如果和那那米（ナナミ）谈话选项选1，主角继续回房休息。第二天早上，来到楼下得知僵尸开始进攻，杰斯（ジエス）则单独对付僵尸去了。主角等人想去帮助杰斯（ジエス），来到外面一看，僵尸数量很多，进入右边的矿坑，在里面遇到了吸血鬼奈克罗德（ネクロード），由于维克多（ビクト-ル）不在，主角根本无法攻击到他，三回合后战斗自动结束。正当尼古洛特准备使用月之纹章力量消灭主角和那那米（ナナミ），这时一阵亮光，辉盾纹章保护了主角。赶紧逃到外面，城市已被僵尸占领，而主角体力不支倒了下去，那那米（ナナミ）连忙背着主角向外跑去。
主角醒来的时候已经身在克罗姆村（クロムの）村，出村的时候遇到了久违的吸血鬼猎人卡恩（カ-ン），他说已经找到了办法防止吸血鬼逃走，还说有一个女子也在追踪奈克罗德（ネクロード），她能够彻底封印奈克罗德（ネクロード）。于是主角等人来到虎口之村，遇到了吸血鬼祖宗谢拉（シェラ），原来奈克罗德（ネクロード）几百年前偷了她的月之纹章。战斗后，她就加入了队伍。回到克罗姆村休息一晚，谢拉（シェラ）好像对克拉乌斯（クラウス）很有意思，而克拉乌斯（クラウス）则被吓得慌慌张张。
第二天一早，得到消息，市长女儿莉莉被吸血鬼掳走，众人决定通过右边的矿山坑道前往汀特（ティント）市与奈克罗德（ネクロード）决战。在矿山战胜了巨石怪后（谢拉（シェラ）好阴险，明明知道有怪物还让维克多（ビクト-ル）先上前）进入汀特（ティント）市。来到最上的教堂内，找到奈克罗德（ネクロード）进行决战。胜利后，维克多（ビクト-ル）将奈克罗德（ネクロード）斩成碎片，报了3年前就该报的仇。而杰斯（ジエス）也消除了对主角的误会，加入同盟军。
接下来的可以到各地收集几个同伴，之后回到根据地，在一楼遇到希拿（シーナ）后上到二楼大厅与修（シユウ）谈话，准备夺回格林希尔（グリンヒル）市。晚上主角正准备休息，却遭到刺客露西亚(ルシア)的攻击，打败她后可以放了她。第二天，进攻开始。战役事件胜利后，主角等人就由山路潜入市内，途中打败露西亚(ルシア)。在格林希尔（グリンヒル）市入口处，神秘人物尤巴(ユーバー)召唤出一条骨龙对付主角等人，打败这个boss后，格林希尔（グリンヒル）即获得解放。
现在可以收齐全部108星了，完成之后回到根据地大厅，由于骑士团已经投降了王国军，阿普尔（アップル）建议直接攻打缪滋（ミコ-ズ）市。主角同意后，就来到格林希尔（グリンヒル）市，在宿舍外会看到露西亚(ルシア)，随着她再次进入山路，会见到乔伊（ジヨゥイ），他会再次请主角退出同盟军。谈话结束后，回到宿舍，阿普尔（アップル）说一切准备就绪，开始战役事件，消灭露西亚(ルシア)的部队，战斗就会结束。进入缪滋（ミコ-ズ）市，到处都是狼，在市政厅还会遇到金色的狼，打败它后，由于狼数量太多，只好撤出缪滋（ミコ-ズ）市。
回到根据地，在4楼修房间外听到修（シユウ）让基巴（キバ）进攻佣兵队之岩以分散王国军兵力，由于任务很危险，基巴（キバ）考虑再三还是答应了。和修（シユウ）对话后，同意出战。众人就会集结在二楼大厅，如果之前集齐了108星，莱格娜特（レックナート）又会出现，帮你解开纹章的lv4魔法。第二天进攻开始，几个回合，战役事件结束。修（シユウ）安排了计划后，主角等人进入洛克亚克斯（ロツクアツクス）城堡，下面将会有影响结局的剧情，所以最好存档，那那米（ナナミ）身上还需要留有防具。
在城堡顶层见到了乔伊（ジヨゥイ），他不让主角等人通过，并且说这次战斗无可避免。这时，葛尔多（ゴルドー）从后方射出4箭，会出现几秒钟的选项，一定要选2让主角喊那那米（ナナミ），而且速度要快。可是为保护主角和乔伊（ジヨゥイ），那那米（ナナミ）还是中了一箭，主角和乔伊（ジヨゥイ）立刻上前将葛尔多（ゴルドー）打倒。军师修（シユウ）此时也会赶来，看到那那米（ナナミ）到在地上，立刻叫来医生，医生诊断后说需要尽快带回根据地，乔伊（ジヨゥイ）见此只好黯然离开，并下令撤军。
在根据地医务室门外，众人在焦急的等待那那米（ナナミ）的消息，不久医生出来了，告诉大家由于那那米（ナナミ）伤势过重，他已经无能为力。众人都很难过，之前相关条件都满足的话，接着医生就会把修（シユウ）请进医务室。
