第十关：权威监狱the authority prison
完成这些副线任务后将毒药装置送到卡瑟夫处，卡瑟夫以前一直在为抵抗组织研究新武器，但未能取得突破，玩家送来的毒药使他得到了启发，制造出了能够控制敌人自爆的弩_箭，他让玩家把做好的箭送到水源镇第二次机会吧的伊丽莎白·卡德斯（elizabeth cadence）处。
到了水源镇出车库左转就是酒吧，见到伊丽莎白后她带着玩家进入身后的一个小房间，告诉玩家抵抗组织的马歇尔上尉（captain marshall）已被权威俘虏，目前关押在镇子西北面的老监狱里，可能很快会将他转移到防范更严密的监狱。伊丽莎白让玩家帮助她去营救马歇尔上尉，临走前给了一张监狱的门卡。
出水源镇后驾车去监狱，途中的公路会掉落很多火山石，这些东西能到镇子的商店里换钱。来到监狱门口后先干掉上面的两个哨兵，然后用门卡打开第一道大门，右前方的地板上有个洞口，扶梯而下后从下水道进入监狱，周围的小房间里能拿到装备，其中包括电磁脉冲炸弹的制作手册，右侧的小屋出去后外面的房间里已被布置了激光栅栏，要用电磁脉冲手雷扔到蓝色的控制设施上才能使其失效，监狱里的守卫生命值很高，先要打掉头盔再命中头部才能击毙，盾牌兵近距离则用霰弹枪对付，中远程用机枪打暴露处，当然使用自爆箭也可以，就是数量不多。这样接连穿过三道激光栅栏（第三道激光栅栏的控制装置可从小屋里隔窗看到，扔个脉冲手雷就行），如果缺少脉冲手雷的话可以按tab在工程页面用零件组装，外面一些步兵用飞行器从半空中降落到地面，消灭后摧毁第四道激光栅栏的控制器，后面开始出现一些出现在地面和屋顶的机枪塔，仍可用脉冲手雷摧毁蓝色控制器关闭。
依照这种方法杀到监狱上面，打开大门放出变异人，被守卫清除后再杀守卫，收集完周围的装备后跑到楼下对面的牢房里释放马歇尔上尉，这是敌方重新启动了激光栅栏，马歇尔着手破坏，玩家需要干掉那些趁机攻来的敌兵，对方不是近战类步兵，所以有时间用狙击枪将其逐一消灭，第一枪打掉头盔，第二枪可直接把头部轰掉。
等到马歇尔破坏了激光栅栏控制装置后穿过前面的楼道，来到外面的院子里，这里的守卫也不少，正前方还有固定机枪，用狙击枪轻松消灭后跑到右上方的高台上，恰好可看到前方激光栅栏后房屋里的控制装置，把脉冲手雷扔到上面，右侧路口的激光栅栏就失效了，接着跑到左侧马歇尔呆的激光栅栏后面按下开关，让他通过。之后马歇尔在左侧的大门上安装炸弹，敌方的运输机来到院子上方降下很多士兵，立即抢占制高点敌人的机枪位，用点射消灭所有敌人。
不久马歇尔炸开大门先走一步，在敌人尸体上收集装备后从那个炸开的门口出去，干掉外面的一名残敌后从下水道回到废土区。
第十一关：丢失的数据lost research data
返回水源镇后在酒吧的地下室和马歇尔上尉、伊丽莎白见面，上尉认为权威肯定已经知道玩家从方舟中出来，所以立即让玩家返回方舟拿身份驱动盘，里面包含着很多重要情报。出镇子后直接来到方舟外面，消灭几名权威的步兵后进入方舟，拿了驱动后出来，权威已经派遣少数步兵增援，用狙击枪击毙后乘车回来，途中可拿一些火山矿石拿回去卖钱。
到镇子酒吧里把驱动交给上尉，上尉提及权威可能正在使用重新编程的纳米装置控制变异人，他需要玩家潜入死亡之城研究院放置主服务器的房间里拿到数据。
来到死亡之城外围后和原来一样从下水道进去，只不过这次要从前一次出来的门口进去，里面的地形和原来一样，只不过换成了权威的士兵防守，如用狙击枪进攻的话十分简单，大致是两枪一个，穿过雪地进入研究所后会看到权威设置的激光栅栏，用脉冲手雷炸毁一个进去，数据盒就在服务器上面，拿到后右侧的灯变成绿色，打开房门毁掉另一个控制装置，等激光栅栏消失后通过，楼梯上面权威派来增援部队，消灭后回到上面进入死亡之城的街道。来到原来大战触手变异人的地方从斜板上去，用脉冲手雷隔着楼板炸掉下面一层的控制器，激光栅栏失效后通过。回到最外围的地下公路后会遇到权威的重型步兵，穿着银白色的铠甲，狙击枪多次命中头部均无效，最后用两枚火箭解决。
第十二关：地铁镇subway town
回到水源镇和上尉见面后，上尉认为呆在水源镇已经不安全，因此设置了通讯干扰装置后和玩家乘坐热气球赶到抵抗组织的基地地铁镇（subway town），地铁镇位于新月城（crescent city）的废墟下面。在途中他告诉玩家本来政府已经对以前小行星撞击地球做好了准备，但柯若思将军（general cross）在很多方舟里放入了他的士兵，改变了最初的计划，抵抗组织的任务就是恢复原来政府的计划。
来到地铁镇后上尉大致介绍了一下情况，上尉原来乘坐的方舟已被罗萨德（lassard）改装成行动中心的主机，可以监视权威的行动，基地里的杰克·波特曼（jack portman，胸口有个坦克的那人）是军火专家，所罗（saul）在镇里经营车库，为基地打掩护，镇长红石（redstone）是个笑面虎，同时和权威、抵抗组织打交道，经常出卖别人，但为了对付权威，又必须赢得此人的信任。玩家接手的第一个任务就是和红石打交道，成为他的左右手。
从基地左侧的通道过去，乘电梯来到车库，出去以后到地铁轨道对面，登上楼梯，红石的办公室就在边上，外面有个看守，进去后红石让玩家去帮弗曼·琼斯（foreman jones）对付变异人，临走前把红石办公桌左边的木偶拿走，到楼上另一面的商店里去见简妮（jani），她手里拿着个棒棒糖，头上戴个印着粉红骷髅的钢盔，口气略带挑逗及撒娇感，在她那里先把以前带来的货物处理一下，买一些弹药，楼上另一个上锁的房间可用工具打开，里面的矿石也能卖些钱。楼下霏滋酒吧（fez bar）里的店主（brick）由于强盗影响了他的送酒路线，因此每摧毁一辆强盗的车子就能获得回报，摧毁权威的捕食者赏金加倍。
