻击择兀拉为代价，结盟12个月。第7舰队加入。排黎攻下南多星球，茱莉雅加入。对方舰队开始出现异形战舰。
心得：进攻耶葛拉特别区时，有两条路线，较长的一条为偏远星系，是反政府人士的流放地。所以在攻占这些星球后，人民会热烈欢迎解放军，并做出资金支持。快速与实利之间，自己作决定吧。
第7章 异形生物战舰战
攻下南部统辖区主星后汗多尔后，异形女王被召唤出来，与连邦中央区开战。第一次攻占主星比尔可未能击败女王，退回出发点（后汗多尔或克雷曼斯）重新攻略。再次攻占比尔可后，仍为能彻底消灭女王，但女王逃到提亚玛特。注意：此时敌方舰队以异形战舰为主，若无实力胜之，还是避开主力，速取捷径攻陷主星方为上策（不过还是要战胜女王的）。攻占提亚玛特，取得最终胜利。