在二楼大厅，修（シユウ）说王国军已经退到了自己的边界线，正是同盟军反攻结束战争的机会。主角同意后，离开大厅时又倒了下去。醒来的时候正好听见，阿普尔（アップル）和修（シユウ）在讨论使用哪个计策，之后回去休息。第二天，开始战役事件，进攻王国皇都。首先是维克多（ビクト-ル）和修（シユウ）的部队成功使用火攻计策将敌方军师的部队消灭；接着的战斗只要有一支部队进入皇都，就会结束。
在皇都外，一切准备好后（皇都西北有个叫沙加的村子可以提升武器lv），主角带上同伴进入皇宫进行最后的决战。先后打倒露西亚(ルシア)，当年主角父亲的对手哈恩（ハーン）（单挑），两位王国军将领希德（シード）和库尔冈（クルガン），以及最后boss兽之纹章，其间会看到乔伊（ジヨゥイ）安排吉尔（ジル）和比莉卡（ビリカ）离开王都前往神圣国，让她们开始新生活。王座前已经空无一人，整座城堡也开始晃动，只好逃出皇都。
第二天，在根据地广场，众人都推选主角成立新的国家以对抗北面的神圣国。这时依照不同选项可以达成不同结局。选1就直接是主角当上国王的结局。选3的话，主角会自行离开大厅。回到卡洛街（キヤロの街）街，从树下挖出当年和乔伊（ジヨゥイ）埋下的宝贝，再往西北来到天山之卡，回到一切开始的地方，当时的跳崖处，会见到乔伊（ジヨゥイ）。
乔伊：你.....终于来了。正如当初承诺的那样，我们再次聚在这里。这里是一切开始的地方，经过那么久的并肩战斗，我们还是在这开始走向了不同的道路。但是....我没有遗憾，如果说有遗憾，那就是当初我不得不背叛同盟，刺杀了安娜贝尔。我们之间太过相似，连目标也是一样，但我失败了。当时在王国营地，你们逃离后，我就被抓了，后来见到了卢卡。虽然我很讨厌这个战争疯子，但觉得也许可以利用他的力量。因为我曾认为，只要我有了足够的力量，就能保护所有人并能建立一个没人会受到伤害的地方。但是....算了，来吧，这是最后一战。
出现选项，选1的话单挑只会获胜，乔伊就会死去，主角能继承所有的始之纹章力量，最后还是回根据地当国王。最佳engding当然还是选2好。单挑一直防御，就会结束战斗。乔伊让主角动手，接着又发生战斗，还是防守，战斗会自动结束。
乔伊：....实际上我一直羡慕你，你为何总是那么纯真善良。这正是我所缺少的，我渴望像你那样被众人爱戴。
突然，乔伊倒了下去，选1，主角呼唤了他的名字。
乔伊：我....不行了，为阻止卢卡...释放兽之纹章..借助了太多纹章力量....我们俩的纹章..现在可以合在一起了,如果单独使用纹章....它会夺去你的生命....我无论如何都将死去...所以..我将纹章力量和生命...同时交给你吧...这样两个纹章就能合二为一....
出现选项：选2的话，乔伊还是会死去，主角还是当国王；还是连续选1吧。
乔伊：快...我支持不住了....我对不起被我杀害的生命....被我伤害的人...一定不要让我们的努力白费.....时间不多了...快...
这时，乔伊身上出现亮光，接着主角身上也出现了，乔伊（ジヨゥイ）恢复了力量。莱格娜特（レックナート）再次出现，她解释说，是108星的精神引发了始之纹章的另一面力量，并让主角和乔伊（ジヨゥイ）离开这片大陆。乔伊（ジヨゥイ）还对自己的行为感到不安，经过莱格娜特（レックナート）劝说后，他也明白了，应该活下去用自己的力量拯救更多的人。这里再次成为两人新旅程的开始。
主角和乔伊（ジヨゥイ）往回走时，还会遇到修（シユウ），他告诉主角，那那米并没有死。两人回到卡洛街（キヤロの街）的家里，看到了那那米（ナナミ），三人决定离开这片大陆开始新生活。
幻想水浒传2的故事就此结束。
除了主角和那那米（ナナミ）隐居结局，其他结局有关以下条件：集齐108星，那那米（ナナミ）中箭的时候身上要有防具，并且选项要快；另外还有一个条件，据说是除去必死的基巴外，战役事件不能死人，即约束石板上角色头像不能是黑的，但实际游戏的时候，死几个只能在战役事件中作战的将领也可以达成goodending。
